Bayesian Models of Yield-Diversity Relationships in Kansas with Herbicide and Fertilizer Use

In this document we run Bayesian models evaluating the relationship between crop yield of wheat, soy, and winter wheat and landscape diversity at a county-scale over the time period 2008-2018 for the state of Kansas. Models control for climate conditions including growing degree days (GDD), stress degree days (SDD), and total precipitation (TP) as well as for irrigation water volume used in each county-year. Control variables are allowed to have random-walk trends with yield to account for non-linear climate-yield and water-yield interaction dynamics. In addition a quadratic time trend is included to account for technological changes that occurred in the state between 2008 and 2018 and county spatial effects that account for factors such as soil type and quality that remain relatively constant over time are accounted for using a variety of techniques that do and do not account for spatial autocorrelation (fixed effects, random effects plus autoregressive spatial random effect). Landscape diversity is evaluated using three common metrics (Shannon Diversity Index (SHDI), Simpson Diversity Index (SIDI), and Richness (RICH)) and was calculated for the area in each county’s bounding box using USDA CropScape, 30 meter resolution, land use classifications for each year.

The Yield variable was log transformed and all independent variables were standardized prior to model evaluation. Bayesian models employ moderately informative penalized complexity priors (“pc priors”).

This specific set of models test the influence of inclusion of herbicide and fertilizer use. this data draws from Kansas Farm Manager county-year datasets of herbicde and fertlizer expenses.

Setting things up for the tests

library(pacman)
p_load(tidyverse, sf, INLA, knitr, ggpubr, spdep, rgeos, zoo, viridis, biscale, corrplot, cowplot) 

# raster


wd<-getwd()
source(paste0(wd,'/KS_yield_diversity_function_newcontrols.R'))

Corn Yield Models

Model with Non-linear Fertlizer and HErbicide and FE

prep.data.norm_nc("corn_KS_final", "cornKS_0907", "corn", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')
# 
# #quick data check
        #   r<-readRDS(paste0(wd,"/Data/cornKS_0907norm_nc.rds"))
        #  # head(r)
        #  hist(r$fert)
        #  hist(r$herb)
        #  hist(r$volume)
        # length(unique(r$GDD))

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_yield_SIDI_fe_normncnl0907'

f1<-build.formula.fe.nlnc('LSM_SIDI_ALL', 'corn', controls = "All", priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

model.results(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |     4.311|      0.066|      4.182|     4.311|      4.439|
## |as.factor(CNTY)2                        |     0.017|      0.082|     -0.143|     0.017|      0.177|
## |as.factor(CNTY)3                        |     0.200|      0.088|      0.027|     0.200|      0.374|
## |as.factor(CNTY)4                        |     0.898|      0.113|      0.678|     0.897|      1.120|
## |as.factor(CNTY)5                        |     0.838|      0.098|      0.646|     0.838|      1.029|
## |as.factor(CNTY)6                        |     0.062|      0.090|     -0.115|     0.062|      0.238|
## |as.factor(CNTY)7                        |     0.308|      0.092|      0.128|     0.308|      0.488|
## |as.factor(CNTY)8                        |     0.195|      0.101|     -0.004|     0.196|      0.393|
## |as.factor(CNTY)9                        |     0.238|      0.161|     -0.076|     0.237|      0.557|
## |as.factor(CNTY)10                       |     0.106|      0.116|     -0.122|     0.106|      0.335|
## |as.factor(CNTY)11                       |    -0.070|      0.086|     -0.238|    -0.070|      0.098|
## |as.factor(CNTY)12                       |     0.763|      0.100|      0.566|     0.763|      0.959|
## |as.factor(CNTY)13                       |     0.550|      0.115|      0.323|     0.551|      0.776|
## |as.factor(CNTY)14                       |     0.621|      0.097|      0.431|     0.621|      0.812|
## |as.factor(CNTY)15                       |     0.070|      0.080|     -0.088|     0.070|      0.227|
## |as.factor(CNTY)16                       |     0.979|      0.133|      0.721|     0.978|      1.241|
## |as.factor(CNTY)17                       |     0.070|      0.093|     -0.113|     0.070|      0.252|
## |as.factor(CNTY)18                       |    -0.007|      0.090|     -0.184|    -0.007|      0.171|
## |as.factor(CNTY)19                       |     0.139|      0.100|     -0.058|     0.139|      0.336|
## |as.factor(CNTY)20                       |     0.398|      0.102|      0.198|     0.398|      0.597|
## |as.factor(CNTY)21                       |     0.342|      0.103|      0.138|     0.343|      0.541|
## |as.factor(CNTY)22                       |     0.048|      0.092|     -0.135|     0.048|      0.226|
## |as.factor(CNTY)23                       |     0.923|      0.121|      0.681|     0.925|      1.152|
## |as.factor(CNTY)24                       |     0.240|      0.137|     -0.024|     0.238|      0.514|
## |as.factor(CNTY)25                       |     0.399|      0.137|      0.130|     0.399|      0.668|
## |as.factor(CNTY)26                       |     0.217|      0.138|     -0.055|     0.217|      0.488|
## |as.factor(CNTY)27                       |     1.068|      0.103|      0.865|     1.068|      1.271|
## |as.factor(CNTY)28                       |     1.105|      0.106|      0.898|     1.105|      1.313|
## |as.factor(CNTY)29                       |     0.044|      0.088|     -0.129|     0.043|      0.217|
## |as.factor(CNTY)30                       |     0.394|      0.121|      0.152|     0.396|      0.620|
## |as.factor(CNTY)31                       |     0.480|      0.087|      0.310|     0.480|      0.651|
## |as.factor(CNTY)32                       |     0.425|      0.111|      0.208|     0.425|      0.643|
## |as.factor(CNTY)33                       |     1.031|      0.139|      0.750|     1.035|      1.293|
## |as.factor(CNTY)34                       |     1.046|      0.098|      0.852|     1.046|      1.238|
## |as.factor(CNTY)35                       |     0.523|      0.106|      0.315|     0.523|      0.731|
## |as.factor(CNTY)36                       |     0.097|      0.138|     -0.169|     0.095|      0.372|
## |as.factor(CNTY)37                       |     0.745|      0.095|      0.559|     0.745|      0.932|
## |as.factor(CNTY)38                       |     0.203|      0.096|      0.015|     0.203|      0.391|
## |as.factor(CNTY)39                       |     0.258|      0.121|      0.016|     0.261|      0.487|
## |as.factor(CNTY)40                       |     1.015|      0.137|      0.738|     1.019|      1.272|
## |as.factor(CNTY)41                       |     1.153|      0.141|      0.876|     1.153|      1.429|
## |as.factor(CNTY)42                       |     0.243|      0.087|      0.072|     0.243|      0.413|
## |as.factor(CNTY)43                       |     0.274|      0.090|      0.096|     0.274|      0.452|
## |as.factor(CNTY)44                       |     0.409|      0.104|      0.205|     0.409|      0.614|
## |as.factor(CNTY)45                       |    -0.549|      0.147|     -0.839|    -0.549|     -0.262|
## |as.factor(CNTY)46                       |     1.103|      0.104|      0.898|     1.103|      1.307|
## |as.factor(CNTY)47                       |     0.797|      0.089|      0.622|     0.797|      0.972|
## |as.factor(CNTY)48                       |     1.103|      0.124|      0.858|     1.104|      1.344|
## |as.factor(CNTY)49                       |    -0.118|      0.087|     -0.288|    -0.118|      0.052|
## |as.factor(CNTY)50                       |     0.905|      0.114|      0.681|     0.905|      1.130|
## |as.factor(CNTY)51                       |     0.170|      0.122|     -0.069|     0.170|      0.410|
## |as.factor(CNTY)52                       |     0.264|      0.094|      0.079|     0.264|      0.448|
## |as.factor(CNTY)53                       |    -0.047|      0.103|     -0.250|    -0.047|      0.156|
## |as.factor(CNTY)54                       |     0.385|      0.102|      0.185|     0.385|      0.585|
## |as.factor(CNTY)55                       |     0.139|      0.102|     -0.062|     0.139|      0.338|
## |as.factor(CNTY)56                       |     0.555|      0.085|      0.388|     0.555|      0.722|
## |as.factor(CNTY)57                       |     0.022|      0.083|     -0.141|     0.023|      0.185|
## |as.factor(CNTY)58                       |     0.201|      0.089|      0.026|     0.201|      0.377|
## |as.factor(CNTY)59                       |     1.352|      0.103|      1.151|     1.351|      1.554|
## |as.factor(CNTY)60                       |     0.071|      0.080|     -0.086|     0.071|      0.227|
## |as.factor(CNTY)61                       |     0.431|      0.095|      0.245|     0.431|      0.618|
## |as.factor(CNTY)62                       |    -0.015|      0.081|     -0.175|    -0.015|      0.145|
## |as.factor(CNTY)63                       |     0.066|      0.100|     -0.130|     0.066|      0.261|
## |as.factor(CNTY)64                       |     0.927|      0.100|      0.730|     0.928|      1.122|
## |as.factor(CNTY)65                       |     0.134|      0.084|     -0.032|     0.134|      0.300|
## |as.factor(CNTY)66                       |    -0.045|      0.082|     -0.206|    -0.045|      0.116|
## |as.factor(CNTY)67                       |     0.493|      0.092|      0.313|     0.493|      0.672|
## |as.factor(CNTY)68                       |     0.218|      0.103|      0.016|     0.218|      0.420|
## |as.factor(CNTY)69                       |     0.057|      0.083|     -0.106|     0.057|      0.219|
## |as.factor(CNTY)70                       |     0.492|      0.088|      0.319|     0.492|      0.665|
## |as.factor(CNTY)71                       |     0.518|      0.085|      0.351|     0.518|      0.686|
## |as.factor(CNTY)72                       |     0.825|      0.104|      0.618|     0.825|      1.028|
## |as.factor(CNTY)73                       |     0.410|      0.090|      0.234|     0.410|      0.587|
## |as.factor(CNTY)74                       |     0.500|      0.088|      0.327|     0.500|      0.672|
## |as.factor(CNTY)75                       |     0.784|      0.103|      0.579|     0.785|      0.983|
## |as.factor(CNTY)76                       |     0.334|      0.094|      0.149|     0.334|      0.517|
## |as.factor(CNTY)77                       |     0.738|      0.112|      0.518|     0.738|      0.958|
## |as.factor(CNTY)78                       |     0.541|      0.094|      0.355|     0.541|      0.725|
## |as.factor(CNTY)79                       |     0.467|      0.101|      0.269|     0.467|      0.665|
## |as.factor(CNTY)80                       |     0.476|      0.098|      0.284|     0.476|      0.669|
## |as.factor(CNTY)81                       |     0.284|      0.094|      0.101|     0.284|      0.468|
## |as.factor(CNTY)82                       |     0.740|      0.099|      0.546|     0.739|      0.934|
## |as.factor(CNTY)83                       |    -0.059|      0.147|     -0.348|    -0.059|      0.227|
## |as.factor(CNTY)84                       |     0.378|      0.086|      0.209|     0.378|      0.547|
## |as.factor(CNTY)85                       |     0.742|      0.103|      0.538|     0.742|      0.941|
## |as.factor(CNTY)86                       |     0.457|      0.095|      0.270|     0.458|      0.645|
## |as.factor(CNTY)87                       |     1.020|      0.125|      0.769|     1.022|      1.260|
## |as.factor(CNTY)88                       |     0.264|      0.093|      0.079|     0.265|      0.444|
## |as.factor(CNTY)89                       |     0.603|      0.094|      0.419|     0.603|      0.788|
## |as.factor(CNTY)90                       |     0.673|      0.093|      0.491|     0.673|      0.856|
## |as.factor(CNTY)91                       |     0.252|      0.109|      0.038|     0.252|      0.465|
## |as.factor(CNTY)92                       |     0.696|      0.100|      0.498|     0.696|      0.892|
## |as.factor(CNTY)93                       |     0.963|      0.110|      0.743|     0.964|      1.176|
## |as.factor(CNTY)94                       |     1.033|      0.118|      0.798|     1.034|      1.260|
## |as.factor(CNTY)95                       |     0.106|      0.087|     -0.065|     0.106|      0.277|
## |as.factor(CNTY)96                       |     0.501|      0.095|      0.314|     0.501|      0.688|
## |as.factor(CNTY)97                       |     0.489|      0.108|      0.277|     0.489|      0.702|
## |as.factor(CNTY)98                       |     0.314|      0.109|      0.100|     0.314|      0.530|
## |as.factor(CNTY)99                       |     0.764|      0.092|      0.584|     0.764|      0.945|
## |as.factor(CNTY)100                      |     0.291|      0.086|      0.122|     0.291|      0.460|
## |as.factor(CNTY)101                      |     0.745|      0.100|      0.546|     0.745|      0.939|
## |as.factor(CNTY)102                      |     0.058|      0.081|     -0.100|     0.058|      0.216|
## |as.factor(CNTY)103                      |     0.065|      0.100|     -0.130|     0.065|      0.261|
## |Precision for the Gaussian observations |    38.207|      2.212|     34.033|    38.146|     42.737|
## |Precision for fert                      | 29371.499| 273899.390|    284.056|  4093.415| 193362.025|
## |Precision for herb                      |  3361.132|  10270.062|    155.996|  1161.107|  19995.771|
## |Precision for volume                    |   541.030|    706.329|     75.497|   330.745|   2291.204|
## |Precision for TP                        |   307.122|    206.760|     80.333|   253.665|    850.601|
## |Precision for GDD                       |   218.519|    118.501|     70.866|   192.048|    521.512|
## |Precision for SDD                       |    45.092|     17.060|     19.505|    42.592|     85.652|
## |Precision for YEAR.id                   | 18130.296|  18223.373|   1104.393| 12671.262|  66566.747|
## |Precision for YEAR.id2                  |   267.704|    140.028|     81.990|   240.292|    617.605|
## |Precision for LSM_SIDI_ALL              |   310.516|    243.157|     70.163|   242.721|    952.761|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|       R2|
## |---------:|--------:|---------:|--------:|
## | -454.4818| 207.3287| 0.0207141| 0.838427|
plot.smootheffect(name, var="fert")

plot.smootheffect(name, var="herb")

plot.smootheffect(name, var="LSM_SIDI_ALL")

plot.smootheffect(name, var="volume")

plot.smootheffect(name, var="TP")

plot.smootheffect(name, var="GDD")

plot.smootheffect(name, var="SDD")

# plot.spatialeffect("corn_yield_SIDI_fe_nc", data="cornKS_0810nc", crop="corn", type ="FE", scale="CNTY",projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Model with Non-linear Fertlizer and Herbicide and BYM

#gdal problem with epsg integers right now so replace projection=102003 with proj4string
# prep.data.std.nlnc("corn_KS_final", "cornKS_0810", "corn", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_yield_SIDI_bym_normncnl0907'

f1<-build.formula.bym.nlnc('LSM_SIDI_ALL', 'corn', controls = "All", priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

model.results(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |     4.751|      0.022|      4.707|     4.751|      4.794|
## |Precision for the Gaussian observations |    37.716|      2.181|     33.570|    37.667|     42.156|
## |Precision for fert                      | 26891.817| 209204.347|    304.697|  4314.487| 178692.854|
## |Precision for herb                      |  4560.441|  15031.267|    181.498|  1480.888|  27825.683|
## |Precision for volume                    |   716.227|    728.071|    118.534|   499.970|   2624.200|
## |Precision for TP                        |   304.982|    196.101|     85.313|   255.104|    819.256|
## |Precision for GDD                       |   192.727|     99.188|     65.316|   171.591|    444.503|
## |Precision for SDD                       |    44.255|     16.683|     19.562|    41.689|     84.028|
## |Precision for CNTY                      |    24.325|      4.342|     16.721|    24.028|     33.704|
## |Phi for CNTY                            |     0.949|      0.051|      0.814|     0.964|      0.998|
## |Precision for YEAR.id                   |   289.568|    148.957|     91.806|   260.230|    661.679|
## |Precision for YEAR.id2                  | 17903.265|  18110.244|   1085.866| 12467.408|  66071.454|
## |Precision for LSM_SIDI_ALL              |   319.329|    230.030|     74.870|   258.557|    922.047|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -467.5814| 221.2947| 0.0216263| 0.7966191|
plot.smootheffect(name, var="fert")

plot.smootheffect(name, var="herb")

plot.smootheffect(name, var="LSM_SIDI_ALL")

plot.smootheffect(name, var="volume")

plot.smootheffect(name, var="TP")

plot.smootheffect(name, var="GDD")

plot.smootheffect(name, var="SDD")

# plot.spatialeffect("corn_yield_SIDI_fe_nc", data="cornKS_0810nc", crop="corn", type ="FE", scale="CNTY",projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Corn Change in Yield Models

Average Diversity and FE

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_dyield_aveSIDI_fe0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.fe.change1.nlnc(independent = 'aveSIDI2yr', crop='corn', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |     0.002|      0.106|     -0.207|     0.002|      0.210|
## |as.factor(CNTY)2                        |    -0.021|      0.128|     -0.273|    -0.021|      0.230|
## |as.factor(CNTY)3                        |    -0.050|      0.134|     -0.314|    -0.050|      0.213|
## |as.factor(CNTY)4                        |     0.257|      0.197|     -0.127|     0.256|      0.646|
## |as.factor(CNTY)5                        |    -0.163|      0.159|     -0.475|    -0.163|      0.148|
## |as.factor(CNTY)6                        |     0.165|      0.138|     -0.107|     0.165|      0.435|
## |as.factor(CNTY)7                        |    -0.057|      0.133|     -0.318|    -0.057|      0.203|
## |as.factor(CNTY)8                        |     0.114|      0.160|     -0.198|     0.113|      0.429|
## |as.factor(CNTY)9                        |     0.567|      0.349|     -0.108|     0.563|      1.265|
## |as.factor(CNTY)10                       |     0.146|      0.209|     -0.261|     0.145|      0.559|
## |as.factor(CNTY)11                       |    -0.020|      0.140|     -0.295|    -0.020|      0.255|
## |as.factor(CNTY)12                       |    -0.045|      0.155|     -0.349|    -0.045|      0.258|
## |as.factor(CNTY)13                       |    -0.324|      0.272|     -0.857|    -0.324|      0.210|
## |as.factor(CNTY)14                       |    -0.140|      0.156|     -0.446|    -0.140|      0.165|
## |as.factor(CNTY)15                       |     0.085|      0.131|     -0.171|     0.085|      0.341|
## |as.factor(CNTY)16                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |     0.091|      0.161|     -0.226|     0.090|      0.408|
## |as.factor(CNTY)18                       |    -0.071|      0.149|     -0.363|    -0.071|      0.221|
## |as.factor(CNTY)19                       |    -0.139|      0.165|     -0.463|    -0.139|      0.184|
## |as.factor(CNTY)20                       |    -0.228|      0.208|     -0.637|    -0.228|      0.181|
## |as.factor(CNTY)21                       |    -0.191|      0.149|     -0.483|    -0.191|      0.101|
## |as.factor(CNTY)22                       |    -0.068|      0.129|     -0.320|    -0.068|      0.185|
## |as.factor(CNTY)23                       |    -0.139|      0.148|     -0.430|    -0.139|      0.152|
## |as.factor(CNTY)24                       |     0.040|      0.274|     -0.484|     0.033|      0.600|
## |as.factor(CNTY)25                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)26                       |     0.378|      0.272|     -0.157|     0.378|      0.912|
## |as.factor(CNTY)27                       |    -0.023|      0.172|     -0.360|    -0.023|      0.313|
## |as.factor(CNTY)28                       |     0.000|      0.169|     -0.331|     0.000|      0.331|
## |as.factor(CNTY)29                       |     0.001|      0.148|     -0.289|     0.001|      0.291|
## |as.factor(CNTY)30                       |     0.015|      0.130|     -0.240|     0.015|      0.269|
## |as.factor(CNTY)31                       |     0.008|      0.134|     -0.255|     0.008|      0.271|
## |as.factor(CNTY)32                       |    -0.052|      0.181|     -0.407|    -0.052|      0.303|
## |as.factor(CNTY)33                       |    -0.198|      0.157|     -0.507|    -0.198|      0.110|
## |as.factor(CNTY)34                       |    -0.133|      0.151|     -0.430|    -0.133|      0.164|
## |as.factor(CNTY)35                       |    -0.152|      0.178|     -0.501|    -0.152|      0.197|
## |as.factor(CNTY)36                       |     0.105|      0.265|     -0.401|     0.097|      0.649|
## |as.factor(CNTY)37                       |    -0.004|      0.149|     -0.298|    -0.004|      0.289|
## |as.factor(CNTY)38                       |     0.101|      0.154|     -0.201|     0.101|      0.403|
## |as.factor(CNTY)39                       |    -0.205|      0.159|     -0.522|    -0.203|      0.103|
## |as.factor(CNTY)40                       |    -0.075|      0.163|     -0.396|    -0.075|      0.245|
## |as.factor(CNTY)41                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)42                       |     0.051|      0.135|     -0.214|     0.051|      0.316|
## |as.factor(CNTY)43                       |    -0.033|      0.139|     -0.306|    -0.033|      0.240|
## |as.factor(CNTY)44                       |    -0.035|      0.209|     -0.445|    -0.035|      0.375|
## |as.factor(CNTY)45                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)46                       |    -0.249|      0.168|     -0.579|    -0.249|      0.080|
## |as.factor(CNTY)47                       |    -0.051|      0.141|     -0.329|    -0.051|      0.226|
## |as.factor(CNTY)48                       |    -0.071|      0.218|     -0.500|    -0.071|      0.358|
## |as.factor(CNTY)49                       |    -0.227|      0.205|     -0.630|    -0.227|      0.176|
## |as.factor(CNTY)50                       |     0.024|      0.177|     -0.325|     0.024|      0.372|
## |as.factor(CNTY)51                       |     0.068|      0.208|     -0.340|     0.068|      0.475|
## |as.factor(CNTY)52                       |    -0.029|      0.206|     -0.434|    -0.029|      0.375|
## |as.factor(CNTY)53                       |    -0.212|      0.202|     -0.609|    -0.212|      0.185|
## |as.factor(CNTY)54                       |    -0.327|      0.179|     -0.679|    -0.327|      0.024|
## |as.factor(CNTY)55                       |     0.118|      0.161|     -0.196|     0.117|      0.435|
## |as.factor(CNTY)56                       |    -0.190|      0.137|     -0.459|    -0.190|      0.078|
## |as.factor(CNTY)57                       |    -0.067|      0.132|     -0.327|    -0.067|      0.193|
## |as.factor(CNTY)58                       |    -0.191|      0.135|     -0.457|    -0.191|      0.073|
## |as.factor(CNTY)59                       |    -0.048|      0.181|     -0.404|    -0.048|      0.307|
## |as.factor(CNTY)60                       |     0.041|      0.128|     -0.210|     0.041|      0.292|
## |as.factor(CNTY)61                       |    -0.163|      0.149|     -0.456|    -0.163|      0.129|
## |as.factor(CNTY)62                       |     0.061|      0.130|     -0.194|     0.061|      0.315|
## |as.factor(CNTY)63                       |     0.105|      0.166|     -0.218|     0.104|      0.433|
## |as.factor(CNTY)64                       |    -0.061|      0.142|     -0.340|    -0.061|      0.218|
## |as.factor(CNTY)65                       |    -0.095|      0.132|     -0.355|    -0.095|      0.165|
## |as.factor(CNTY)66                       |     0.046|      0.135|     -0.219|     0.046|      0.311|
## |as.factor(CNTY)67                       |     0.062|      0.146|     -0.224|     0.063|      0.348|
## |as.factor(CNTY)68                       |    -0.076|      0.179|     -0.427|    -0.076|      0.275|
## |as.factor(CNTY)69                       |     0.053|      0.131|     -0.204|     0.053|      0.310|
## |as.factor(CNTY)70                       |    -0.053|      0.150|     -0.348|    -0.053|      0.241|
## |as.factor(CNTY)71                       |    -0.010|      0.135|     -0.276|    -0.010|      0.255|
## |as.factor(CNTY)72                       |    -0.169|      0.157|     -0.476|    -0.169|      0.138|
## |as.factor(CNTY)73                       |    -0.030|      0.140|     -0.306|    -0.030|      0.244|
## |as.factor(CNTY)74                       |     0.029|      0.140|     -0.246|     0.029|      0.303|
## |as.factor(CNTY)75                       |    -0.038|      0.143|     -0.319|    -0.038|      0.243|
## |as.factor(CNTY)76                       |    -0.104|      0.148|     -0.395|    -0.104|      0.186|
## |as.factor(CNTY)77                       |     0.104|      0.181|     -0.253|     0.104|      0.459|
## |as.factor(CNTY)78                       |    -0.153|      0.145|     -0.438|    -0.153|      0.131|
## |as.factor(CNTY)79                       |    -0.197|      0.166|     -0.524|    -0.197|      0.129|
## |as.factor(CNTY)80                       |     0.014|      0.160|     -0.300|     0.014|      0.327|
## |as.factor(CNTY)81                       |     0.057|      0.179|     -0.295|     0.057|      0.408|
## |as.factor(CNTY)82                       |     0.023|      0.156|     -0.283|     0.024|      0.329|
## |as.factor(CNTY)83                       |    -0.918|      0.278|     -1.464|    -0.918|     -0.372|
## |as.factor(CNTY)84                       |    -0.033|      0.136|     -0.300|    -0.033|      0.233|
## |as.factor(CNTY)85                       |    -0.108|      0.159|     -0.420|    -0.108|      0.203|
## |as.factor(CNTY)86                       |    -0.156|      0.170|     -0.493|    -0.155|      0.174|
## |as.factor(CNTY)87                       |     0.123|      0.165|     -0.201|     0.123|      0.446|
## |as.factor(CNTY)88                       |    -0.002|      0.128|     -0.254|    -0.002|      0.250|
## |as.factor(CNTY)89                       |    -0.036|      0.136|     -0.303|    -0.036|      0.230|
## |as.factor(CNTY)90                       |    -0.104|      0.135|     -0.370|    -0.103|      0.162|
## |as.factor(CNTY)91                       |    -0.186|      0.182|     -0.545|    -0.186|      0.172|
## |as.factor(CNTY)92                       |    -0.151|      0.158|     -0.460|    -0.151|      0.158|
## |as.factor(CNTY)93                       |    -0.091|      0.152|     -0.390|    -0.091|      0.207|
## |as.factor(CNTY)94                       |    -0.040|      0.160|     -0.354|    -0.040|      0.274|
## |as.factor(CNTY)95                       |    -0.080|      0.139|     -0.353|    -0.080|      0.192|
## |as.factor(CNTY)96                       |    -0.128|      0.149|     -0.421|    -0.128|      0.164|
## |as.factor(CNTY)97                       |     0.100|      0.177|     -0.249|     0.100|      0.448|
## |as.factor(CNTY)98                       |     0.135|      0.187|     -0.228|     0.134|      0.504|
## |as.factor(CNTY)99                       |     0.021|      0.136|     -0.246|     0.021|      0.287|
## |as.factor(CNTY)100                      |    -0.100|      0.139|     -0.374|    -0.100|      0.173|
## |as.factor(CNTY)101                      |    -0.146|      0.143|     -0.428|    -0.146|      0.135|
## |as.factor(CNTY)102                      |     0.000|      0.126|     -0.249|     0.000|      0.247|
## |as.factor(CNTY)103                      |     0.070|      0.189|     -0.298|     0.069|      0.442|
## |Precision for the Gaussian observations |    17.961|      1.239|     15.639|    17.921|     20.516|
## |Precision for dVol                      |   196.433|    166.210|     37.077|   149.610|    635.621|
## |Precision for dTP                       |   606.052|   1093.115|     53.576|   303.862|   3039.245|
## |Precision for dGDD                      |   310.749|    397.319|     43.856|   192.176|   1303.992|
## |Precision for dSDD                      |    33.957|     14.172|     13.552|    31.610|     68.243|
## |Precision for dfert                     | 22710.820| 258265.900|    128.871|  2569.945| 148612.881|
## |Precision for dherb                     |   987.143|   3112.371|     39.924|   330.571|   5983.403|
## |Precision for YEAR.id                   | 18003.918|  18146.871|   1191.741| 12602.811|  66001.809|
## |Precision for YEAR.id2                  |   135.938|     92.415|     32.997|   112.531|    377.474|
## |Precision for aveSIDI2yr                |   106.306|     96.072|     19.517|    78.484|    359.311|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|       CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|---------:|---------:|---------:|
## | 132.6447| -81.72307| 0.0314859| 0.6120797|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI2yr")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average Diversity and BYM

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_dyield_aveSIDI_bym0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

  f1<-build.formula.bym.change1.nlnc(independent = 'aveSIDI2yr', crop='corn', controls = controls, priors = c("pc"))
  m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |    -0.029|      0.032|     -0.094|    -0.028|      0.034|
## |Precision for the Gaussian observations |    18.614|      1.155|     16.430|    18.584|     20.978|
## |Precision for dVol                      |   366.650|    380.015|     58.071|   253.652|   1361.361|
## |Precision for dTP                       |   536.755|    702.960|     70.186|   327.388|   2275.547|
## |Precision for dGDD                      |   601.446|   1008.297|     62.108|   316.710|   2904.887|
## |Precision for dSDD                      |    36.697|     15.073|     15.200|    34.108|     73.369|
## |Precision for dfert                     | 20862.480| 217986.393|    137.477|  2549.094| 135765.082|
## |Precision for dherb                     |   650.627|   1601.106|     32.206|   259.610|   3708.627|
## |Precision for CNTY                      | 61377.620| 350796.269|   1321.537| 13075.537| 402880.783|
## |Phi for CNTY                            |     0.324|      0.273|      0.010|     0.243|      0.919|
## |Precision for YEAR.id                   | 18344.999|  18324.082|   1166.095| 12886.928|  66912.394|
## |Precision for YEAR.id2                  |   178.848|    122.669|     36.582|   149.478|    496.653|
## |Precision for aveSIDI2yr                |  2011.734|   4067.797|    102.117|   912.636|  10760.687|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|       CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|---------:|---------:|---------:|
## | 10.10547| -8.009465| 0.0371126| 0.5610589|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI2yr")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs') #something is clearly not right here

Change in Diversity FE

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_dyield_dSIDI_fe0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.fe.change1.nlnc(independent = 'dSIDI', crop='corn', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

 model.results.change(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |    -0.036|      0.105|     -0.242|    -0.036|      0.169|
## |as.factor(CNTY)2                        |    -0.002|      0.128|     -0.255|    -0.002|      0.250|
## |as.factor(CNTY)3                        |     0.096|      0.125|     -0.149|     0.096|      0.341|
## |as.factor(CNTY)4                        |     0.099|      0.161|     -0.218|     0.099|      0.416|
## |as.factor(CNTY)5                        |     0.041|      0.145|     -0.244|     0.041|      0.326|
## |as.factor(CNTY)6                        |     0.076|      0.134|     -0.186|     0.076|      0.338|
## |as.factor(CNTY)7                        |    -0.003|      0.129|     -0.257|    -0.003|      0.250|
## |as.factor(CNTY)8                        |    -0.026|      0.133|     -0.288|    -0.025|      0.236|
## |as.factor(CNTY)9                        |     0.412|      0.269|     -0.117|     0.412|      0.941|
## |as.factor(CNTY)10                       |    -0.035|      0.173|     -0.375|    -0.035|      0.305|
## |as.factor(CNTY)11                       |     0.139|      0.130|     -0.116|     0.139|      0.394|
## |as.factor(CNTY)12                       |    -0.001|      0.153|     -0.301|    -0.001|      0.299|
## |as.factor(CNTY)13                       |    -0.202|      0.269|     -0.729|    -0.202|      0.325|
## |as.factor(CNTY)14                       |    -0.025|      0.150|     -0.320|    -0.025|      0.270|
## |as.factor(CNTY)15                       |     0.050|      0.128|     -0.202|     0.050|      0.301|
## |as.factor(CNTY)16                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |    -0.021|      0.145|     -0.305|    -0.021|      0.263|
## |as.factor(CNTY)18                       |    -0.061|      0.149|     -0.353|    -0.061|      0.231|
## |as.factor(CNTY)19                       |    -0.062|      0.162|     -0.381|    -0.062|      0.256|
## |as.factor(CNTY)20                       |    -0.124|      0.203|     -0.523|    -0.124|      0.275|
## |as.factor(CNTY)21                       |    -0.061|      0.142|     -0.340|    -0.061|      0.219|
## |as.factor(CNTY)22                       |     0.018|      0.124|     -0.226|     0.018|      0.262|
## |as.factor(CNTY)23                       |     0.023|      0.140|     -0.252|     0.023|      0.297|
## |as.factor(CNTY)24                       |    -0.120|      0.158|     -0.431|    -0.120|      0.190|
## |as.factor(CNTY)25                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)26                       |     0.313|      0.271|     -0.218|     0.313|      0.844|
## |as.factor(CNTY)27                       |     0.147|      0.162|     -0.172|     0.147|      0.466|
## |as.factor(CNTY)28                       |     0.116|      0.163|     -0.204|     0.116|      0.436|
## |as.factor(CNTY)29                       |     0.034|      0.144|     -0.250|     0.034|      0.317|
## |as.factor(CNTY)30                       |     0.017|      0.128|     -0.234|     0.017|      0.269|
## |as.factor(CNTY)31                       |     0.047|      0.132|     -0.212|     0.047|      0.306|
## |as.factor(CNTY)32                       |     0.023|      0.178|     -0.326|     0.023|      0.372|
## |as.factor(CNTY)33                       |    -0.070|      0.152|     -0.368|    -0.070|      0.227|
## |as.factor(CNTY)34                       |     0.049|      0.140|     -0.226|     0.049|      0.324|
## |as.factor(CNTY)35                       |    -0.097|      0.175|     -0.440|    -0.097|      0.245|
## |as.factor(CNTY)36                       |    -0.043|      0.142|     -0.322|    -0.043|      0.236|
## |as.factor(CNTY)37                       |     0.081|      0.145|     -0.204|     0.081|      0.365|
## |as.factor(CNTY)38                       |     0.047|      0.151|     -0.249|     0.047|      0.344|
## |as.factor(CNTY)39                       |    -0.001|      0.127|     -0.251|    -0.001|      0.248|
## |as.factor(CNTY)40                       |     0.106|      0.151|     -0.191|     0.106|      0.403|
## |as.factor(CNTY)41                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)42                       |    -0.020|      0.130|     -0.276|    -0.020|      0.236|
## |as.factor(CNTY)43                       |     0.066|      0.137|     -0.202|     0.066|      0.334|
## |as.factor(CNTY)44                       |     0.028|      0.206|     -0.377|     0.028|      0.432|
## |as.factor(CNTY)45                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)46                       |    -0.114|      0.161|     -0.430|    -0.114|      0.203|
## |as.factor(CNTY)47                       |    -0.076|      0.139|     -0.350|    -0.076|      0.197|
## |as.factor(CNTY)48                       |    -0.166|      0.205|     -0.568|    -0.166|      0.235|
## |as.factor(CNTY)49                       |    -0.258|      0.205|     -0.660|    -0.258|      0.144|
## |as.factor(CNTY)50                       |     0.066|      0.177|     -0.282|     0.066|      0.413|
## |as.factor(CNTY)51                       |     0.208|      0.202|     -0.189|     0.208|      0.604|
## |as.factor(CNTY)52                       |    -0.066|      0.206|     -0.470|    -0.066|      0.337|
## |as.factor(CNTY)53                       |    -0.201|      0.203|     -0.599|    -0.201|      0.196|
## |as.factor(CNTY)54                       |    -0.274|      0.177|     -0.620|    -0.274|      0.073|
## |as.factor(CNTY)55                       |    -0.026|      0.134|     -0.291|    -0.026|      0.237|
## |as.factor(CNTY)56                       |    -0.051|      0.130|     -0.306|    -0.051|      0.204|
## |as.factor(CNTY)57                       |    -0.025|      0.129|     -0.279|    -0.025|      0.228|
## |as.factor(CNTY)58                       |    -0.082|      0.128|     -0.334|    -0.082|      0.170|
## |as.factor(CNTY)59                       |    -0.081|      0.177|     -0.429|    -0.081|      0.266|
## |as.factor(CNTY)60                       |     0.021|      0.128|     -0.230|     0.021|      0.272|
## |as.factor(CNTY)61                       |    -0.044|      0.144|     -0.326|    -0.044|      0.238|
## |as.factor(CNTY)62                       |     0.064|      0.129|     -0.189|     0.064|      0.317|
## |as.factor(CNTY)63                       |    -0.072|      0.131|     -0.329|    -0.072|      0.186|
## |as.factor(CNTY)64                       |     0.061|      0.135|     -0.204|     0.061|      0.326|
## |as.factor(CNTY)65                       |    -0.034|      0.129|     -0.287|    -0.034|      0.218|
## |as.factor(CNTY)66                       |     0.036|      0.135|     -0.229|     0.036|      0.301|
## |as.factor(CNTY)67                       |     0.044|      0.144|     -0.239|     0.044|      0.326|
## |as.factor(CNTY)68                       |    -0.020|      0.178|     -0.370|    -0.020|      0.329|
## |as.factor(CNTY)69                       |     0.005|      0.128|     -0.245|     0.005|      0.256|
## |as.factor(CNTY)70                       |    -0.019|      0.149|     -0.311|    -0.019|      0.273|
## |as.factor(CNTY)71                       |     0.028|      0.135|     -0.238|     0.028|      0.293|
## |as.factor(CNTY)72                       |     0.019|      0.144|     -0.264|     0.019|      0.302|
## |as.factor(CNTY)73                       |     0.016|      0.140|     -0.259|     0.016|      0.291|
## |as.factor(CNTY)74                       |    -0.030|      0.133|     -0.291|    -0.030|      0.231|
## |as.factor(CNTY)75                       |     0.036|      0.140|     -0.238|     0.036|      0.310|
## |as.factor(CNTY)76                       |    -0.035|      0.146|     -0.321|    -0.035|      0.252|
## |as.factor(CNTY)77                       |     0.184|      0.178|     -0.166|     0.184|      0.534|
## |as.factor(CNTY)78                       |     0.027|      0.131|     -0.229|     0.027|      0.283|
## |as.factor(CNTY)79                       |    -0.056|      0.162|     -0.373|    -0.056|      0.261|
## |as.factor(CNTY)80                       |     0.001|      0.159|     -0.311|     0.001|      0.312|
## |as.factor(CNTY)81                       |     0.104|      0.177|     -0.244|     0.104|      0.452|
## |as.factor(CNTY)82                       |     0.086|      0.152|     -0.212|     0.086|      0.383|
## |as.factor(CNTY)83                       |    -1.043|      0.270|     -1.574|    -1.043|     -0.512|
## |as.factor(CNTY)84                       |     0.025|      0.135|     -0.241|     0.025|      0.291|
## |as.factor(CNTY)85                       |     0.048|      0.151|     -0.249|     0.048|      0.344|
## |as.factor(CNTY)86                       |     0.064|      0.144|     -0.219|     0.064|      0.347|
## |as.factor(CNTY)87                       |     0.169|      0.162|     -0.149|     0.169|      0.488|
## |as.factor(CNTY)88                       |     0.037|      0.127|     -0.211|     0.037|      0.286|
## |as.factor(CNTY)89                       |     0.027|      0.132|     -0.231|     0.027|      0.285|
## |as.factor(CNTY)90                       |     0.001|      0.129|     -0.252|     0.001|      0.255|
## |as.factor(CNTY)91                       |    -0.125|      0.178|     -0.475|    -0.125|      0.225|
## |as.factor(CNTY)92                       |     0.010|      0.151|     -0.287|     0.010|      0.307|
## |as.factor(CNTY)93                       |     0.048|      0.144|     -0.235|     0.048|      0.331|
## |as.factor(CNTY)94                       |     0.100|      0.152|     -0.199|     0.100|      0.399|
## |as.factor(CNTY)95                       |     0.013|      0.134|     -0.251|     0.013|      0.276|
## |as.factor(CNTY)96                       |     0.011|      0.142|     -0.267|     0.011|      0.288|
## |as.factor(CNTY)97                       |     0.126|      0.176|     -0.221|     0.126|      0.472|
## |as.factor(CNTY)98                       |    -0.020|      0.151|     -0.317|    -0.020|      0.277|
## |as.factor(CNTY)99                       |     0.002|      0.134|     -0.262|     0.002|      0.265|
## |as.factor(CNTY)100                      |    -0.039|      0.136|     -0.307|    -0.039|      0.228|
## |as.factor(CNTY)101                      |    -0.023|      0.136|     -0.289|    -0.023|      0.243|
## |as.factor(CNTY)102                      |     0.028|      0.126|     -0.218|     0.028|      0.275|
## |as.factor(CNTY)103                      |    -0.069|      0.157|     -0.378|    -0.069|      0.239|
## |Precision for the Gaussian observations |    17.825|      1.222|     15.536|    17.785|     20.343|
## |Precision for dVol                      |   168.188|    149.176|     32.683|   125.018|    562.049|
## |Precision for dTP                       |   903.060|   2032.332|     61.458|   389.770|   4913.539|
## |Precision for dGDD                      |   382.045|    514.197|     47.914|   229.399|   1645.854|
## |Precision for dSDD                      |    32.492|     13.571|     13.176|    30.171|     65.360|
## |Precision for dfert                     | 22716.447| 262465.146|    129.752|  2541.996| 147885.704|
## |Precision for dherb                     |  1232.723|   4083.465|     42.690|   394.236|   7581.813|
## |Precision for YEAR.id                   | 19598.119|  18944.211|   1168.882| 13993.970|  69694.069|
## |Precision for YEAR.id2                  |   146.591|    109.202|     35.077|   116.722|    433.711|
## |Precision for dSIDI                     |   315.502|    334.345|     44.911|   216.141|   1185.624|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|       CPO|       MSE|       R2|
## |--------:|---------:|---------:|--------:|
## | 134.2675| -82.46399| 0.0318603| 0.611858|
        plot.smootheffect(name, var="dSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Change in Diversity BYM

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_dyield_dSIDI_bym0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.bym.change1.nlnc(independent = 'dSIDI', crop='corn', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |    -0.026|      0.034|     -0.095|    -0.025|      0.041|
## |Precision for the Gaussian observations |    18.817|      1.174|     16.648|    18.767|     21.260|
## |Precision for dVol                      |   318.482|    315.994|     50.627|   225.361|   1149.022|
## |Precision for dTP                       |   731.504|   1058.871|     77.247|   420.131|   3302.715|
## |Precision for dGDD                      |   710.677|   1134.622|     64.915|   383.706|   3376.566|
## |Precision for dSDD                      |    36.356|     15.431|     15.257|    33.388|     74.528|
## |Precision for dfert                     | 17700.436| 185285.509|    134.321|  2208.739| 115384.179|
## |Precision for dherb                     |  1603.262|   7149.750|     43.994|   412.098|  10294.153|
## |Precision for CNTY                      | 81792.011| 595413.834|   1542.660| 14706.164| 536168.248|
## |Phi for CNTY                            |     0.301|      0.268|      0.007|     0.216|      0.902|
## |Precision for YEAR.id                   | 16757.012|  17710.264|   1100.295| 11430.007|  63399.937|
## |Precision for YEAR.id2                  |   145.034|    102.395|     35.255|   118.141|    414.240|
## |Precision for dSIDI                     |   395.321|    390.666|     62.637|   280.341|   1417.799|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|       CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|---------:|---------:|---------:|
## | 3.136139| -4.957958| 0.0366195| 0.5668345|
        plot.smootheffect(name, var="dSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Corn Variation in Yield Models

Average Diversity and CV of Climate Vars and FE

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_covyield_aveSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.fe.cov1.nlnc(independent='aveSIDI3yr', 'corn', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |        mean|           sd| 0.025quant|  0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|-----------:|------------:|----------:|---------:|-----------:|
## |(Intercept)                             |       0.076|        0.012|      0.053|     0.076|       0.098|
## |as.factor(CNTY)2                        |      -0.007|        0.014|     -0.035|    -0.007|       0.020|
## |as.factor(CNTY)3                        |      -0.040|        0.015|     -0.069|    -0.040|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)4                        |      -0.062|        0.019|     -0.100|    -0.062|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)5                        |      -0.054|        0.017|     -0.089|    -0.054|      -0.021|
## |as.factor(CNTY)6                        |      -0.025|        0.014|     -0.053|    -0.025|       0.004|
## |as.factor(CNTY)7                        |      -0.046|        0.015|     -0.075|    -0.046|      -0.017|
## |as.factor(CNTY)8                        |      -0.009|        0.017|     -0.041|    -0.009|       0.024|
## |as.factor(CNTY)9                        |      -0.017|        0.030|     -0.076|    -0.017|       0.042|
## |as.factor(CNTY)10                       |      -0.001|        0.022|     -0.045|    -0.001|       0.043|
## |as.factor(CNTY)11                       |      -0.002|        0.015|     -0.031|    -0.002|       0.027|
## |as.factor(CNTY)12                       |      -0.046|        0.016|     -0.077|    -0.046|      -0.015|
## |as.factor(CNTY)13                       |      -0.048|        0.030|     -0.107|    -0.048|       0.011|
## |as.factor(CNTY)14                       |      -0.039|        0.015|     -0.069|    -0.039|      -0.009|
## |as.factor(CNTY)15                       |      -0.024|        0.014|     -0.052|    -0.024|       0.003|
## |as.factor(CNTY)16                       |       0.000|     3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |       0.009|        0.017|     -0.024|     0.009|       0.042|
## |as.factor(CNTY)18                       |       0.044|        0.015|      0.014|     0.044|       0.074|
## |as.factor(CNTY)19                       |      -0.010|        0.016|     -0.042|    -0.010|       0.021|
## |as.factor(CNTY)20                       |      -0.005|        0.019|     -0.043|    -0.005|       0.033|
## |as.factor(CNTY)21                       |      -0.050|        0.015|     -0.081|    -0.050|      -0.020|
## |as.factor(CNTY)22                       |      -0.030|        0.014|     -0.058|    -0.030|      -0.002|
## |as.factor(CNTY)23                       |      -0.059|        0.016|     -0.091|    -0.059|      -0.027|
## |as.factor(CNTY)24                       |      -0.020|        0.026|     -0.072|    -0.020|       0.032|
## |as.factor(CNTY)25                       |       0.000|     3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)26                       |       0.016|        0.029|     -0.041|     0.016|       0.072|
## |as.factor(CNTY)27                       |      -0.056|        0.019|     -0.093|    -0.056|      -0.019|
## |as.factor(CNTY)28                       |      -0.052|        0.017|     -0.085|    -0.052|      -0.019|
## |as.factor(CNTY)29                       |      -0.007|        0.016|     -0.038|    -0.007|       0.024|
## |as.factor(CNTY)30                       |      -0.030|        0.015|     -0.059|    -0.030|      -0.001|
## |as.factor(CNTY)31                       |      -0.012|        0.015|     -0.041|    -0.012|       0.016|
## |as.factor(CNTY)32                       |      -0.032|        0.017|     -0.066|    -0.032|       0.002|
## |as.factor(CNTY)33                       |      -0.044|        0.016|     -0.076|    -0.044|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)34                       |      -0.049|        0.016|     -0.081|    -0.049|      -0.017|
## |as.factor(CNTY)35                       |      -0.039|        0.018|     -0.074|    -0.039|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)36                       |      -0.003|        0.025|     -0.054|    -0.003|       0.048|
## |as.factor(CNTY)37                       |      -0.033|        0.015|     -0.064|    -0.033|      -0.003|
## |as.factor(CNTY)38                       |       0.018|        0.017|     -0.015|     0.018|       0.051|
## |as.factor(CNTY)39                       |      -0.047|        0.017|     -0.081|    -0.046|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)40                       |      -0.053|        0.017|     -0.087|    -0.053|      -0.020|
## |as.factor(CNTY)41                       |       0.000|     3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)42                       |      -0.039|        0.014|     -0.067|    -0.039|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)43                       |      -0.063|        0.014|     -0.092|    -0.063|      -0.035|
## |as.factor(CNTY)44                       |      -0.054|        0.019|     -0.092|    -0.054|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)45                       |       0.000|     3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)46                       |      -0.060|        0.017|     -0.094|    -0.059|      -0.026|
## |as.factor(CNTY)47                       |      -0.052|        0.015|     -0.083|    -0.052|      -0.022|
## |as.factor(CNTY)48                       |      -0.065|        0.020|     -0.105|    -0.065|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)49                       |      -0.041|        0.019|     -0.078|    -0.041|      -0.004|
## |as.factor(CNTY)50                       |      -0.031|        0.018|     -0.066|    -0.031|       0.003|
## |as.factor(CNTY)51                       |      -0.049|        0.023|     -0.094|    -0.049|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)52                       |      -0.017|        0.019|     -0.054|    -0.017|       0.020|
## |as.factor(CNTY)53                       |      -0.006|        0.019|     -0.043|    -0.006|       0.031|
## |as.factor(CNTY)54                       |       0.020|        0.018|     -0.015|     0.020|       0.055|
## |as.factor(CNTY)55                       |      -0.040|        0.016|     -0.073|    -0.040|      -0.008|
## |as.factor(CNTY)56                       |      -0.044|        0.015|     -0.074|    -0.044|      -0.015|
## |as.factor(CNTY)57                       |       0.015|        0.015|     -0.014|     0.015|       0.043|
## |as.factor(CNTY)58                       |      -0.025|        0.015|     -0.054|    -0.025|       0.005|
## |as.factor(CNTY)59                       |      -0.059|        0.018|     -0.094|    -0.059|      -0.023|
## |as.factor(CNTY)60                       |      -0.014|        0.014|     -0.041|    -0.014|       0.013|
## |as.factor(CNTY)61                       |      -0.025|        0.016|     -0.055|    -0.025|       0.006|
## |as.factor(CNTY)62                       |      -0.007|        0.014|     -0.034|    -0.007|       0.021|
## |as.factor(CNTY)63                       |       0.028|        0.017|     -0.005|     0.028|       0.060|
## |as.factor(CNTY)64                       |      -0.040|        0.015|     -0.070|    -0.040|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)65                       |      -0.031|        0.014|     -0.058|    -0.031|      -0.003|
## |as.factor(CNTY)66                       |       0.003|        0.014|     -0.025|     0.003|       0.030|
## |as.factor(CNTY)67                       |      -0.032|        0.016|     -0.063|    -0.032|      -0.001|
## |as.factor(CNTY)68                       |      -0.016|        0.018|     -0.051|    -0.016|       0.018|
## |as.factor(CNTY)69                       |      -0.002|        0.014|     -0.029|    -0.002|       0.026|
## |as.factor(CNTY)70                       |      -0.027|        0.015|     -0.057|    -0.027|       0.002|
## |as.factor(CNTY)71                       |      -0.011|        0.015|     -0.040|    -0.011|       0.019|
## |as.factor(CNTY)72                       |      -0.041|        0.016|     -0.074|    -0.041|      -0.009|
## |as.factor(CNTY)73                       |      -0.016|        0.015|     -0.045|    -0.016|       0.013|
## |as.factor(CNTY)74                       |      -0.054|        0.015|     -0.084|    -0.054|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)75                       |      -0.052|        0.016|     -0.083|    -0.052|      -0.021|
## |as.factor(CNTY)76                       |      -0.010|        0.015|     -0.039|    -0.010|       0.020|
## |as.factor(CNTY)77                       |      -0.065|        0.018|     -0.100|    -0.065|      -0.030|
## |as.factor(CNTY)78                       |      -0.052|        0.016|     -0.083|    -0.052|      -0.022|
## |as.factor(CNTY)79                       |      -0.058|        0.017|     -0.092|    -0.058|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)80                       |      -0.041|        0.016|     -0.074|    -0.041|      -0.009|
## |as.factor(CNTY)81                       |      -0.049|        0.017|     -0.083|    -0.049|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)82                       |      -0.028|        0.016|     -0.059|    -0.028|       0.003|
## |as.factor(CNTY)83                       |       0.161|        0.023|      0.116|     0.161|       0.206|
## |as.factor(CNTY)84                       |      -0.013|        0.015|     -0.042|    -0.013|       0.016|
## |as.factor(CNTY)85                       |      -0.041|        0.016|     -0.073|    -0.041|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)86                       |      -0.060|        0.018|     -0.096|    -0.060|      -0.024|
## |as.factor(CNTY)87                       |      -0.045|        0.017|     -0.078|    -0.045|      -0.012|
## |as.factor(CNTY)88                       |      -0.045|        0.014|     -0.073|    -0.045|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)89                       |      -0.044|        0.015|     -0.072|    -0.044|      -0.015|
## |as.factor(CNTY)90                       |      -0.048|        0.015|     -0.077|    -0.048|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)91                       |       0.015|        0.017|     -0.019|     0.015|       0.050|
## |as.factor(CNTY)92                       |      -0.046|        0.016|     -0.078|    -0.046|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)93                       |      -0.046|        0.016|     -0.077|    -0.046|      -0.015|
## |as.factor(CNTY)94                       |      -0.053|        0.017|     -0.085|    -0.053|      -0.020|
## |as.factor(CNTY)95                       |      -0.032|        0.015|     -0.061|    -0.032|      -0.003|
## |as.factor(CNTY)96                       |      -0.041|        0.016|     -0.072|    -0.041|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)97                       |      -0.021|        0.018|     -0.055|    -0.021|       0.014|
## |as.factor(CNTY)98                       |      -0.031|        0.018|     -0.067|    -0.031|       0.005|
## |as.factor(CNTY)99                       |      -0.036|        0.015|     -0.065|    -0.036|      -0.008|
## |as.factor(CNTY)100                      |      -0.041|        0.015|     -0.070|    -0.041|      -0.012|
## |as.factor(CNTY)101                      |      -0.036|        0.015|     -0.066|    -0.036|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)102                      |      -0.006|        0.014|     -0.033|    -0.006|       0.021|
## |as.factor(CNTY)103                      |      -0.010|        0.019|     -0.047|    -0.010|       0.027|
## |Precision for the Gaussian observations |    1593.887|      105.738|   1394.059|  1591.145|    1810.277|
## |Precision for covVol                    |   10910.541|    12740.267|   1257.716|  7097.679|   43891.842|
## |Precision for covTP                     |   50505.674|    58328.837|   6050.545| 33060.019|  201871.756|
## |Precision for covGDD                    |   15544.576|    11673.651|   3405.219| 12414.087|   46248.859|
## |Precision for covSDD                    |    3373.188|     1540.186|   1254.632|  3088.215|    7163.413|
## |Precision for covfert                   | 1195094.191| 22884545.849|   3803.327| 87996.689| 7326884.755|
## |Precision for covherb                   |   33216.939|    67905.474|   2453.966| 15295.940|  174939.287|
## |Precision for YEAR.id                   |   18625.333|    14469.597|   3562.733| 14751.012|   57514.835|
## |Precision for YEAR.id2                  |   18132.015|    14345.308|   3768.161| 14175.786|   56303.671|
## |Precision for aveSIDI3yr                |   16169.872|    19270.432|   2362.377| 10388.191|   65046.865|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|--------:|---------:|---------:|
## | -2721.06| 1344.895| 0.0003832| 0.7171701|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average Diversity and CV of Climate Vars and BYM

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_covyield_aveSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.bym.cov1.nlnc(independent='aveSIDI3yr', 'corn', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |        mean|           sd| 0.025quant|  0.5quant|   0.975quant|
## |:---------------------------------------|-----------:|------------:|----------:|---------:|------------:|
## |1                                       |       0.047| 5.000000e-03|      0.037|     0.047|        0.057|
## |Precision for the Gaussian observations |    1493.483| 7.897100e+01|   1324.438|  1500.218|     1631.266|
## |Precision for covVol                    |    9059.941| 7.738089e+03|   1371.338|  6932.956|    29602.359|
## |Precision for covTP                     |   55823.769| 6.291389e+04|   7404.382| 37024.317|   219375.851|
## |Precision for covGDD                    |   25632.803| 2.255960e+04|   5491.216| 19032.743|    85112.477|
## |Precision for covSDD                    |    3058.302| 1.382418e+03|   1168.318|  2795.711|     6488.404|
## |Precision for covfert                   | 4860235.650| 1.421719e+18|   4473.893| 86786.324| 19032849.251|
## |Precision for covherb                   |   43522.897| 7.938943e+04|   3223.235| 21502.156|   219528.835|
## |Precision for CNTY                      |    2138.149| 4.801360e+02|   1346.989|  2087.352|     3226.185|
## |Phi for CNTY                            |       0.422| 1.840000e-01|      0.115|     0.408|        0.796|
## |Precision for YEAR.id                   |   16208.927| 1.223503e+04|   3532.561| 12897.057|    49266.069|
## |Precision for YEAR.id2                  |   16791.876| 1.259653e+04|   3408.812| 13472.677|    50181.597|
## |Precision for aveSIDI3yr                |   22589.861| 2.281220e+04|   3600.853| 15839.931|    82320.851|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|     CPO|      MSE|        R2|
## |---------:|-------:|--------:|---------:|
## | -2720.871| 1346.52| 0.000419| 0.6209104|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

CV Diversity and CV of Climate Vars and FE

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_covyield_covSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.fe.cov1.nlnc(independent='covSIDI', 'corn', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|          sd| 0.025quant|  0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|-----------:|----------:|---------:|-----------:|
## |(Intercept)                             |      0.073|       0.012|      0.050|     0.073|       0.095|
## |as.factor(CNTY)2                        |     -0.010|       0.014|     -0.037|    -0.010|       0.017|
## |as.factor(CNTY)3                        |     -0.032|       0.014|     -0.059|    -0.032|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)4                        |     -0.062|       0.016|     -0.094|    -0.062|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)5                        |     -0.043|       0.016|     -0.075|    -0.043|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)6                        |     -0.022|       0.014|     -0.049|    -0.022|       0.005|
## |as.factor(CNTY)7                        |     -0.044|       0.015|     -0.073|    -0.044|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)8                        |     -0.006|       0.014|     -0.034|    -0.006|       0.021|
## |as.factor(CNTY)9                        |     -0.014|       0.021|     -0.056|    -0.014|       0.028|
## |as.factor(CNTY)10                       |      0.004|       0.020|     -0.034|     0.004|       0.042|
## |as.factor(CNTY)11                       |      0.002|       0.014|     -0.025|     0.002|       0.029|
## |as.factor(CNTY)12                       |     -0.042|       0.016|     -0.073|    -0.042|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)13                       |     -0.044|       0.029|     -0.102|    -0.044|       0.013|
## |as.factor(CNTY)14                       |     -0.034|       0.015|     -0.063|    -0.034|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)15                       |     -0.023|       0.014|     -0.050|    -0.023|       0.004|
## |as.factor(CNTY)16                       |      0.000|    3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |      0.013|       0.015|     -0.016|     0.013|       0.041|
## |as.factor(CNTY)18                       |      0.044|       0.015|      0.014|     0.044|       0.073|
## |as.factor(CNTY)19                       |     -0.011|       0.016|     -0.042|    -0.011|       0.020|
## |as.factor(CNTY)20                       |     -0.008|       0.019|     -0.045|    -0.008|       0.029|
## |as.factor(CNTY)21                       |     -0.039|       0.015|     -0.068|    -0.039|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)22                       |     -0.026|       0.014|     -0.054|    -0.026|       0.001|
## |as.factor(CNTY)23                       |     -0.050|       0.015|     -0.080|    -0.050|      -0.021|
## |as.factor(CNTY)24                       |     -0.021|       0.015|     -0.051|    -0.021|       0.010|
## |as.factor(CNTY)25                       |      0.000|    3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)26                       |      0.022|       0.028|     -0.033|     0.022|       0.077|
## |as.factor(CNTY)27                       |     -0.043|       0.018|     -0.078|    -0.043|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)28                       |     -0.042|       0.016|     -0.075|    -0.042|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)29                       |     -0.006|       0.015|     -0.036|    -0.006|       0.024|
## |as.factor(CNTY)30                       |     -0.029|       0.014|     -0.057|    -0.029|       0.000|
## |as.factor(CNTY)31                       |     -0.010|       0.015|     -0.039|    -0.010|       0.018|
## |as.factor(CNTY)32                       |     -0.027|       0.017|     -0.062|    -0.027|       0.007|
## |as.factor(CNTY)33                       |     -0.036|       0.016|     -0.067|    -0.036|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)34                       |     -0.037|       0.015|     -0.066|    -0.037|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)35                       |     -0.041|       0.017|     -0.075|    -0.041|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)36                       |     -0.004|       0.014|     -0.032|    -0.004|       0.024|
## |as.factor(CNTY)37                       |     -0.034|       0.015|     -0.064|    -0.034|      -0.004|
## |as.factor(CNTY)38                       |      0.020|       0.016|     -0.013|     0.020|       0.052|
## |as.factor(CNTY)39                       |     -0.041|       0.015|     -0.069|    -0.041|      -0.012|
## |as.factor(CNTY)40                       |     -0.042|       0.016|     -0.073|    -0.042|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)41                       |      0.000|    3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)42                       |     -0.038|       0.014|     -0.065|    -0.038|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)43                       |     -0.063|       0.014|     -0.091|    -0.063|      -0.035|
## |as.factor(CNTY)44                       |     -0.048|       0.019|     -0.085|    -0.048|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)45                       |      0.000|    3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)46                       |     -0.049|       0.017|     -0.081|    -0.049|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)47                       |     -0.052|       0.015|     -0.081|    -0.052|      -0.022|
## |as.factor(CNTY)48                       |     -0.060|       0.019|     -0.096|    -0.060|      -0.023|
## |as.factor(CNTY)49                       |     -0.043|       0.019|     -0.080|    -0.043|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)50                       |     -0.035|       0.017|     -0.069|    -0.035|      -0.001|
## |as.factor(CNTY)51                       |     -0.037|       0.022|     -0.080|    -0.037|       0.005|
## |as.factor(CNTY)52                       |     -0.013|       0.019|     -0.049|    -0.013|       0.024|
## |as.factor(CNTY)53                       |     -0.005|       0.019|     -0.042|    -0.005|       0.032|
## |as.factor(CNTY)54                       |      0.021|       0.018|     -0.014|     0.021|       0.056|
## |as.factor(CNTY)55                       |     -0.040|       0.014|     -0.068|    -0.040|      -0.012|
## |as.factor(CNTY)56                       |     -0.042|       0.015|     -0.070|    -0.042|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)57                       |      0.013|       0.014|     -0.015|     0.013|       0.041|
## |as.factor(CNTY)58                       |     -0.020|       0.015|     -0.048|    -0.020|       0.009|
## |as.factor(CNTY)59                       |     -0.058|       0.017|     -0.092|    -0.058|      -0.023|
## |as.factor(CNTY)60                       |     -0.014|       0.014|     -0.041|    -0.014|       0.012|
## |as.factor(CNTY)61                       |     -0.020|       0.015|     -0.050|    -0.020|       0.010|
## |as.factor(CNTY)62                       |     -0.009|       0.014|     -0.036|    -0.009|       0.018|
## |as.factor(CNTY)63                       |      0.028|       0.014|      0.001|     0.028|       0.055|
## |as.factor(CNTY)64                       |     -0.037|       0.015|     -0.066|    -0.037|      -0.008|
## |as.factor(CNTY)65                       |     -0.029|       0.014|     -0.056|    -0.029|      -0.002|
## |as.factor(CNTY)66                       |      0.004|       0.014|     -0.024|     0.004|       0.031|
## |as.factor(CNTY)67                       |     -0.031|       0.015|     -0.061|    -0.031|       0.000|
## |as.factor(CNTY)68                       |     -0.012|       0.018|     -0.047|    -0.012|       0.022|
## |as.factor(CNTY)69                       |      0.000|       0.014|     -0.027|     0.000|       0.026|
## |as.factor(CNTY)70                       |     -0.027|       0.015|     -0.056|    -0.027|       0.002|
## |as.factor(CNTY)71                       |     -0.013|       0.015|     -0.042|    -0.013|       0.016|
## |as.factor(CNTY)72                       |     -0.031|       0.015|     -0.061|    -0.031|      -0.001|
## |as.factor(CNTY)73                       |     -0.015|       0.015|     -0.044|    -0.015|       0.014|
## |as.factor(CNTY)74                       |     -0.048|       0.014|     -0.077|    -0.048|      -0.020|
## |as.factor(CNTY)75                       |     -0.052|       0.015|     -0.082|    -0.052|      -0.022|
## |as.factor(CNTY)76                       |     -0.011|       0.015|     -0.041|    -0.011|       0.018|
## |as.factor(CNTY)77                       |     -0.066|       0.017|     -0.100|    -0.066|      -0.032|
## |as.factor(CNTY)78                       |     -0.045|       0.014|     -0.073|    -0.045|      -0.017|
## |as.factor(CNTY)79                       |     -0.054|       0.017|     -0.087|    -0.054|      -0.022|
## |as.factor(CNTY)80                       |     -0.037|       0.016|     -0.069|    -0.037|      -0.006|
## |as.factor(CNTY)81                       |     -0.048|       0.017|     -0.081|    -0.048|      -0.015|
## |as.factor(CNTY)82                       |     -0.031|       0.015|     -0.062|    -0.031|      -0.001|
## |as.factor(CNTY)83                       |      0.164|       0.021|      0.122|     0.164|       0.206|
## |as.factor(CNTY)84                       |     -0.018|       0.014|     -0.047|    -0.018|       0.010|
## |as.factor(CNTY)85                       |     -0.030|       0.015|     -0.060|    -0.030|       0.000|
## |as.factor(CNTY)86                       |     -0.055|       0.016|     -0.086|    -0.055|      -0.024|
## |as.factor(CNTY)87                       |     -0.042|       0.016|     -0.074|    -0.042|      -0.009|
## |as.factor(CNTY)88                       |     -0.048|       0.014|     -0.075|    -0.048|      -0.022|
## |as.factor(CNTY)89                       |     -0.040|       0.015|     -0.068|    -0.040|      -0.011|
## |as.factor(CNTY)90                       |     -0.041|       0.015|     -0.070|    -0.041|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)91                       |      0.016|       0.017|     -0.018|     0.016|       0.050|
## |as.factor(CNTY)92                       |     -0.038|       0.016|     -0.069|    -0.038|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)93                       |     -0.039|       0.015|     -0.069|    -0.039|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)94                       |     -0.044|       0.016|     -0.076|    -0.044|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)95                       |     -0.035|       0.014|     -0.063|    -0.035|      -0.006|
## |as.factor(CNTY)96                       |     -0.033|       0.015|     -0.063|    -0.033|      -0.003|
## |as.factor(CNTY)97                       |     -0.017|       0.017|     -0.051|    -0.017|       0.017|
## |as.factor(CNTY)98                       |     -0.027|       0.015|     -0.057|    -0.027|       0.002|
## |as.factor(CNTY)99                       |     -0.031|       0.014|     -0.059|    -0.031|      -0.003|
## |as.factor(CNTY)100                      |     -0.042|       0.014|     -0.070|    -0.042|      -0.014|
## |as.factor(CNTY)101                      |     -0.033|       0.015|     -0.062|    -0.033|      -0.003|
## |as.factor(CNTY)102                      |     -0.009|       0.014|     -0.036|    -0.009|       0.017|
## |as.factor(CNTY)103                      |     -0.013|       0.017|     -0.046|    -0.013|       0.020|
## |Precision for the Gaussian observations |   1628.677|     107.894|   1424.301|  1626.074|    1848.992|
## |Precision for covVol                    |  12364.588|   15292.784|   1467.151|  7788.435|   51298.060|
## |Precision for covTP                     |  42975.881|   45879.257|   5992.940| 29334.181|  162992.929|
## |Precision for covGDD                    |  18456.637|   16451.623|   3501.563| 13699.818|   61830.246|
## |Precision for covSDD                    |   3900.987|    1848.886|   1437.701|  3530.516|    8540.272|
## |Precision for covfert                   | 613016.940| 5644011.622|   3864.965| 80828.826| 4050966.293|
## |Precision for covherb                   |  60872.119|  147806.239|   3376.271| 24720.477|  343019.549|
## |Precision for YEAR.id                   |  17305.541|   12866.690|   3703.479| 13885.436|   51567.392|
## |Precision for YEAR.id2                  |  17305.539|   12866.712|   3703.434| 13885.435|   51567.211|
## |Precision for covSIDI                   |  11953.518|   10908.123|   2106.449|  8797.030|   40818.999|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -2733.236| 1350.868| 0.0003748| 0.7225458|
        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

CV Diversity and CV of Climate Vars and BYM

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_covyield_covSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.bym.cov1.nlnc(independent='covSIDI', 'corn', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |        mean|           sd| 0.025quant|  0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|-----------:|------------:|----------:|---------:|-----------:|
## |1                                       |       0.047|        0.005|      0.036|     0.047|       0.058|
## |Precision for the Gaussian observations |    1567.273|      106.385|   1368.906|  1563.579|    1787.095|
## |Precision for covVol                    |   11592.239|    12605.621|   1453.819|  7843.119|   44335.626|
## |Precision for covTP                     |   42621.080|    44968.019|   5907.928| 29278.519|  160632.953|
## |Precision for covGDD                    |   33204.841|    35151.067|   4587.897| 22770.059|  125413.193|
## |Precision for covSDD                    |    3466.080|     1622.308|   1266.830|  3155.489|    7495.716|
## |Precision for covfert                   | 1353720.227| 26703771.906|   4462.899| 98273.035| 8203301.403|
## |Precision for covherb                   |   74530.528|   156357.547|   4392.755| 33301.938|  400225.771|
## |Precision for CNTY                      |    2072.067|      478.210|   1306.843|  2011.837|    3177.916|
## |Phi for CNTY                            |       0.407|        0.182|      0.105|     0.393|       0.780|
## |Precision for YEAR.id                   |   14934.368|     8927.362|   4067.827| 12826.247|   38161.335|
## |Precision for YEAR.id2                  |   14728.669|     8801.528|   4172.841| 12593.108|   38412.254|
## |Precision for covSIDI                   |   12421.154|    10251.586|   2424.291|  9558.845|   39531.012|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|     MSE|        R2|
## |---------:|--------:|-------:|---------:|
## | -2733.559| 1351.574| 0.00041| 0.6276622|
        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average and CV of Diversity and Average and CV of Climate Vars and FE

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_covyield_aveSIDIcovSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb','aveVol3yr','aveTP3yr','aveGDD3yr','aveSDD3yr','avefert3yr','aveherb3yr')
# 
# f1<-build.formula.fe.cov4.nlnc(independent=c('aveSIDI3yr', 'covSIDI'), 'corn', controls = controls, priors = c("pc"))
# m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|          sd| 0.025quant|   0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|-----------:|----------:|----------:|-----------:|
## |(Intercept)                             |      0.108|       0.011|      0.086|      0.108|       0.129|
## |as.factor(CNTY)2                        |     -0.013|       0.012|     -0.037|     -0.013|       0.012|
## |as.factor(CNTY)3                        |     -0.042|       0.014|     -0.070|     -0.042|      -0.014|
## |as.factor(CNTY)4                        |     -0.103|       0.019|     -0.139|     -0.103|      -0.064|
## |as.factor(CNTY)5                        |     -0.101|       0.018|     -0.136|     -0.101|      -0.066|
## |as.factor(CNTY)6                        |     -0.012|       0.014|     -0.040|     -0.013|       0.015|
## |as.factor(CNTY)7                        |     -0.048|       0.015|     -0.077|     -0.048|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)8                        |     -0.018|       0.016|     -0.048|     -0.018|       0.014|
## |as.factor(CNTY)9                        |     -0.019|       0.026|     -0.069|     -0.020|       0.035|
## |as.factor(CNTY)10                       |     -0.014|       0.021|     -0.054|     -0.014|       0.028|
## |as.factor(CNTY)11                       |     -0.011|       0.014|     -0.039|     -0.011|       0.016|
## |as.factor(CNTY)12                       |     -0.087|       0.017|     -0.122|     -0.087|      -0.053|
## |as.factor(CNTY)13                       |     -0.091|       0.028|     -0.145|     -0.091|      -0.036|
## |as.factor(CNTY)14                       |     -0.082|       0.015|     -0.110|     -0.082|      -0.053|
## |as.factor(CNTY)15                       |     -0.026|       0.012|     -0.051|     -0.026|      -0.002|
## |as.factor(CNTY)16                       |      0.000|    3162.266|  -6208.594|     -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |     -0.005|       0.016|     -0.036|     -0.006|       0.027|
## |as.factor(CNTY)18                       |      0.035|       0.014|      0.008|      0.035|       0.062|
## |as.factor(CNTY)19                       |     -0.060|       0.017|     -0.092|     -0.060|      -0.027|
## |as.factor(CNTY)20                       |     -0.065|       0.018|     -0.099|     -0.065|      -0.030|
## |as.factor(CNTY)21                       |     -0.044|       0.016|     -0.075|     -0.044|      -0.014|
## |as.factor(CNTY)22                       |     -0.035|       0.014|     -0.062|     -0.035|      -0.006|
## |as.factor(CNTY)23                       |     -0.112|       0.018|     -0.147|     -0.112|      -0.078|
## |as.factor(CNTY)24                       |     -0.029|       0.023|     -0.072|     -0.030|       0.020|
## |as.factor(CNTY)25                       |      0.000|    3162.266|  -6208.594|     -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)26                       |     -0.048|       0.026|     -0.099|     -0.048|       0.002|
## |as.factor(CNTY)27                       |     -0.112|       0.020|     -0.152|     -0.112|      -0.073|
## |as.factor(CNTY)28                       |     -0.103|       0.017|     -0.137|     -0.103|      -0.069|
## |as.factor(CNTY)29                       |     -0.018|       0.014|     -0.046|     -0.018|       0.010|
## |as.factor(CNTY)30                       |     -0.060|       0.015|     -0.088|     -0.060|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)31                       |     -0.078|       0.016|     -0.108|     -0.078|      -0.047|
## |as.factor(CNTY)32                       |     -0.084|       0.017|     -0.118|     -0.084|      -0.050|
## |as.factor(CNTY)33                       |     -0.102|       0.019|     -0.138|     -0.102|      -0.065|
## |as.factor(CNTY)34                       |     -0.101|       0.018|     -0.136|     -0.101|      -0.065|
## |as.factor(CNTY)35                       |     -0.100|       0.018|     -0.136|     -0.100|      -0.064|
## |as.factor(CNTY)36                       |     -0.005|       0.022|     -0.047|     -0.006|       0.043|
## |as.factor(CNTY)37                       |     -0.094|       0.018|     -0.128|     -0.094|      -0.059|
## |as.factor(CNTY)38                       |     -0.041|       0.017|     -0.073|     -0.041|      -0.008|
## |as.factor(CNTY)39                       |     -0.083|       0.017|     -0.117|     -0.082|      -0.049|
## |as.factor(CNTY)40                       |     -0.106|       0.019|     -0.145|     -0.106|      -0.068|
## |as.factor(CNTY)41                       |      0.000|    3162.266|  -6208.594|     -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)42                       |     -0.042|       0.014|     -0.068|     -0.042|      -0.015|
## |as.factor(CNTY)43                       |     -0.078|       0.014|     -0.104|     -0.078|      -0.051|
## |as.factor(CNTY)44                       |     -0.087|       0.018|     -0.123|     -0.087|      -0.051|
## |as.factor(CNTY)45                       |      0.000|    3162.266|  -6208.594|     -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)46                       |     -0.114|       0.020|     -0.152|     -0.114|      -0.075|
## |as.factor(CNTY)47                       |     -0.094|       0.015|     -0.123|     -0.094|      -0.064|
## |as.factor(CNTY)48                       |     -0.100|       0.020|     -0.138|     -0.101|      -0.062|
## |as.factor(CNTY)49                       |     -0.043|       0.017|     -0.076|     -0.043|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)50                       |     -0.092|       0.018|     -0.126|     -0.092|      -0.057|
## |as.factor(CNTY)51                       |     -0.052|       0.020|     -0.091|     -0.051|      -0.012|
## |as.factor(CNTY)52                       |     -0.057|       0.018|     -0.091|     -0.057|      -0.022|
## |as.factor(CNTY)53                       |     -0.007|       0.016|     -0.039|     -0.007|       0.025|
## |as.factor(CNTY)54                       |     -0.042|       0.018|     -0.076|     -0.042|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)55                       |     -0.047|       0.016|     -0.078|     -0.048|      -0.015|
## |as.factor(CNTY)56                       |     -0.101|       0.015|     -0.130|     -0.101|      -0.072|
## |as.factor(CNTY)57                       |     -0.032|       0.014|     -0.060|     -0.032|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)58                       |     -0.050|       0.015|     -0.080|     -0.050|      -0.020|
## |as.factor(CNTY)59                       |     -0.116|       0.019|     -0.152|     -0.116|      -0.079|
## |as.factor(CNTY)60                       |     -0.020|       0.013|     -0.045|     -0.020|       0.005|
## |as.factor(CNTY)61                       |     -0.076|       0.016|     -0.106|     -0.076|      -0.045|
## |as.factor(CNTY)62                       |     -0.019|       0.013|     -0.044|     -0.019|       0.006|
## |as.factor(CNTY)63                       |      0.004|       0.016|     -0.027|      0.004|       0.037|
## |as.factor(CNTY)64                       |     -0.097|       0.018|     -0.132|     -0.097|      -0.061|
## |as.factor(CNTY)65                       |     -0.046|       0.014|     -0.074|     -0.046|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)66                       |     -0.001|       0.012|     -0.025|     -0.001|       0.023|
## |as.factor(CNTY)67                       |     -0.095|       0.017|     -0.128|     -0.095|      -0.063|
## |as.factor(CNTY)68                       |     -0.055|       0.017|     -0.088|     -0.055|      -0.021|
## |as.factor(CNTY)69                       |     -0.014|       0.013|     -0.040|     -0.014|       0.011|
## |as.factor(CNTY)70                       |     -0.080|       0.015|     -0.109|     -0.080|      -0.051|
## |as.factor(CNTY)71                       |     -0.064|       0.014|     -0.092|     -0.064|      -0.036|
## |as.factor(CNTY)72                       |     -0.095|       0.018|     -0.131|     -0.095|      -0.060|
## |as.factor(CNTY)73                       |     -0.067|       0.015|     -0.097|     -0.067|      -0.038|
## |as.factor(CNTY)74                       |     -0.074|       0.014|     -0.102|     -0.075|      -0.046|
## |as.factor(CNTY)75                       |     -0.100|       0.017|     -0.133|     -0.100|      -0.067|
## |as.factor(CNTY)76                       |     -0.067|       0.016|     -0.099|     -0.067|      -0.035|
## |as.factor(CNTY)77                       |     -0.116|       0.017|     -0.148|     -0.116|      -0.083|
## |as.factor(CNTY)78                       |     -0.084|       0.016|     -0.115|     -0.084|      -0.053|
## |as.factor(CNTY)79                       |     -0.105|       0.017|     -0.138|     -0.105|      -0.071|
## |as.factor(CNTY)80                       |     -0.072|       0.015|     -0.102|     -0.072|      -0.043|
## |as.factor(CNTY)81                       |     -0.108|       0.017|     -0.141|     -0.108|      -0.076|
## |as.factor(CNTY)82                       |     -0.088|       0.017|     -0.120|     -0.088|      -0.055|
## |as.factor(CNTY)83                       |      0.119|       0.021|      0.077|      0.118|       0.160|
## |as.factor(CNTY)84                       |     -0.067|       0.015|     -0.095|     -0.067|      -0.038|
## |as.factor(CNTY)85                       |     -0.093|       0.018|     -0.128|     -0.093|      -0.059|
## |as.factor(CNTY)86                       |     -0.098|       0.017|     -0.134|     -0.098|      -0.065|
## |as.factor(CNTY)87                       |     -0.101|       0.019|     -0.137|     -0.101|      -0.064|
## |as.factor(CNTY)88                       |     -0.061|       0.014|     -0.087|     -0.061|      -0.034|
## |as.factor(CNTY)89                       |     -0.104|       0.016|     -0.136|     -0.104|      -0.073|
## |as.factor(CNTY)90                       |     -0.089|       0.017|     -0.123|     -0.089|      -0.056|
## |as.factor(CNTY)91                       |     -0.025|       0.016|     -0.057|     -0.025|       0.007|
## |as.factor(CNTY)92                       |     -0.097|       0.017|     -0.131|     -0.097|      -0.063|
## |as.factor(CNTY)93                       |     -0.102|       0.018|     -0.137|     -0.102|      -0.066|
## |as.factor(CNTY)94                       |     -0.107|       0.019|     -0.144|     -0.107|      -0.070|
## |as.factor(CNTY)95                       |     -0.076|       0.015|     -0.106|     -0.076|      -0.046|
## |as.factor(CNTY)96                       |     -0.095|       0.017|     -0.128|     -0.095|      -0.063|
## |as.factor(CNTY)97                       |     -0.071|       0.018|     -0.105|     -0.071|      -0.036|
## |as.factor(CNTY)98                       |     -0.049|       0.017|     -0.082|     -0.049|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)99                       |     -0.090|       0.016|     -0.122|     -0.090|      -0.059|
## |as.factor(CNTY)100                      |     -0.082|       0.014|     -0.109|     -0.082|      -0.055|
## |as.factor(CNTY)101                      |     -0.096|       0.017|     -0.130|     -0.096|      -0.062|
## |as.factor(CNTY)102                      |     -0.014|       0.012|     -0.038|     -0.014|       0.010|
## |as.factor(CNTY)103                      |     -0.009|       0.017|     -0.042|     -0.009|       0.025|
## |Precision for the Gaussian observations |   2348.052|     169.842|   2024.307|   2345.477|    2690.110|
## |Precision for covVol                    |  18596.387|   21424.647|   2162.506|  12188.875|   74103.986|
## |Precision for covTP                     | 124379.226|  199523.038|   9732.984|  66651.935|  595099.683|
## |Precision for covGDD                    | 696394.399| 4399940.955|  12432.123| 135913.255| 4581306.857|
## |Precision for covSDD                    |   6205.121|    3097.419|   2218.481|   5544.916|   14040.682|
## |Precision for covfert                   | 564846.025| 5885459.440|   4489.839|  71174.977| 3684053.381|
## |Precision for covherb                   |  20285.388|   24657.551|   2331.604|  12902.732|   83567.103|
## |Precision for aveVol3yr                 |  79974.391|  213641.889|   3670.594|  30118.045|  465552.659|
## |Precision for aveTP3yr                  |   4375.384|    2231.083|   1476.387|   3910.874|   10014.819|
## |Precision for aveGDD3yr                 |  98416.279|  159741.982|   7519.448|  52314.806|  473304.896|
## |Precision for aveSDD3yr                 |   7613.575|    4307.995|   2458.045|   6589.760|   18776.166|
## |Precision for avefert3yr                |  27564.743|   35750.369|   3215.191|  16897.722|  117579.372|
## |Precision for aveherb3yr                |  72255.431|  185784.665|   3741.548|  28135.410|  416250.962|
## |Precision for YEAR.id                   |  38895.260|   27430.149|   8896.540|  31843.735|  110847.304|
## |Precision for YEAR.id2                  |  38966.002|   27177.046|   8898.072|  32058.728|  109820.843|
## |Precision for aveSIDI3yr                |  20668.276|   25221.350|   2690.554|  13116.226|   84408.201|
## |Precision for covSIDI                   |  24567.212|   24651.221|   3607.152|  17315.346|   89550.807|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|      CPO|      MSE|        R2|
## |--------:|--------:|--------:|---------:|
## | -2914.41| 1431.802| 0.000241| 0.7984051|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

        plot.smootheffect(name, var="avefert3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveherb3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveVol3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveTP3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveGDD3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveSDD3yr")

# 
# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average and CV of Diversity and Average and CV of Climate Vars and BYM

d='cornKS_0907norm_nc'
name='corn_covyield_aveSIDIcovSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb','aveVol3yr','aveTP3yr','aveGDD3yr','aveSDD3yr','avefert3yr','aveherb3yr')


# f1<-build.formula.bym.cov4.nlnc(independent=c('aveSIDI3yr', 'covSIDI'), 'corn', controls = controls, priors = c("pc"))
# m1<- run.model(f1, data=d, crop="corn", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="corn", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |        mean|           sd| 0.025quant|   0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|-----------:|------------:|----------:|----------:|-----------:|
## |1                                       |       0.045|        0.004|      0.037|      0.045|       0.052|
## |Precision for the Gaussian observations |    2242.159|      164.368|   1931.873|   2237.888|    2578.507|
## |Precision for covVol                    |   22472.174|    27075.442|   2436.103|  14359.070|   92289.740|
## |Precision for covTP                     |  104559.971|   144220.730|   9349.964|  61606.426|  465634.410|
## |Precision for covGDD                    | 1065291.397|  6972472.062|  17460.665| 200852.627| 7040904.700|
## |Precision for covSDD                    |    5438.133|     2651.022|   1932.118|   4901.650|   12105.691|
## |Precision for covfert                   | 1242307.430| 20916323.154|   5285.956| 104065.137| 7739989.026|
## |Precision for covherb                   |   20753.753|    25931.683|   2497.520|  12998.040|   86558.544|
## |Precision for aveVol3yr                 |   47648.317|    71201.827|   3977.964|  26712.919|  220659.996|
## |Precision for aveTP3yr                  |    4898.610|     2549.080|   1643.566|   4350.214|   11381.170|
## |Precision for aveGDD3yr                 |   53080.083|    59255.031|   6529.708|  35399.768|  207009.157|
## |Precision for aveSDD3yr                 |    9338.954|     5374.385|   2873.674|   8079.880|   23123.721|
## |Precision for avefert3yr                |   38445.154|    55052.684|   3603.024|  22175.668|  172746.473|
## |Precision for aveherb3yr                |   56587.043|   128353.890|   3472.412|  24145.743|  312408.159|
## |Precision for CNTY                      |    1609.551|      351.694|   1029.182|   1572.135|    2405.388|
## |Phi for CNTY                            |       0.562|        0.155|      0.256|      0.567|       0.842|
## |Precision for YEAR.id                   |   35598.531|    27772.864|   7116.056|  28098.131|  108931.924|
## |Precision for YEAR.id2                  |   35597.939|    27772.272|   7115.879|  28097.736|  108929.455|
## |Precision for aveSIDI3yr                |   48227.187|    66284.767|   4362.419|  28482.503|  214350.083|
## |Precision for covSIDI                   |   30463.560|    31291.590|   4339.102|  21219.702|  112825.078|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|--------:|---------:|---------:|
## | -2906.28| 1430.683| 0.0002659| 0.7266838|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

        plot.smootheffect(name, var="avefert3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveherb3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveVol3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveTP3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveGDD3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveSDD3yr")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="corn", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Soy Models

Model with Non-linear Fertlizer and HErbicide and FE

prep.data.norm_nc("soy_KS_final", "soyKS_0907", "soy", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')
# 
# #quick data check
        #   r<-readRDS(paste0(wd,"/Data/soyKS_0907norm_nc.rds"))
        #  # head(r)
        #  hist(r$fert)
        #  hist(r$herb)
        #  hist(r$volume)
        # length(unique(r$GDD))

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_yield_SIDI_fe_normncnl0907'

f1<-build.formula.fe.nlnc('LSM_SIDI_ALL', 'soy', controls = "All", priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

model.results(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|        sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|---------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |     3.099|     0.067|      2.967|     3.099|      3.230|
## |as.factor(CNTY)2                        |     0.169|     0.075|      0.022|     0.169|      0.317|
## |as.factor(CNTY)3                        |     0.423|     0.083|      0.259|     0.423|      0.587|
## |as.factor(CNTY)4                        |     0.552|     0.114|      0.331|     0.551|      0.777|
## |as.factor(CNTY)5                        |     0.565|     0.094|      0.379|     0.565|      0.750|
## |as.factor(CNTY)6                        |     0.066|     0.081|     -0.092|     0.066|      0.225|
## |as.factor(CNTY)7                        |     0.521|     0.088|      0.349|     0.521|      0.693|
## |as.factor(CNTY)8                        |     0.296|     0.094|      0.113|     0.296|      0.482|
## |as.factor(CNTY)9                        |     0.317|     0.120|      0.087|     0.314|      0.561|
## |as.factor(CNTY)10                       |     0.113|     0.099|     -0.079|     0.112|      0.311|
## |as.factor(CNTY)11                       |     0.125|     0.085|     -0.042|     0.125|      0.291|
## |as.factor(CNTY)12                       |     1.080|     0.093|      0.898|     1.080|      1.261|
## |as.factor(CNTY)13                       |     0.564|     0.086|      0.394|     0.565|      0.733|
## |as.factor(CNTY)14                       |     0.558|     0.088|      0.385|     0.558|      0.729|
## |as.factor(CNTY)15                       |     0.145|     0.075|     -0.003|     0.145|      0.292|
## |as.factor(CNTY)16                       |     1.208|     0.176|      0.864|     1.208|      1.554|
## |as.factor(CNTY)17                       |     0.182|     0.085|      0.015|     0.182|      0.350|
## |as.factor(CNTY)18                       |     0.137|     0.079|     -0.018|     0.137|      0.292|
## |as.factor(CNTY)19                       |     0.504|     0.111|      0.285|     0.504|      0.722|
## |as.factor(CNTY)20                       |     0.404|     0.080|      0.247|     0.404|      0.561|
## |as.factor(CNTY)21                       |     0.516|     0.093|      0.331|     0.516|      0.698|
## |as.factor(CNTY)22                       |     0.249|     0.086|      0.078|     0.249|      0.417|
## |as.factor(CNTY)23                       |     1.133|     0.116|      0.901|     1.134|      1.355|
## |as.factor(CNTY)24                       |     0.193|     0.106|     -0.009|     0.191|      0.407|
## |as.factor(CNTY)25                       |     0.377|     0.108|      0.165|     0.377|      0.589|
## |as.factor(CNTY)26                       |     0.446|     0.111|      0.228|     0.446|      0.664|
## |as.factor(CNTY)27                       |     1.179|     0.129|      0.924|     1.179|      1.432|
## |as.factor(CNTY)28                       |     1.159|     0.105|      0.952|     1.159|      1.365|
## |as.factor(CNTY)29                       |     0.258|     0.077|      0.107|     0.258|      0.409|
## |as.factor(CNTY)30                       |     0.412|     0.102|      0.206|     0.415|      0.608|
## |as.factor(CNTY)31                       |     0.629|     0.100|      0.431|     0.629|      0.826|
## |as.factor(CNTY)32                       |     0.735|     0.092|      0.555|     0.735|      0.915|
## |as.factor(CNTY)33                       |     1.203|     0.099|      1.008|     1.203|      1.397|
## |as.factor(CNTY)34                       |     0.142|     0.115|     -0.076|     0.140|      0.374|
## |as.factor(CNTY)35                       |     0.195|     0.092|      0.015|     0.195|      0.377|
## |as.factor(CNTY)36                       |     0.301|     0.104|      0.090|     0.304|      0.501|
## |as.factor(CNTY)37                       |     1.079|     0.111|      0.856|     1.081|      1.293|
## |as.factor(CNTY)38                       |     1.209|     0.105|      1.003|     1.209|      1.414|
## |as.factor(CNTY)39                       |     0.398|     0.081|      0.239|     0.398|      0.558|
## |as.factor(CNTY)40                       |     0.446|     0.081|      0.287|     0.446|      0.605|
## |as.factor(CNTY)41                       |     0.577|     0.084|      0.412|     0.577|      0.742|
## |as.factor(CNTY)42                       |    -0.044|     0.118|     -0.281|    -0.043|      0.184|
## |as.factor(CNTY)43                       |     0.482|     0.082|      0.321|     0.482|      0.643|
## |as.factor(CNTY)44                       |     0.986|     0.108|      0.774|     0.986|      1.196|
## |as.factor(CNTY)45                       |     0.045|     0.075|     -0.102|     0.045|      0.192|
## |as.factor(CNTY)46                       |     0.789|     0.135|      0.524|     0.789|      1.053|
## |as.factor(CNTY)47                       |     0.134|     0.129|     -0.119|     0.134|      0.387|
## |as.factor(CNTY)48                       |     0.493|     0.099|      0.298|     0.493|      0.687|
## |as.factor(CNTY)49                       |     0.027|     0.083|     -0.136|     0.028|      0.191|
## |as.factor(CNTY)50                       |     0.167|     0.092|     -0.011|     0.167|      0.348|
## |as.factor(CNTY)51                       |     0.459|     0.081|      0.300|     0.459|      0.617|
## |as.factor(CNTY)52                       |     0.224|     0.081|      0.066|     0.224|      0.382|
## |as.factor(CNTY)53                       |     0.368|     0.086|      0.200|     0.368|      0.536|
## |as.factor(CNTY)54                       |     1.390|     0.099|      1.196|     1.390|      1.583|
## |as.factor(CNTY)55                       |     0.267|     0.076|      0.117|     0.267|      0.417|
## |as.factor(CNTY)56                       |     0.441|     0.086|      0.271|     0.441|      0.610|
## |as.factor(CNTY)57                       |     0.098|     0.077|     -0.054|     0.098|      0.250|
## |as.factor(CNTY)58                       |     0.266|     0.090|      0.092|     0.265|      0.445|
## |as.factor(CNTY)59                       |     0.391|     0.082|      0.230|     0.391|      0.553|
## |as.factor(CNTY)60                       |     0.054|     0.073|     -0.090|     0.054|      0.198|
## |as.factor(CNTY)61                       |     0.411|     0.112|      0.192|     0.412|      0.630|
## |as.factor(CNTY)62                       |     0.273|     0.078|      0.121|     0.273|      0.426|
## |as.factor(CNTY)63                       |     0.474|     0.081|      0.315|     0.474|      0.632|
## |as.factor(CNTY)64                       |     0.447|     0.080|      0.290|     0.447|      0.604|
## |as.factor(CNTY)65                       |     0.990|     0.092|      0.807|     0.990|      1.170|
## |as.factor(CNTY)66                       |     0.354|     0.086|      0.185|     0.354|      0.522|
## |as.factor(CNTY)67                       |     0.555|     0.081|      0.397|     0.555|      0.714|
## |as.factor(CNTY)68                       |     0.739|     0.101|      0.538|     0.739|      0.937|
## |as.factor(CNTY)69                       |     0.360|     0.111|      0.141|     0.360|      0.578|
## |as.factor(CNTY)70                       |     0.449|     0.085|      0.282|     0.449|      0.615|
## |as.factor(CNTY)71                       |     0.603|     0.087|      0.432|     0.603|      0.774|
## |as.factor(CNTY)72                       |     0.388|     0.088|      0.215|     0.388|      0.560|
## |as.factor(CNTY)73                       |     0.529|     0.082|      0.367|     0.529|      0.690|
## |as.factor(CNTY)74                       |     0.332|     0.083|      0.168|     0.332|      0.495|
## |as.factor(CNTY)75                       |     0.560|     0.089|      0.386|     0.561|      0.734|
## |as.factor(CNTY)76                       |     0.203|     0.100|      0.007|     0.203|      0.398|
## |as.factor(CNTY)77                       |     0.411|     0.081|      0.251|     0.411|      0.571|
## |as.factor(CNTY)78                       |     1.066|     0.116|      0.838|     1.066|      1.293|
## |as.factor(CNTY)79                       |     0.445|     0.083|      0.280|     0.445|      0.607|
## |as.factor(CNTY)80                       |     1.268|     0.107|      1.053|     1.270|      1.473|
## |as.factor(CNTY)81                       |     0.374|     0.088|      0.200|     0.375|      0.545|
## |as.factor(CNTY)82                       |     1.457|     0.168|      1.127|     1.457|      1.787|
## |as.factor(CNTY)83                       |     1.055|     0.096|      0.867|     1.055|      1.243|
## |as.factor(CNTY)84                       |     0.488|     0.083|      0.325|     0.488|      0.650|
## |as.factor(CNTY)85                       |     0.904|     0.102|      0.703|     0.905|      1.105|
## |as.factor(CNTY)86                       |     1.202|     0.128|      0.947|     1.204|      1.451|
## |as.factor(CNTY)87                       |     0.132|     0.081|     -0.028|     0.132|      0.291|
## |as.factor(CNTY)88                       |     1.106|     0.104|      0.900|     1.106|      1.310|
## |as.factor(CNTY)89                       |     1.320|     0.166|      0.993|     1.320|      1.646|
## |as.factor(CNTY)90                       |     0.341|     0.099|      0.151|     0.340|      0.540|
## |as.factor(CNTY)91                       |     0.496|     0.080|      0.339|     0.496|      0.653|
## |as.factor(CNTY)92                       |     0.967|     0.131|      0.708|     0.967|      1.224|
## |as.factor(CNTY)93                       |     0.106|     0.077|     -0.045|     0.106|      0.257|
## |as.factor(CNTY)94                       |     0.117|     0.086|     -0.049|     0.117|      0.286|
## |as.factor(CNTY)95                       |     0.397|     0.180|      0.040|     0.398|      0.749|
## |Precision for the Gaussian observations |    46.938|     2.857|     41.535|    46.864|     52.782|
## |Precision for fert                      |   655.113|   882.771|     88.631|   393.413|   2818.506|
## |Precision for herb                      |  2170.911|  3789.782|    170.718|  1104.319|  10753.489|
## |Precision for volume                    |   748.857|  1299.047|     63.082|   383.343|   3710.835|
## |Precision for TP                        |   253.412|   126.226|     92.064|   226.041|    573.074|
## |Precision for GDD                       |   333.101|   214.324|     94.658|   278.102|    894.317|
## |Precision for SDD                       |    75.352|    29.785|     31.938|    70.566|    146.840|
## |Precision for YEAR.id                   | 17798.008| 18085.575|   1205.281| 12420.110|  65503.204|
## |Precision for YEAR.id2                  |   115.796|    59.633|     41.278|   102.361|    268.676|
## |Precision for LSM_SIDI_ALL              |  1912.324|  3603.804|    159.581|   930.725|   9758.345|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -556.9123| 255.1783| 0.0167212| 0.8632024|
plot.smootheffect(name, var="fert")

plot.smootheffect(name, var="herb")

plot.smootheffect(name, var="LSM_SIDI_ALL")

plot.smootheffect(name, var="volume")

plot.smootheffect(name, var="TP")

plot.smootheffect(name, var="GDD")

plot.smootheffect(name, var="SDD")

# plot.spatialeffect("soy_yield_SIDI_fe_nc", data="soyKS_0810nc", crop="soy", type ="FE", scale="CNTY",projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Model with Non-linear Fertlizer and Herbicide and BYM

#gdal problem with epsg integers right now so replace projection=102003 with proj4string
# prep.data.std.nlnc("soy_KS_final", "soyKS_0810", "soy", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_yield_SIDI_bym_normncnl0907'

f1<-build.formula.bym.nlnc('LSM_SIDI_ALL', 'soy', controls = "All", priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

model.results(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|        sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|---------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |     3.606|     0.032|      3.542|     3.606|      3.669|
## |Precision for the Gaussian observations |    45.642|     2.805|     40.347|    45.566|     51.389|
## |Precision for fert                      |   685.212|   912.997|     91.557|   414.060|   2941.615|
## |Precision for herb                      |  1524.648|  2241.939|    140.083|   865.289|   6985.131|
## |Precision for volume                    |   755.773|  1040.054|     71.683|   446.444|   3351.874|
## |Precision for TP                        |   264.781|   126.569|     95.773|   239.626|    581.921|
## |Precision for GDD                       |   301.421|   182.494|     88.749|   256.988|    775.200|
## |Precision for SDD                       |    77.554|    30.352|     32.832|    72.834|    150.235|
## |Precision for CNTY                      |    24.908|     4.829|     16.614|    24.512|     35.533|
## |Phi for CNTY                            |     0.945|     0.055|      0.795|     0.963|      0.998|
## |Precision for YEAR.id                   |   122.045|    57.963|     44.533|   110.544|    267.254|
## |Precision for YEAR.id2                  | 19085.948| 18667.981|   1228.011| 13570.178|  68433.862|
## |Precision for LSM_SIDI_ALL              |  1993.672|  3112.637|    205.562|  1095.062|   9331.232|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|      MSE|        R2|
## |---------:|--------:|--------:|---------:|
## | -556.3126| 258.0173| 0.017768| 0.8242783|
plot.smootheffect(name, var="fert")

plot.smootheffect(name, var="herb")

plot.smootheffect(name, var="LSM_SIDI_ALL")

plot.smootheffect(name, var="volume")

plot.smootheffect(name, var="TP")

plot.smootheffect(name, var="GDD")

plot.smootheffect(name, var="SDD")

# plot.spatialeffect("soy_yield_SIDI_fe_nc", data="soyKS_0810nc", crop="soy", type ="FE", scale="CNTY",projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

soy Change in Yield Models

Average Diversity and FE

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_dyield_aveSIDI_fe0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.fe.change1.nlnc(independent = 'aveSIDI2yr', crop='soy', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |     0.036|      0.100|     -0.160|     0.036|      0.232|
## |as.factor(CNTY)2                        |    -0.039|      0.110|     -0.255|    -0.039|      0.177|
## |as.factor(CNTY)3                        |    -0.023|      0.111|     -0.242|    -0.023|      0.194|
## |as.factor(CNTY)4                        |     0.373|      0.180|      0.018|     0.373|      0.726|
## |as.factor(CNTY)5                        |    -0.086|      0.133|     -0.348|    -0.086|      0.175|
## |as.factor(CNTY)6                        |    -0.013|      0.115|     -0.238|    -0.013|      0.213|
## |as.factor(CNTY)7                        |    -0.029|      0.112|     -0.249|    -0.029|      0.190|
## |as.factor(CNTY)8                        |    -0.012|      0.119|     -0.245|    -0.012|      0.221|
## |as.factor(CNTY)9                        |    -0.026|      0.168|     -0.353|    -0.027|      0.307|
## |as.factor(CNTY)10                       |    -0.015|      0.126|     -0.263|    -0.015|      0.231|
## |as.factor(CNTY)11                       |    -0.043|      0.120|     -0.280|    -0.043|      0.192|
## |as.factor(CNTY)12                       |     0.048|      0.134|     -0.214|     0.048|      0.312|
## |as.factor(CNTY)13                       |    -0.048|      0.114|     -0.272|    -0.048|      0.175|
## |as.factor(CNTY)14                       |    -0.041|      0.125|     -0.287|    -0.041|      0.204|
## |as.factor(CNTY)15                       |    -0.023|      0.114|     -0.248|    -0.023|      0.201|
## |as.factor(CNTY)16                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |    -0.053|      0.117|     -0.282|    -0.053|      0.177|
## |as.factor(CNTY)18                       |    -0.036|      0.121|     -0.274|    -0.036|      0.202|
## |as.factor(CNTY)19                       |     0.698|      0.233|      0.240|     0.698|      1.156|
## |as.factor(CNTY)20                       |    -0.050|      0.113|     -0.273|    -0.050|      0.172|
## |as.factor(CNTY)21                       |    -0.054|      0.126|     -0.301|    -0.054|      0.192|
## |as.factor(CNTY)22                       |     0.009|      0.111|     -0.210|     0.009|      0.227|
## |as.factor(CNTY)23                       |     0.127|      0.155|     -0.177|     0.127|      0.430|
## |as.factor(CNTY)24                       |    -0.078|      0.132|     -0.335|    -0.079|      0.184|
## |as.factor(CNTY)25                       |    -0.374|      0.229|     -0.824|    -0.374|      0.075|
## |as.factor(CNTY)26                       |     0.026|      0.231|     -0.428|     0.026|      0.479|
## |as.factor(CNTY)27                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)28                       |     0.215|      0.175|     -0.129|     0.215|      0.558|
## |as.factor(CNTY)29                       |     0.010|      0.112|     -0.210|     0.010|      0.230|
## |as.factor(CNTY)30                       |    -0.005|      0.115|     -0.231|    -0.005|      0.221|
## |as.factor(CNTY)31                       |    -0.331|      0.230|     -0.783|    -0.331|      0.120|
## |as.factor(CNTY)32                       |     0.202|      0.154|     -0.101|     0.202|      0.504|
## |as.factor(CNTY)33                       |    -0.153|      0.154|     -0.455|    -0.153|      0.148|
## |as.factor(CNTY)34                       |    -0.044|      0.145|     -0.324|    -0.045|      0.248|
## |as.factor(CNTY)35                       |     0.074|      0.139|     -0.199|     0.074|      0.347|
## |as.factor(CNTY)36                       |    -0.033|      0.115|     -0.261|    -0.033|      0.192|
## |as.factor(CNTY)37                       |    -0.088|      0.133|     -0.349|    -0.088|      0.172|
## |as.factor(CNTY)38                       |    -0.330|      0.232|     -0.785|    -0.330|      0.126|
## |as.factor(CNTY)39                       |    -0.025|      0.112|     -0.244|    -0.025|      0.195|
## |as.factor(CNTY)40                       |    -0.045|      0.113|     -0.267|    -0.045|      0.177|
## |as.factor(CNTY)41                       |    -0.079|      0.114|     -0.303|    -0.079|      0.144|
## |as.factor(CNTY)42                       |    -0.182|      0.175|     -0.526|    -0.181|      0.162|
## |as.factor(CNTY)43                       |    -0.041|      0.116|     -0.269|    -0.041|      0.187|
## |as.factor(CNTY)44                       |    -0.142|      0.227|     -0.589|    -0.142|      0.304|
## |as.factor(CNTY)45                       |    -0.006|      0.114|     -0.229|    -0.006|      0.217|
## |as.factor(CNTY)46                       |    -0.104|      0.231|     -0.558|    -0.104|      0.349|
## |as.factor(CNTY)47                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)48                       |     0.103|      0.152|     -0.195|     0.103|      0.401|
## |as.factor(CNTY)49                       |    -0.171|      0.129|     -0.423|    -0.171|      0.082|
## |as.factor(CNTY)50                       |    -0.022|      0.119|     -0.256|    -0.022|      0.213|
## |as.factor(CNTY)51                       |    -0.062|      0.114|     -0.285|    -0.061|      0.161|
## |as.factor(CNTY)52                       |    -0.039|      0.113|     -0.261|    -0.039|      0.183|
## |as.factor(CNTY)53                       |    -0.072|      0.114|     -0.296|    -0.072|      0.152|
## |as.factor(CNTY)54                       |     0.243|      0.173|     -0.098|     0.243|      0.583|
## |as.factor(CNTY)55                       |     0.029|      0.110|     -0.188|     0.029|      0.246|
## |as.factor(CNTY)56                       |    -0.121|      0.125|     -0.366|    -0.120|      0.124|
## |as.factor(CNTY)57                       |    -0.010|      0.113|     -0.231|    -0.010|      0.211|
## |as.factor(CNTY)58                       |    -0.010|      0.120|     -0.247|    -0.010|      0.226|
## |as.factor(CNTY)59                       |    -0.015|      0.113|     -0.238|    -0.015|      0.207|
## |as.factor(CNTY)60                       |    -0.013|      0.109|     -0.227|    -0.013|      0.201|
## |as.factor(CNTY)61                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)62                       |     0.013|      0.112|     -0.206|     0.013|      0.232|
## |as.factor(CNTY)63                       |    -0.081|      0.120|     -0.316|    -0.081|      0.154|
## |as.factor(CNTY)64                       |    -0.060|      0.114|     -0.284|    -0.060|      0.164|
## |as.factor(CNTY)65                       |    -0.031|      0.121|     -0.270|    -0.031|      0.207|
## |as.factor(CNTY)66                       |     0.057|      0.120|     -0.178|     0.057|      0.292|
## |as.factor(CNTY)67                       |    -0.018|      0.112|     -0.237|    -0.018|      0.202|
## |as.factor(CNTY)68                       |    -0.113|      0.176|     -0.460|    -0.113|      0.233|
## |as.factor(CNTY)69                       |    -0.099|      0.177|     -0.447|    -0.099|      0.248|
## |as.factor(CNTY)70                       |    -0.062|      0.116|     -0.290|    -0.062|      0.166|
## |as.factor(CNTY)71                       |    -0.051|      0.114|     -0.275|    -0.050|      0.173|
## |as.factor(CNTY)72                       |    -0.064|      0.115|     -0.290|    -0.064|      0.161|
## |as.factor(CNTY)73                       |    -0.065|      0.119|     -0.299|    -0.065|      0.169|
## |as.factor(CNTY)74                       |    -0.125|      0.122|     -0.365|    -0.125|      0.114|
## |as.factor(CNTY)75                       |    -0.009|      0.129|     -0.264|    -0.009|      0.245|
## |as.factor(CNTY)76                       |    -0.217|      0.152|     -0.515|    -0.217|      0.081|
## |as.factor(CNTY)77                       |    -0.117|      0.114|     -0.340|    -0.117|      0.106|
## |as.factor(CNTY)78                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)79                       |    -0.035|      0.116|     -0.264|    -0.034|      0.193|
## |as.factor(CNTY)80                       |     0.005|      0.122|     -0.234|     0.005|      0.244|
## |as.factor(CNTY)81                       |     0.014|      0.114|     -0.210|     0.014|      0.238|
## |as.factor(CNTY)82                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)83                       |     0.020|      0.155|     -0.285|     0.020|      0.324|
## |as.factor(CNTY)84                       |    -0.038|      0.121|     -0.275|    -0.038|      0.199|
## |as.factor(CNTY)85                       |     0.022|      0.173|     -0.318|     0.022|      0.363|
## |as.factor(CNTY)86                       |     0.019|      0.239|     -0.451|     0.019|      0.489|
## |as.factor(CNTY)87                       |    -0.069|      0.113|     -0.292|    -0.069|      0.153|
## |as.factor(CNTY)88                       |     0.025|      0.155|     -0.279|     0.025|      0.328|
## |as.factor(CNTY)89                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)90                       |    -0.006|      0.139|     -0.279|    -0.006|      0.267|
## |as.factor(CNTY)91                       |    -0.057|      0.114|     -0.282|    -0.057|      0.167|
## |as.factor(CNTY)92                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)93                       |     0.049|      0.117|     -0.181|     0.049|      0.279|
## |as.factor(CNTY)94                       |    -0.020|      0.139|     -0.293|    -0.020|      0.253|
## |as.factor(CNTY)95                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |Precision for the Gaussian observations |    24.860|      1.726|     21.636|    24.801|     28.425|
## |Precision for dVol                      |  1547.309|   2736.352|    114.788|   779.015|   7759.748|
## |Precision for dTP                       |   192.995|    140.176|     45.376|   155.660|    562.709|
## |Precision for dGDD                      |  4426.285|  21098.281|    107.101|  1076.391|  28735.431|
## |Precision for dSDD                      |    33.267|     14.953|     12.679|    30.484|     70.197|
## |Precision for dfert                     | 24968.027| 395275.638|    120.667|  2216.780| 156041.532|
## |Precision for dherb                     |  2865.563|   8670.437|    107.162|   978.174|  17296.986|
## |Precision for YEAR.id                   |    57.453|     31.910|     18.591|    50.069|    139.222|
## |Precision for YEAR.id2                  | 19274.757|  18735.989|   1239.858| 13753.284|  68749.595|
## |Precision for aveSIDI2yr                | 10337.318|  78351.646|    130.080|  1711.570|  68038.652|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -70.32282| 3.439715| 0.0237116| 0.7155284|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI2yr")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average Diversity and BYM

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_dyield_aveSIDI_bym0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

  f1<-build.formula.bym.change1.nlnc(independent = 'aveSIDI2yr', crop='soy', controls = controls, priors = c("pc"))
  m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|          sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|-----------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |     0.010|       0.047|     -0.084|     0.010|      0.103|
## |Precision for the Gaussian observations |    25.990|       1.648|     22.853|    25.956|     29.339|
## |Precision for dVol                      |  1783.866|    2834.967|    127.652|   958.341|   8575.951|
## |Precision for dTP                       |   188.732|     133.346|     45.483|   153.778|    538.771|
## |Precision for dGDD                      |  1213.769|    2311.271|     82.701|   581.259|   6247.543|
## |Precision for dSDD                      |    36.339|      16.060|     14.010|    33.426|     75.725|
## |Precision for dfert                     | 25049.666|  279020.187|    170.974|  2950.221| 161832.392|
## |Precision for dherb                     |  3188.412|    8841.289|    128.898|  1159.774|  18791.262|
## |Precision for CNTY                      | 88018.919|  542031.136|   1739.887| 17689.977| 578669.207|
## |Phi for CNTY                            |     0.316|       0.268|      0.010|     0.235|      0.910|
## |Precision for YEAR.id                   |    57.850|      29.452|     18.747|    52.032|    131.412|
## |Precision for YEAR.id2                  | 18596.268|   18364.341|   1232.230| 13164.189|  67209.187|
## |Precision for aveSIDI2yr                | 82695.962| 1120189.209|    385.156|  8076.027| 530642.659|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|--------:|---------:|---------:|
## | -176.935| 85.43943| 0.0271118| 0.6811387|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI2yr")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs') #something is clearly not right here

Change in Diversity FE

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_dyield_dSIDI_fe0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.fe.change1.nlnc(independent = 'dSIDI', crop='soy', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

 model.results.change(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |     0.030|      0.097|     -0.161|     0.030|      0.221|
## |as.factor(CNTY)2                        |    -0.035|      0.109|     -0.250|    -0.036|      0.179|
## |as.factor(CNTY)3                        |    -0.004|      0.108|     -0.217|    -0.004|      0.208|
## |as.factor(CNTY)4                        |     0.386|      0.173|      0.046|     0.386|      0.726|
## |as.factor(CNTY)5                        |    -0.067|      0.130|     -0.322|    -0.067|      0.188|
## |as.factor(CNTY)6                        |    -0.017|      0.113|     -0.239|    -0.017|      0.204|
## |as.factor(CNTY)7                        |    -0.009|      0.110|     -0.226|    -0.009|      0.207|
## |as.factor(CNTY)8                        |    -0.014|      0.112|     -0.235|    -0.014|      0.206|
## |as.factor(CNTY)9                        |    -0.035|      0.150|     -0.329|    -0.035|      0.259|
## |as.factor(CNTY)10                       |    -0.017|      0.114|     -0.241|    -0.017|      0.206|
## |as.factor(CNTY)11                       |    -0.033|      0.117|     -0.263|    -0.033|      0.196|
## |as.factor(CNTY)12                       |     0.047|      0.133|     -0.214|     0.047|      0.309|
## |as.factor(CNTY)13                       |    -0.039|      0.111|     -0.257|    -0.039|      0.179|
## |as.factor(CNTY)14                       |    -0.023|      0.123|     -0.264|    -0.023|      0.217|
## |as.factor(CNTY)15                       |    -0.024|      0.114|     -0.247|    -0.024|      0.198|
## |as.factor(CNTY)16                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |    -0.063|      0.113|     -0.286|    -0.063|      0.159|
## |as.factor(CNTY)18                       |    -0.038|      0.120|     -0.274|    -0.038|      0.199|
## |as.factor(CNTY)19                       |     0.715|      0.232|      0.259|     0.715|      1.170|
## |as.factor(CNTY)20                       |    -0.039|      0.111|     -0.256|    -0.039|      0.179|
## |as.factor(CNTY)21                       |    -0.037|      0.123|     -0.278|    -0.037|      0.205|
## |as.factor(CNTY)22                       |     0.023|      0.109|     -0.191|     0.023|      0.237|
## |as.factor(CNTY)23                       |     0.147|      0.152|     -0.150|     0.147|      0.445|
## |as.factor(CNTY)24                       |    -0.083|      0.116|     -0.311|    -0.083|      0.144|
## |as.factor(CNTY)25                       |    -0.366|      0.228|     -0.815|    -0.366|      0.082|
## |as.factor(CNTY)26                       |     0.027|      0.229|     -0.424|     0.027|      0.476|
## |as.factor(CNTY)27                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)28                       |     0.245|      0.173|     -0.094|     0.245|      0.585|
## |as.factor(CNTY)29                       |     0.020|      0.111|     -0.198|     0.020|      0.238|
## |as.factor(CNTY)30                       |    -0.016|      0.115|     -0.241|    -0.016|      0.209|
## |as.factor(CNTY)31                       |    -0.324|      0.229|     -0.774|    -0.324|      0.125|
## |as.factor(CNTY)32                       |     0.212|      0.154|     -0.090|     0.212|      0.513|
## |as.factor(CNTY)33                       |    -0.137|      0.151|     -0.434|    -0.137|      0.160|
## |as.factor(CNTY)34                       |    -0.070|      0.123|     -0.313|    -0.070|      0.172|
## |as.factor(CNTY)35                       |     0.075|      0.138|     -0.197|     0.075|      0.346|
## |as.factor(CNTY)36                       |    -0.017|      0.110|     -0.233|    -0.017|      0.198|
## |as.factor(CNTY)37                       |    -0.076|      0.130|     -0.331|    -0.076|      0.179|
## |as.factor(CNTY)38                       |    -0.324|      0.231|     -0.777|    -0.324|      0.128|
## |as.factor(CNTY)39                       |    -0.019|      0.110|     -0.236|    -0.019|      0.197|
## |as.factor(CNTY)40                       |    -0.026|      0.112|     -0.245|    -0.026|      0.193|
## |as.factor(CNTY)41                       |    -0.072|      0.112|     -0.291|    -0.072|      0.147|
## |as.factor(CNTY)42                       |    -0.167|      0.171|     -0.503|    -0.167|      0.168|
## |as.factor(CNTY)43                       |    -0.045|      0.116|     -0.273|    -0.045|      0.182|
## |as.factor(CNTY)44                       |    -0.150|      0.227|     -0.595|    -0.150|      0.294|
## |as.factor(CNTY)45                       |    -0.008|      0.113|     -0.231|    -0.008|      0.214|
## |as.factor(CNTY)46                       |    -0.079|      0.230|     -0.531|    -0.079|      0.372|
## |as.factor(CNTY)47                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)48                       |     0.104|      0.152|     -0.195|     0.104|      0.402|
## |as.factor(CNTY)49                       |    -0.155|      0.128|     -0.407|    -0.155|      0.097|
## |as.factor(CNTY)50                       |    -0.016|      0.112|     -0.236|    -0.016|      0.204|
## |as.factor(CNTY)51                       |    -0.049|      0.111|     -0.267|    -0.049|      0.169|
## |as.factor(CNTY)52                       |    -0.029|      0.111|     -0.248|    -0.029|      0.189|
## |as.factor(CNTY)53                       |    -0.061|      0.111|     -0.279|    -0.061|      0.157|
## |as.factor(CNTY)54                       |     0.247|      0.173|     -0.094|     0.247|      0.586|
## |as.factor(CNTY)55                       |     0.029|      0.110|     -0.188|     0.028|      0.245|
## |as.factor(CNTY)56                       |    -0.109|      0.123|     -0.351|    -0.109|      0.132|
## |as.factor(CNTY)57                       |    -0.001|      0.112|     -0.221|    -0.001|      0.219|
## |as.factor(CNTY)58                       |    -0.014|      0.113|     -0.236|    -0.014|      0.207|
## |as.factor(CNTY)59                       |    -0.005|      0.111|     -0.223|    -0.005|      0.212|
## |as.factor(CNTY)60                       |    -0.012|      0.108|     -0.224|    -0.012|      0.201|
## |as.factor(CNTY)61                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)62                       |     0.012|      0.111|     -0.206|     0.012|      0.230|
## |as.factor(CNTY)63                       |    -0.082|      0.120|     -0.317|    -0.082|      0.152|
## |as.factor(CNTY)64                       |    -0.067|      0.114|     -0.290|    -0.067|      0.156|
## |as.factor(CNTY)65                       |    -0.007|      0.118|     -0.239|    -0.007|      0.224|
## |as.factor(CNTY)66                       |     0.050|      0.119|     -0.184|     0.050|      0.283|
## |as.factor(CNTY)67                       |    -0.029|      0.110|     -0.245|    -0.029|      0.187|
## |as.factor(CNTY)68                       |    -0.108|      0.175|     -0.451|    -0.108|      0.235|
## |as.factor(CNTY)69                       |    -0.088|      0.176|     -0.433|    -0.088|      0.257|
## |as.factor(CNTY)70                       |    -0.053|      0.114|     -0.276|    -0.052|      0.171|
## |as.factor(CNTY)71                       |    -0.035|      0.110|     -0.251|    -0.035|      0.181|
## |as.factor(CNTY)72                       |    -0.050|      0.112|     -0.270|    -0.050|      0.170|
## |as.factor(CNTY)73                       |    -0.072|      0.119|     -0.305|    -0.072|      0.161|
## |as.factor(CNTY)74                       |    -0.124|      0.121|     -0.362|    -0.124|      0.114|
## |as.factor(CNTY)75                       |     0.003|      0.128|     -0.248|     0.003|      0.254|
## |as.factor(CNTY)76                       |    -0.229|      0.148|     -0.520|    -0.229|      0.062|
## |as.factor(CNTY)77                       |    -0.116|      0.113|     -0.337|    -0.116|      0.105|
## |as.factor(CNTY)78                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)79                       |    -0.013|      0.110|     -0.230|    -0.013|      0.203|
## |as.factor(CNTY)80                       |     0.016|      0.120|     -0.220|     0.016|      0.252|
## |as.factor(CNTY)81                       |     0.017|      0.113|     -0.205|     0.017|      0.239|
## |as.factor(CNTY)82                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)83                       |     0.043|      0.153|     -0.256|     0.043|      0.342|
## |as.factor(CNTY)84                       |    -0.028|      0.119|     -0.262|    -0.028|      0.205|
## |as.factor(CNTY)85                       |     0.044|      0.172|     -0.294|     0.044|      0.381|
## |as.factor(CNTY)86                       |     0.023|      0.237|     -0.443|     0.023|      0.488|
## |as.factor(CNTY)87                       |    -0.059|      0.111|     -0.277|    -0.059|      0.159|
## |as.factor(CNTY)88                       |     0.047|      0.152|     -0.250|     0.047|      0.345|
## |as.factor(CNTY)89                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)90                       |    -0.002|      0.129|     -0.256|    -0.002|      0.251|
## |as.factor(CNTY)91                       |    -0.048|      0.112|     -0.269|    -0.048|      0.172|
## |as.factor(CNTY)92                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |as.factor(CNTY)93                       |     0.060|      0.116|     -0.169|     0.060|      0.288|
## |as.factor(CNTY)94                       |    -0.017|      0.134|     -0.280|    -0.017|      0.245|
## |as.factor(CNTY)95                       |     0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|   6203.412|
## |Precision for the Gaussian observations |    25.109|      1.755|     21.783|    25.069|     28.685|
## |Precision for dVol                      |  1372.176|   2397.689|    108.422|   697.687|   6832.663|
## |Precision for dTP                       |   190.050|    137.937|     47.009|   152.686|    552.580|
## |Precision for dGDD                      |  4206.613|  22526.259|     98.402|   944.948|  27215.381|
## |Precision for dSDD                      |    36.970|     16.658|     13.943|    33.921|     77.801|
## |Precision for dfert                     | 22384.528| 338064.103|    117.736|  2075.999| 141400.771|
## |Precision for dherb                     |  1825.358|   4241.464|     87.493|   754.260|  10232.222|
## |Precision for YEAR.id                   | 17967.572|  18167.625|   1194.090| 12559.608|  65952.890|
## |Precision for YEAR.id2                  |    66.754|     34.869|     18.152|    60.800|    151.117|
## |Precision for dSIDI                     |  1692.879|   4132.772|     81.092|   677.287|   9642.824|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|       R2|
## |---------:|--------:|---------:|--------:|
## | -72.48736| 4.022933| 0.0233877| 0.715376|
        plot.smootheffect(name, var="dSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Change in Diversity BYM

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_dyield_dSIDI_bym0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.bym.change1.nlnc(independent = 'dSIDI', crop='soy', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |     0.010|      0.047|     -0.084|     0.010|      0.104|
## |Precision for the Gaussian observations |    26.132|      1.663|     22.982|    26.091|     29.530|
## |Precision for dVol                      |  1691.607|   2711.678|    119.243|   903.418|   8172.633|
## |Precision for dTP                       |   175.050|    128.003|     44.140|   139.989|    513.610|
## |Precision for dGDD                      |  1222.569|   2331.428|     82.211|   584.614|   6297.804|
## |Precision for dSDD                      |    38.346|     16.924|     14.335|    35.456|     79.602|
## |Precision for dfert                     | 24918.158| 281164.714|    173.573|  2917.880| 162327.246|
## |Precision for dherb                     |  2771.299|   7165.415|    123.570|  1063.110|  15952.655|
## |Precision for CNTY                      | 95692.612| 623315.414|   1796.897| 18441.777| 625389.443|
## |Phi for CNTY                            |     0.311|      0.271|      0.009|     0.224|      0.915|
## |Precision for YEAR.id                   | 18691.654|  18457.363|   1247.493| 13235.522|  67390.212|
## |Precision for YEAR.id2                  |    59.450|     32.911|     19.421|    51.801|    144.067|
## |Precision for dSIDI                     |  5551.569|  23745.279|    139.037|  1453.429|  35687.325|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -177.8762| 85.69531| 0.0268885| 0.6823016|
        plot.smootheffect(name, var="dSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

soy Variation in Yield Models

Average Diversity and CV of Climate Vars and FE

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_covyield_aveSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.fe.cov1.nlnc(independent='aveSIDI3yr', 'soy', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|----------:|----------:|---------:|-----------:|
## |(Intercept)                             |      0.133|      0.015|      0.104|     0.133|       0.163|
## |as.factor(CNTY)2                        |     -0.068|      0.018|     -0.103|    -0.068|      -0.032|
## |as.factor(CNTY)3                        |     -0.075|      0.018|     -0.110|    -0.075|      -0.040|
## |as.factor(CNTY)4                        |     -0.118|      0.025|     -0.168|    -0.119|      -0.068|
## |as.factor(CNTY)5                        |     -0.046|      0.020|     -0.086|    -0.046|      -0.006|
## |as.factor(CNTY)6                        |     -0.043|      0.017|     -0.077|    -0.043|      -0.009|
## |as.factor(CNTY)7                        |     -0.078|      0.018|     -0.115|    -0.078|      -0.042|
## |as.factor(CNTY)8                        |     -0.026|      0.020|     -0.065|    -0.027|       0.014|
## |as.factor(CNTY)9                        |     -0.054|      0.024|     -0.100|    -0.054|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)10                       |     -0.062|      0.021|     -0.104|    -0.063|      -0.020|
## |as.factor(CNTY)11                       |     -0.055|      0.019|     -0.092|    -0.055|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)12                       |     -0.104|      0.019|     -0.141|    -0.104|      -0.067|
## |as.factor(CNTY)13                       |     -0.080|      0.019|     -0.117|    -0.080|      -0.043|
## |as.factor(CNTY)14                       |     -0.072|      0.019|     -0.109|    -0.071|      -0.034|
## |as.factor(CNTY)15                       |     -0.060|      0.018|     -0.096|    -0.060|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)16                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |     -0.018|      0.019|     -0.055|    -0.018|       0.020|
## |as.factor(CNTY)18                       |     -0.063|      0.019|     -0.101|    -0.063|      -0.026|
## |as.factor(CNTY)19                       |     -0.132|      0.026|     -0.184|    -0.132|      -0.081|
## |as.factor(CNTY)20                       |     -0.043|      0.019|     -0.080|    -0.043|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)21                       |     -0.106|      0.019|     -0.144|    -0.106|      -0.069|
## |as.factor(CNTY)22                       |     -0.068|      0.018|     -0.103|    -0.068|      -0.033|
## |as.factor(CNTY)23                       |     -0.127|      0.022|     -0.170|    -0.127|      -0.084|
## |as.factor(CNTY)24                       |     -0.058|      0.021|     -0.098|    -0.058|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)25                       |     -0.025|      0.026|     -0.076|    -0.025|       0.027|
## |as.factor(CNTY)26                       |     -0.012|      0.026|     -0.063|    -0.012|       0.039|
## |as.factor(CNTY)27                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)28                       |     -0.113|      0.023|     -0.159|    -0.113|      -0.067|
## |as.factor(CNTY)29                       |     -0.060|      0.018|     -0.096|    -0.060|      -0.024|
## |as.factor(CNTY)30                       |     -0.056|      0.018|     -0.092|    -0.056|      -0.020|
## |as.factor(CNTY)31                       |     -0.065|      0.026|     -0.116|    -0.065|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)32                       |     -0.023|      0.020|     -0.062|    -0.023|       0.016|
## |as.factor(CNTY)33                       |     -0.121|      0.021|     -0.162|    -0.120|      -0.080|
## |as.factor(CNTY)34                       |     -0.038|      0.022|     -0.081|    -0.038|       0.007|
## |as.factor(CNTY)35                       |     -0.052|      0.020|     -0.090|    -0.052|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)36                       |     -0.064|      0.020|     -0.103|    -0.063|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)37                       |     -0.108|      0.020|     -0.148|    -0.108|      -0.069|
## |as.factor(CNTY)38                       |     -0.118|      0.034|     -0.185|    -0.118|      -0.051|
## |as.factor(CNTY)39                       |     -0.066|      0.018|     -0.101|    -0.066|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)40                       |     -0.093|      0.018|     -0.128|    -0.093|      -0.059|
## |as.factor(CNTY)41                       |     -0.082|      0.018|     -0.118|    -0.082|      -0.046|
## |as.factor(CNTY)42                       |     -0.074|      0.024|     -0.121|    -0.074|      -0.028|
## |as.factor(CNTY)43                       |     -0.067|      0.018|     -0.102|    -0.067|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)44                       |     -0.076|      0.026|     -0.127|    -0.076|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)45                       |     -0.064|      0.017|     -0.097|    -0.064|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)46                       |     -0.061|      0.026|     -0.112|    -0.061|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)47                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)48                       |     -0.038|      0.021|     -0.079|    -0.038|       0.004|
## |as.factor(CNTY)49                       |     -0.054|      0.018|     -0.090|    -0.054|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)50                       |     -0.044|      0.019|     -0.081|    -0.044|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)51                       |     -0.077|      0.019|     -0.114|    -0.077|      -0.040|
## |as.factor(CNTY)52                       |     -0.010|      0.018|     -0.046|    -0.010|       0.026|
## |as.factor(CNTY)53                       |     -0.063|      0.019|     -0.100|    -0.063|      -0.027|
## |as.factor(CNTY)54                       |     -0.120|      0.023|     -0.166|    -0.120|      -0.074|
## |as.factor(CNTY)55                       |     -0.077|      0.018|     -0.113|    -0.077|      -0.042|
## |as.factor(CNTY)56                       |     -0.072|      0.019|     -0.110|    -0.072|      -0.034|
## |as.factor(CNTY)57                       |     -0.065|      0.018|     -0.100|    -0.065|      -0.030|
## |as.factor(CNTY)58                       |     -0.036|      0.020|     -0.075|    -0.036|       0.004|
## |as.factor(CNTY)59                       |     -0.044|      0.018|     -0.079|    -0.044|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)60                       |     -0.056|      0.017|     -0.089|    -0.056|      -0.023|
## |as.factor(CNTY)61                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)62                       |     -0.061|      0.017|     -0.095|    -0.061|      -0.027|
## |as.factor(CNTY)63                       |     -0.043|      0.018|     -0.079|    -0.043|      -0.008|
## |as.factor(CNTY)64                       |     -0.045|      0.018|     -0.081|    -0.045|      -0.009|
## |as.factor(CNTY)65                       |     -0.096|      0.019|     -0.134|    -0.096|      -0.059|
## |as.factor(CNTY)66                       |      0.012|      0.018|     -0.023|     0.012|       0.047|
## |as.factor(CNTY)67                       |     -0.073|      0.019|     -0.110|    -0.074|      -0.037|
## |as.factor(CNTY)68                       |     -0.102|      0.026|     -0.154|    -0.102|      -0.050|
## |as.factor(CNTY)69                       |     -0.063|      0.023|     -0.108|    -0.063|      -0.017|
## |as.factor(CNTY)70                       |     -0.059|      0.018|     -0.095|    -0.059|      -0.023|
## |as.factor(CNTY)71                       |     -0.086|      0.019|     -0.124|    -0.086|      -0.049|
## |as.factor(CNTY)72                       |     -0.041|      0.019|     -0.078|    -0.041|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)73                       |     -0.067|      0.019|     -0.103|    -0.067|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)74                       |     -0.020|      0.019|     -0.057|    -0.020|       0.016|
## |as.factor(CNTY)75                       |     -0.074|      0.019|     -0.111|    -0.074|      -0.037|
## |as.factor(CNTY)76                       |     -0.005|      0.020|     -0.044|    -0.005|       0.035|
## |as.factor(CNTY)77                       |     -0.020|      0.018|     -0.055|    -0.020|       0.015|
## |as.factor(CNTY)78                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)79                       |     -0.077|      0.020|     -0.116|    -0.077|      -0.039|
## |as.factor(CNTY)80                       |     -0.103|      0.019|     -0.140|    -0.103|      -0.066|
## |as.factor(CNTY)81                       |     -0.090|      0.018|     -0.125|    -0.090|      -0.054|
## |as.factor(CNTY)82                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)83                       |     -0.160|      0.022|     -0.203|    -0.160|      -0.117|
## |as.factor(CNTY)84                       |     -0.059|      0.018|     -0.095|    -0.059|      -0.023|
## |as.factor(CNTY)85                       |     -0.132|      0.021|     -0.174|    -0.132|      -0.090|
## |as.factor(CNTY)86                       |     -0.116|      0.027|     -0.169|    -0.116|      -0.064|
## |as.factor(CNTY)87                       |     -0.033|      0.018|     -0.069|    -0.033|       0.003|
## |as.factor(CNTY)88                       |     -0.130|      0.022|     -0.173|    -0.130|      -0.088|
## |as.factor(CNTY)89                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)90                       |     -0.050|      0.022|     -0.092|    -0.050|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)91                       |     -0.079|      0.018|     -0.114|    -0.079|      -0.044|
## |as.factor(CNTY)92                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)93                       |     -0.065|      0.018|     -0.099|    -0.065|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)94                       |     -0.054|      0.022|     -0.097|    -0.054|      -0.012|
## |as.factor(CNTY)95                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |Precision for the Gaussian observations |   1274.668|     90.526|   1103.217|  1272.548|    1459.254|
## |Precision for covVol                    |  11905.195|  23628.246|    565.389|  5442.888|   63787.345|
## |Precision for covTP                     |   7867.223|   5186.981|   2027.775|  6565.186|   21433.204|
## |Precision for covGDD                    |  12385.779|  14296.892|   1896.964|  8091.862|   48918.485|
## |Precision for covSDD                    |   4794.331|   2722.681|   1512.999|  4156.741|   11794.171|
## |Precision for covfert                   | 211693.469| 661236.603|   5449.380| 68318.903| 1302830.188|
## |Precision for covherb                   |  41725.530| 106396.318|   1582.516| 15951.658|  240898.431|
## |Precision for YEAR.id                   |  16058.815|  11818.082|   3697.140| 12884.519|   47612.413|
## |Precision for YEAR.id2                  |  16527.064|  12007.954|   3457.976| 13409.775|   49061.455|
## |Precision for aveSIDI3yr                |  68713.932| 207710.701|   3269.348| 23947.093|  407637.500|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|       R2|
## |---------:|--------:|---------:|--------:|
## | -2346.227| 1156.808| 0.0004795| 0.689942|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average Diversity and CV of Climate Vars and BYM

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_covyield_aveSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.bym.cov1.nlnc(independent='aveSIDI3yr', 'soy', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|          sd| 0.025quant|   0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|-----------:|----------:|----------:|-----------:|
## |1                                       |      0.066|       0.005|      0.056|      0.066|       0.076|
## |Precision for the Gaussian observations |   1252.839|      86.487|   1088.499|   1251.035|    1428.432|
## |Precision for covVol                    |  22434.006|   54720.461|    839.930|   8818.095|  129001.476|
## |Precision for covTP                     |   8874.431|    6070.364|   2198.915|   7317.153|   24792.758|
## |Precision for covGDD                    |   9095.014|    8152.667|   1721.791|   6733.331|   30544.973|
## |Precision for covSDD                    |   4913.739|    2681.535|   1581.768|   4312.379|   11772.637|
## |Precision for covfert                   | 511209.132| 2933746.541|   6519.425| 101749.639| 3409069.066|
## |Precision for covherb                   | 484493.764| 4785756.159|   3922.763|  63479.034| 3171668.043|
## |Precision for CNTY                      |   1463.132|     336.575|    922.215|   1421.714|    2238.159|
## |Phi for CNTY                            |      0.908|       0.090|      0.660|      0.937|       0.996|
## |Precision for YEAR.id                   |  16365.010|   11515.782|   3654.238|  13423.201|   46731.393|
## |Precision for YEAR.id2                  |  15875.760|   11277.563|   3772.172|  12889.343|   46569.102|
## |Precision for aveSIDI3yr                | 934001.098| 7916834.535|   9728.547| 139955.901| 6136858.984|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -2369.517| 1175.742| 0.0005159| 0.6061046|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

CV Diversity and CV of Climate Vars and FE

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_covyield_covSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.fe.cov1.nlnc(independent='covSIDI', 'soy', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|----------:|----------:|---------:|-----------:|
## |(Intercept)                             |      0.131|      0.015|      0.101|     0.131|       0.161|
## |as.factor(CNTY)2                        |     -0.067|      0.018|     -0.102|    -0.067|      -0.032|
## |as.factor(CNTY)3                        |     -0.068|      0.017|     -0.102|    -0.068|      -0.034|
## |as.factor(CNTY)4                        |     -0.122|      0.023|     -0.168|    -0.122|      -0.077|
## |as.factor(CNTY)5                        |     -0.038|      0.020|     -0.077|    -0.038|       0.000|
## |as.factor(CNTY)6                        |     -0.047|      0.017|     -0.080|    -0.047|      -0.014|
## |as.factor(CNTY)7                        |     -0.074|      0.019|     -0.110|    -0.074|      -0.038|
## |as.factor(CNTY)8                        |     -0.032|      0.018|     -0.068|    -0.032|       0.003|
## |as.factor(CNTY)9                        |     -0.054|      0.019|     -0.092|    -0.054|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)10                       |     -0.065|      0.019|     -0.102|    -0.065|      -0.028|
## |as.factor(CNTY)11                       |     -0.049|      0.018|     -0.085|    -0.049|      -0.014|
## |as.factor(CNTY)12                       |     -0.105|      0.019|     -0.142|    -0.105|      -0.068|
## |as.factor(CNTY)13                       |     -0.073|      0.018|     -0.109|    -0.073|      -0.037|
## |as.factor(CNTY)14                       |     -0.065|      0.019|     -0.102|    -0.065|      -0.028|
## |as.factor(CNTY)15                       |     -0.062|      0.018|     -0.097|    -0.062|      -0.027|
## |as.factor(CNTY)16                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |     -0.023|      0.018|     -0.058|    -0.022|       0.013|
## |as.factor(CNTY)18                       |     -0.063|      0.019|     -0.100|    -0.063|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)19                       |     -0.129|      0.026|     -0.181|    -0.129|      -0.078|
## |as.factor(CNTY)20                       |     -0.038|      0.018|     -0.074|    -0.037|      -0.002|
## |as.factor(CNTY)21                       |     -0.097|      0.019|     -0.134|    -0.097|      -0.061|
## |as.factor(CNTY)22                       |     -0.064|      0.017|     -0.098|    -0.064|      -0.030|
## |as.factor(CNTY)23                       |     -0.120|      0.021|     -0.161|    -0.120|      -0.078|
## |as.factor(CNTY)24                       |     -0.059|      0.017|     -0.093|    -0.059|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)25                       |     -0.024|      0.026|     -0.075|    -0.024|       0.027|
## |as.factor(CNTY)26                       |     -0.014|      0.025|     -0.064|    -0.014|       0.036|
## |as.factor(CNTY)27                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)28                       |     -0.105|      0.023|     -0.150|    -0.105|      -0.060|
## |as.factor(CNTY)29                       |     -0.058|      0.018|     -0.094|    -0.058|      -0.023|
## |as.factor(CNTY)30                       |     -0.057|      0.018|     -0.093|    -0.057|      -0.020|
## |as.factor(CNTY)31                       |     -0.064|      0.026|     -0.116|    -0.064|      -0.013|
## |as.factor(CNTY)32                       |     -0.024|      0.020|     -0.063|    -0.024|       0.015|
## |as.factor(CNTY)33                       |     -0.114|      0.021|     -0.155|    -0.114|      -0.074|
## |as.factor(CNTY)34                       |     -0.038|      0.017|     -0.072|    -0.038|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)35                       |     -0.053|      0.020|     -0.091|    -0.052|      -0.014|
## |as.factor(CNTY)36                       |     -0.055|      0.019|     -0.092|    -0.055|      -0.019|
## |as.factor(CNTY)37                       |     -0.102|      0.020|     -0.141|    -0.102|      -0.063|
## |as.factor(CNTY)38                       |     -0.118|      0.034|     -0.185|    -0.118|      -0.052|
## |as.factor(CNTY)39                       |     -0.070|      0.017|     -0.104|    -0.070|      -0.036|
## |as.factor(CNTY)40                       |     -0.090|      0.018|     -0.124|    -0.090|      -0.055|
## |as.factor(CNTY)41                       |     -0.076|      0.018|     -0.112|    -0.076|      -0.041|
## |as.factor(CNTY)42                       |     -0.068|      0.023|     -0.113|    -0.068|      -0.024|
## |as.factor(CNTY)43                       |     -0.067|      0.018|     -0.103|    -0.067|      -0.032|
## |as.factor(CNTY)44                       |     -0.079|      0.025|     -0.129|    -0.079|      -0.029|
## |as.factor(CNTY)45                       |     -0.065|      0.017|     -0.098|    -0.065|      -0.032|
## |as.factor(CNTY)46                       |     -0.059|      0.026|     -0.110|    -0.059|      -0.008|
## |as.factor(CNTY)47                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)48                       |     -0.036|      0.021|     -0.078|    -0.036|       0.005|
## |as.factor(CNTY)49                       |     -0.053|      0.018|     -0.089|    -0.053|      -0.017|
## |as.factor(CNTY)50                       |     -0.049|      0.017|     -0.083|    -0.049|      -0.015|
## |as.factor(CNTY)51                       |     -0.070|      0.018|     -0.106|    -0.070|      -0.034|
## |as.factor(CNTY)52                       |     -0.006|      0.018|     -0.042|    -0.006|       0.030|
## |as.factor(CNTY)53                       |     -0.057|      0.018|     -0.093|    -0.057|      -0.021|
## |as.factor(CNTY)54                       |     -0.119|      0.023|     -0.165|    -0.119|      -0.074|
## |as.factor(CNTY)55                       |     -0.078|      0.018|     -0.113|    -0.078|      -0.043|
## |as.factor(CNTY)56                       |     -0.065|      0.019|     -0.103|    -0.065|      -0.027|
## |as.factor(CNTY)57                       |     -0.066|      0.018|     -0.101|    -0.066|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)58                       |     -0.041|      0.018|     -0.076|    -0.041|      -0.006|
## |as.factor(CNTY)59                       |     -0.039|      0.017|     -0.073|    -0.039|      -0.005|
## |as.factor(CNTY)60                       |     -0.057|      0.017|     -0.089|    -0.057|      -0.024|
## |as.factor(CNTY)61                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)62                       |     -0.062|      0.017|     -0.096|    -0.062|      -0.028|
## |as.factor(CNTY)63                       |     -0.043|      0.018|     -0.079|    -0.043|      -0.007|
## |as.factor(CNTY)64                       |     -0.046|      0.018|     -0.082|    -0.046|      -0.010|
## |as.factor(CNTY)65                       |     -0.089|      0.018|     -0.125|    -0.089|      -0.053|
## |as.factor(CNTY)66                       |      0.012|      0.018|     -0.024|     0.012|       0.046|
## |as.factor(CNTY)67                       |     -0.076|      0.018|     -0.112|    -0.076|      -0.041|
## |as.factor(CNTY)68                       |     -0.095|      0.026|     -0.147|    -0.095|      -0.044|
## |as.factor(CNTY)69                       |     -0.061|      0.023|     -0.106|    -0.061|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)70                       |     -0.053|      0.018|     -0.088|    -0.053|      -0.017|
## |as.factor(CNTY)71                       |     -0.080|      0.018|     -0.116|    -0.080|      -0.044|
## |as.factor(CNTY)72                       |     -0.033|      0.018|     -0.069|    -0.033|       0.002|
## |as.factor(CNTY)73                       |     -0.068|      0.019|     -0.104|    -0.068|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)74                       |     -0.019|      0.019|     -0.056|    -0.019|       0.017|
## |as.factor(CNTY)75                       |     -0.070|      0.019|     -0.107|    -0.070|      -0.033|
## |as.factor(CNTY)76                       |     -0.008|      0.019|     -0.046|    -0.008|       0.030|
## |as.factor(CNTY)77                       |     -0.019|      0.018|     -0.054|    -0.019|       0.016|
## |as.factor(CNTY)78                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)79                       |     -0.070|      0.018|     -0.106|    -0.070|      -0.034|
## |as.factor(CNTY)80                       |     -0.100|      0.019|     -0.137|    -0.100|      -0.063|
## |as.factor(CNTY)81                       |     -0.089|      0.018|     -0.124|    -0.089|      -0.053|
## |as.factor(CNTY)82                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)83                       |     -0.153|      0.022|     -0.196|    -0.153|      -0.111|
## |as.factor(CNTY)84                       |     -0.055|      0.018|     -0.091|    -0.055|      -0.019|
## |as.factor(CNTY)85                       |     -0.124|      0.021|     -0.165|    -0.124|      -0.083|
## |as.factor(CNTY)86                       |     -0.111|      0.026|     -0.163|    -0.111|      -0.059|
## |as.factor(CNTY)87                       |     -0.027|      0.018|     -0.062|    -0.027|       0.008|
## |as.factor(CNTY)88                       |     -0.122|      0.021|     -0.165|    -0.122|      -0.080|
## |as.factor(CNTY)89                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)90                       |     -0.053|      0.019|     -0.090|    -0.053|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)91                       |     -0.075|      0.018|     -0.110|    -0.075|      -0.040|
## |as.factor(CNTY)92                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)93                       |     -0.064|      0.017|     -0.098|    -0.064|      -0.030|
## |as.factor(CNTY)94                       |     -0.058|      0.020|     -0.099|    -0.058|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)95                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |Precision for the Gaussian observations |   1269.347|     90.152|   1100.173|  1266.577|    1455.004|
## |Precision for covVol                    |  11394.611|  21465.841|    577.913|  5409.074|   59583.614|
## |Precision for covTP                     |   7839.574|   5274.895|   2047.707|  6476.287|   21671.217|
## |Precision for covGDD                    |  12129.020|  14037.517|   1899.069|  7912.914|   47954.019|
## |Precision for covSDD                    |   5202.638|   3004.890|   1578.097|  4501.895|   12935.545|
## |Precision for covfert                   | 143614.467| 326923.275|   4408.835| 58130.877|  815757.710|
## |Precision for covherb                   |  37970.199|  98766.459|   1394.897| 14289.150|  220865.566|
## |Precision for YEAR.id                   |  15967.221|  11419.786|   3632.227| 12979.725|   47020.318|
## |Precision for YEAR.id2                  |  15967.176|  11419.720|   3632.227| 12979.703|   47020.076|
## |Precision for covSIDI                   | 216234.125| 630256.140|   6113.289| 73784.200| 1316267.957|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|     CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|-------:|---------:|---------:|
## | -2345.642| 1156.63| 0.0004829| 0.6892367|
        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

CV Diversity and CV of Climate Vars and BYM

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_covyield_covSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.bym.cov1.nlnc(independent='covSIDI', 'soy', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|          sd| 0.025quant|   0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|-----------:|----------:|----------:|-----------:|
## |1                                       |      0.066|       0.005|      0.056|      0.066|       0.077|
## |Precision for the Gaussian observations |   1259.263|      87.052|   1094.199|   1257.272|    1436.565|
## |Precision for covVol                    |  21094.811|   51814.986|    840.035|   8297.471|  121566.085|
## |Precision for covTP                     |   8941.423|    6134.616|   2178.964|   7371.891|   25044.349|
## |Precision for covGDD                    |   7900.565|    6457.195|   1594.169|   6095.599|   25006.696|
## |Precision for covSDD                    |   5249.170|    2928.164|   1631.965|   4588.388|   12760.309|
## |Precision for covfert                   | 578651.294| 3642118.476|   6380.232| 106297.933| 3873976.328|
## |Precision for covherb                   | 623791.922| 7777720.236|   4191.730|  68105.322| 4028431.501|
## |Precision for CNTY                      |   1507.036|     338.792|    944.258|   1472.528|    2271.663|
## |Phi for CNTY                            |      0.908|       0.090|      0.662|      0.937|       0.996|
## |Precision for YEAR.id                   |  14000.083|    9044.095|   3634.821|  11742.690|   38990.523|
## |Precision for YEAR.id2                  |  14000.099|    9044.103|   3634.824|  11742.704|   38990.556|
## |Precision for covSIDI                   | 177725.147|  501882.822|   7505.385|  64135.145| 1046922.296|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|--------:|---------:|---------:|
## | -2371.41| 1176.528| 0.0005117| 0.6068852|
        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average and CV of Diversity and Average and CV of Climate Vars and FE

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_covyield_aveSIDIcovSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb','aveVol3yr','aveTP3yr','aveGDD3yr','aveSDD3yr','avefert3yr','aveherb3yr')

# f1<-build.formula.fe.cov4.nlnc(independent=c('aveSIDI3yr', 'covSIDI'), 'soy', controls = controls, priors = c("pc"))
# m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|----------:|----------:|---------:|-----------:|
## |(Intercept)                             |      0.163|      0.015|      0.134|     0.163|       0.192|
## |as.factor(CNTY)2                        |     -0.069|      0.016|     -0.102|    -0.069|      -0.037|
## |as.factor(CNTY)3                        |     -0.075|      0.017|     -0.109|    -0.075|      -0.041|
## |as.factor(CNTY)4                        |     -0.160|      0.025|     -0.209|    -0.160|      -0.110|
## |as.factor(CNTY)5                        |     -0.100|      0.021|     -0.141|    -0.100|      -0.059|
## |as.factor(CNTY)6                        |     -0.033|      0.017|     -0.067|    -0.034|       0.001|
## |as.factor(CNTY)7                        |     -0.083|      0.019|     -0.120|    -0.082|      -0.045|
## |as.factor(CNTY)8                        |     -0.028|      0.021|     -0.069|    -0.028|       0.012|
## |as.factor(CNTY)9                        |     -0.073|      0.022|     -0.117|    -0.073|      -0.029|
## |as.factor(CNTY)10                       |     -0.078|      0.021|     -0.119|    -0.078|      -0.036|
## |as.factor(CNTY)11                       |     -0.052|      0.018|     -0.088|    -0.052|      -0.017|
## |as.factor(CNTY)12                       |     -0.176|      0.022|     -0.219|    -0.176|      -0.133|
## |as.factor(CNTY)13                       |     -0.117|      0.019|     -0.155|    -0.117|      -0.079|
## |as.factor(CNTY)14                       |     -0.102|      0.019|     -0.140|    -0.102|      -0.066|
## |as.factor(CNTY)15                       |     -0.058|      0.017|     -0.090|    -0.058|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)16                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)17                       |     -0.025|      0.019|     -0.063|    -0.025|       0.013|
## |as.factor(CNTY)18                       |     -0.059|      0.018|     -0.094|    -0.059|      -0.024|
## |as.factor(CNTY)19                       |     -0.198|      0.026|     -0.250|    -0.198|      -0.147|
## |as.factor(CNTY)20                       |     -0.079|      0.018|     -0.115|    -0.078|      -0.043|
## |as.factor(CNTY)21                       |     -0.104|      0.019|     -0.143|    -0.104|      -0.066|
## |as.factor(CNTY)22                       |     -0.084|      0.018|     -0.121|    -0.084|      -0.048|
## |as.factor(CNTY)23                       |     -0.192|      0.024|     -0.240|    -0.192|      -0.145|
## |as.factor(CNTY)24                       |     -0.058|      0.021|     -0.099|    -0.059|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)25                       |     -0.088|      0.026|     -0.140|    -0.088|      -0.037|
## |as.factor(CNTY)26                       |     -0.079|      0.025|     -0.129|    -0.079|      -0.029|
## |as.factor(CNTY)27                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)28                       |     -0.188|      0.025|     -0.237|    -0.188|      -0.140|
## |as.factor(CNTY)29                       |     -0.065|      0.017|     -0.099|    -0.065|      -0.032|
## |as.factor(CNTY)30                       |     -0.079|      0.020|     -0.119|    -0.079|      -0.040|
## |as.factor(CNTY)31                       |     -0.137|      0.026|     -0.188|    -0.137|      -0.085|
## |as.factor(CNTY)32                       |     -0.093|      0.021|     -0.134|    -0.093|      -0.052|
## |as.factor(CNTY)33                       |     -0.196|      0.023|     -0.242|    -0.196|      -0.150|
## |as.factor(CNTY)34                       |     -0.042|      0.022|     -0.084|    -0.042|       0.001|
## |as.factor(CNTY)35                       |     -0.093|      0.020|     -0.133|    -0.093|      -0.053|
## |as.factor(CNTY)36                       |     -0.090|      0.021|     -0.132|    -0.090|      -0.050|
## |as.factor(CNTY)37                       |     -0.178|      0.025|     -0.227|    -0.178|      -0.131|
## |as.factor(CNTY)38                       |     -0.209|      0.034|     -0.275|    -0.209|      -0.142|
## |as.factor(CNTY)39                       |     -0.062|      0.018|     -0.097|    -0.062|      -0.027|
## |as.factor(CNTY)40                       |     -0.103|      0.017|     -0.137|    -0.103|      -0.070|
## |as.factor(CNTY)41                       |     -0.114|      0.020|     -0.153|    -0.114|      -0.075|
## |as.factor(CNTY)42                       |     -0.072|      0.023|     -0.117|    -0.072|      -0.027|
## |as.factor(CNTY)43                       |     -0.108|      0.019|     -0.144|    -0.108|      -0.071|
## |as.factor(CNTY)44                       |     -0.131|      0.026|     -0.182|    -0.131|      -0.080|
## |as.factor(CNTY)45                       |     -0.062|      0.016|     -0.094|    -0.062|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)46                       |     -0.131|      0.028|     -0.186|    -0.131|      -0.076|
## |as.factor(CNTY)47                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)48                       |     -0.086|      0.020|     -0.125|    -0.085|      -0.046|
## |as.factor(CNTY)49                       |     -0.048|      0.017|     -0.083|    -0.048|      -0.014|
## |as.factor(CNTY)50                       |     -0.056|      0.019|     -0.094|    -0.056|      -0.018|
## |as.factor(CNTY)51                       |     -0.103|      0.019|     -0.141|    -0.103|      -0.065|
## |as.factor(CNTY)52                       |     -0.028|      0.018|     -0.064|    -0.028|       0.008|
## |as.factor(CNTY)53                       |     -0.081|      0.019|     -0.119|    -0.081|      -0.044|
## |as.factor(CNTY)54                       |     -0.188|      0.026|     -0.239|    -0.188|      -0.138|
## |as.factor(CNTY)55                       |     -0.080|      0.017|     -0.113|    -0.080|      -0.047|
## |as.factor(CNTY)56                       |     -0.121|      0.020|     -0.161|    -0.121|      -0.082|
## |as.factor(CNTY)57                       |     -0.058|      0.017|     -0.091|    -0.058|      -0.025|
## |as.factor(CNTY)58                       |     -0.055|      0.020|     -0.093|    -0.055|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)59                       |     -0.050|      0.019|     -0.087|    -0.050|      -0.014|
## |as.factor(CNTY)60                       |     -0.048|      0.016|     -0.081|    -0.049|      -0.016|
## |as.factor(CNTY)61                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)62                       |     -0.066|      0.017|     -0.099|    -0.066|      -0.032|
## |as.factor(CNTY)63                       |     -0.096|      0.018|     -0.133|    -0.096|      -0.060|
## |as.factor(CNTY)64                       |     -0.091|      0.018|     -0.127|    -0.091|      -0.056|
## |as.factor(CNTY)65                       |     -0.175|      0.022|     -0.219|    -0.175|      -0.132|
## |as.factor(CNTY)66                       |     -0.054|      0.019|     -0.092|    -0.054|      -0.017|
## |as.factor(CNTY)67                       |     -0.091|      0.018|     -0.126|    -0.091|      -0.055|
## |as.factor(CNTY)68                       |     -0.165|      0.027|     -0.219|    -0.165|      -0.113|
## |as.factor(CNTY)69                       |     -0.132|      0.024|     -0.179|    -0.132|      -0.086|
## |as.factor(CNTY)70                       |     -0.092|      0.019|     -0.130|    -0.092|      -0.055|
## |as.factor(CNTY)71                       |     -0.117|      0.020|     -0.156|    -0.117|      -0.079|
## |as.factor(CNTY)72                       |     -0.093|      0.020|     -0.133|    -0.093|      -0.055|
## |as.factor(CNTY)73                       |     -0.091|      0.018|     -0.127|    -0.091|      -0.055|
## |as.factor(CNTY)74                       |     -0.089|      0.020|     -0.127|    -0.089|      -0.050|
## |as.factor(CNTY)75                       |     -0.151|      0.021|     -0.193|    -0.151|      -0.110|
## |as.factor(CNTY)76                       |     -0.067|      0.021|     -0.107|    -0.067|      -0.026|
## |as.factor(CNTY)77                       |     -0.075|      0.018|     -0.112|    -0.075|      -0.039|
## |as.factor(CNTY)78                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)79                       |     -0.096|      0.019|     -0.134|    -0.096|      -0.059|
## |as.factor(CNTY)80                       |     -0.181|      0.024|     -0.227|    -0.180|      -0.134|
## |as.factor(CNTY)81                       |     -0.108|      0.018|     -0.145|    -0.108|      -0.072|
## |as.factor(CNTY)82                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)83                       |     -0.219|      0.025|     -0.267|    -0.218|      -0.171|
## |as.factor(CNTY)84                       |     -0.105|      0.019|     -0.143|    -0.105|      -0.068|
## |as.factor(CNTY)85                       |     -0.193|      0.023|     -0.238|    -0.193|      -0.149|
## |as.factor(CNTY)86                       |     -0.208|      0.029|     -0.265|    -0.208|      -0.152|
## |as.factor(CNTY)87                       |     -0.052|      0.020|     -0.091|    -0.051|      -0.012|
## |as.factor(CNTY)88                       |     -0.203|      0.023|     -0.249|    -0.203|      -0.158|
## |as.factor(CNTY)89                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)90                       |     -0.072|      0.021|     -0.112|    -0.073|      -0.031|
## |as.factor(CNTY)91                       |     -0.106|      0.018|     -0.141|    -0.106|      -0.071|
## |as.factor(CNTY)92                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |as.factor(CNTY)93                       |     -0.067|      0.016|     -0.100|    -0.067|      -0.035|
## |as.factor(CNTY)94                       |     -0.043|      0.020|     -0.083|    -0.043|      -0.004|
## |as.factor(CNTY)95                       |      0.000|   3162.266|  -6208.594|    -0.089|    6203.412|
## |Precision for the Gaussian observations |   1676.858|    129.115|   1424.858|  1677.443|    1932.176|
## |Precision for covVol                    |  25984.409| 145136.479|    544.919|  5603.743|  169075.477|
## |Precision for covTP                     |  16818.908|  12515.236|   3610.879| 13506.913|   49811.517|
## |Precision for covGDD                    |  24945.578|  30793.353|   2600.013| 15716.487|  103359.592|
## |Precision for covSDD                    |   4707.851|   2613.717|   1509.757|  4108.912|   11400.935|
## |Precision for covfert                   | 238873.940| 694282.565|   7030.099| 82009.020| 1450182.183|
## |Precision for covherb                   |  83764.562| 291079.278|   2690.614| 25737.526|  524862.112|
## |Precision for aveVol3yr                 |  28210.956|  57349.118|   1868.445| 12949.156|  149683.533|
## |Precision for aveTP3yr                  |   3581.260|   1978.128|   1122.965|  3138.771|    8650.389|
## |Precision for aveGDD3yr                 |  47096.500|  58443.875|   4645.069| 29564.419|  196559.673|
## |Precision for aveSDD3yr                 |  10356.553|   7720.570|   2526.866|  8233.291|   30671.179|
## |Precision for avefert3yr                |  38662.092|  57486.494|   3333.549| 21763.720|  179027.772|
## |Precision for aveherb3yr                |  10331.824|  12101.752|   1160.490|  6709.144|   41436.589|
## |Precision for YEAR.id                   |  34811.090|  28525.271|   6193.410| 27004.404|  109888.600|
## |Precision for YEAR.id2                  |  34810.761|  28525.031|   6193.223| 27004.161|  109887.999|
## |Precision for aveSIDI3yr                |  49060.239|  91920.700|   2786.940| 23515.191|  254974.612|
## |Precision for covSIDI                   | 122924.387| 277746.118|   5712.743| 51633.445|  686621.007|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -2462.035| 1205.453| 0.0003318| 0.7540507|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

        plot.smootheffect(name, var="avefert3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveherb3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveVol3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveTP3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveGDD3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveSDD3yr")

# 
# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average and CV of Diversity and Average and CV of Climate Vars and BYM

d='soyKS_0907norm_nc'
name='soy_covyield_aveSIDIcovSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb','aveVol3yr','aveTP3yr','aveGDD3yr','aveSDD3yr','avefert3yr','aveherb3yr')


# f1<-build.formula.bym.cov4.nlnc(independent=c('aveSIDI3yr', 'covSIDI'), 'soy', controls = controls, priors = c("pc"))
# m1<- run.model(f1, data=d, crop="soy", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="soy", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |        mean|          sd| 0.025quant|   0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|-----------:|-----------:|----------:|----------:|-----------:|
## |1                                       |       0.061|       0.004|      0.054|      0.061|       0.069|
## |Precision for the Gaussian observations |    1595.638|     105.843|   1379.962|   1599.925|    1794.668|
## |Precision for covVol                    |   89525.899| 2375987.065|    921.303|  11120.499|  588318.768|
## |Precision for covTP                     |   17507.278|   12992.472|   3871.865|  14041.593|   51779.866|
## |Precision for covGDD                    |   36327.721|   57385.398|   2821.533|  19650.610|  173876.475|
## |Precision for covSDD                    |    4609.289|    2434.799|   1524.490|   4079.545|   10819.474|
## |Precision for covfert                   |  561822.554| 2716949.484|   8667.331| 128256.776| 3669397.112|
## |Precision for covherb                   |  319367.228| 2068186.696|   5648.584|  61585.572| 2123963.401|
## |Precision for aveVol3yr                 |  881215.625| 9530008.156|   6625.312| 107538.154| 5701639.061|
## |Precision for aveTP3yr                  |    4681.807|    2856.174|   1402.072|   3970.969|   12144.662|
## |Precision for aveGDD3yr                 |   34321.991|   34049.211|   5260.427|  24309.829|  124146.134|
## |Precision for aveSDD3yr                 |   10363.155|    7191.471|   2681.409|   8457.178|   29340.796|
## |Precision for avefert3yr                |   40255.427|   61447.240|   3379.526|  22290.353|  189047.663|
## |Precision for aveherb3yr                |   13382.617|   18760.629|   1515.794|   7838.889|   59380.346|
## |Precision for CNTY                      |    1241.160|     266.767|    790.487|   1216.896|    1833.964|
## |Phi for CNTY                            |       0.936|       0.066|      0.753|      0.958|       0.997|
## |Precision for YEAR.id                   |   32458.674|   27327.685|   5769.773|  24854.789|  104459.490|
## |Precision for YEAR.id2                  |   32447.643|   27317.362|   5768.084|  24846.731|  104419.591|
## |Precision for aveSIDI3yr                | 1197480.209| 9852577.078|  12917.844| 183856.577| 7856227.842|
## |Precision for covSIDI                   |  155293.245|  429800.686|   6439.415|  56662.642|  914522.264|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|     CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|-------:|---------:|---------:|
## | -2484.328| 1224.63| 0.0003586| 0.6894316|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

        plot.smootheffect(name, var="avefert3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveherb3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveVol3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveTP3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveGDD3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveSDD3yr")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="soy", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Wheat Models

Model with Non-linear Fertlizer and HErbicide and FE

prep.data.norm_nc("wheat_KS_final", "wheatKS_0907", "wheat", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')
# 
# #quick data check
        #   r<-readRDS(paste0(wd,"/Data/wheatKS_0907norm_nc.rds"))
        #  # head(r)
        #  hist(r$fert)
        #  hist(r$herb)
        #  hist(r$volume)
        # length(unique(r$GDD))

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_yield_SIDI_fe_normncnl0907'

f1<-build.formula.fe.nlnc('LSM_SIDI_ALL', 'wheat', controls = "All", priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

model.results(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|        sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|---------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |     3.735|     0.092|      3.554|     3.735|      3.916|
## |as.factor(CNTY)2                        |     0.011|     0.103|     -0.190|     0.011|      0.213|
## |as.factor(CNTY)3                        |    -0.195|     0.112|     -0.415|    -0.195|      0.025|
## |as.factor(CNTY)4                        |     0.004|     0.151|     -0.291|     0.004|      0.302|
## |as.factor(CNTY)5                        |    -0.237|     0.109|     -0.452|    -0.237|     -0.022|
## |as.factor(CNTY)6                        |     0.108|     0.102|     -0.093|     0.108|      0.308|
## |as.factor(CNTY)7                        |     0.013|     0.117|     -0.215|     0.013|      0.243|
## |as.factor(CNTY)8                        |     0.141|     0.119|     -0.093|     0.141|      0.375|
## |as.factor(CNTY)9                        |     0.499|     0.180|      0.147|     0.498|      0.855|
## |as.factor(CNTY)10                       |     0.059|     0.143|     -0.220|     0.059|      0.340|
## |as.factor(CNTY)11                       |    -0.004|     0.109|     -0.218|    -0.004|      0.211|
## |as.factor(CNTY)12                       |     0.113|     0.112|     -0.106|     0.113|      0.333|
## |as.factor(CNTY)13                       |    -0.040|     0.152|     -0.337|    -0.041|      0.258|
## |as.factor(CNTY)14                       |    -0.078|     0.112|     -0.297|    -0.078|      0.143|
## |as.factor(CNTY)15                       |    -0.095|     0.115|     -0.320|    -0.096|      0.130|
## |as.factor(CNTY)16                       |     0.122|     0.106|     -0.087|     0.122|      0.331|
## |as.factor(CNTY)17                       |    -0.072|     0.152|     -0.368|    -0.072|      0.227|
## |as.factor(CNTY)18                       |     0.022|     0.113|     -0.199|     0.022|      0.244|
## |as.factor(CNTY)19                       |     0.009|     0.112|     -0.211|     0.009|      0.228|
## |as.factor(CNTY)20                       |    -0.078|     0.109|     -0.293|    -0.078|      0.136|
## |as.factor(CNTY)21                       |    -0.052|     0.102|     -0.253|    -0.052|      0.149|
## |as.factor(CNTY)22                       |    -0.077|     0.111|     -0.294|    -0.078|      0.140|
## |as.factor(CNTY)23                       |    -0.133|     0.128|     -0.381|    -0.134|      0.121|
## |as.factor(CNTY)24                       |     0.281|     0.170|     -0.052|     0.281|      0.617|
## |as.factor(CNTY)25                       |    -0.090|     0.108|     -0.302|    -0.090|      0.121|
## |as.factor(CNTY)26                       |     0.032|     0.111|     -0.184|     0.032|      0.249|
## |as.factor(CNTY)27                       |    -0.168|     0.116|     -0.395|    -0.168|      0.059|
## |as.factor(CNTY)28                       |    -0.131|     0.109|     -0.346|    -0.131|      0.084|
## |as.factor(CNTY)29                       |     0.040|     0.104|     -0.165|     0.039|      0.244|
## |as.factor(CNTY)30                       |     0.090|     0.128|     -0.156|     0.089|      0.345|
## |as.factor(CNTY)31                       |    -0.023|     0.106|     -0.232|    -0.023|      0.185|
## |as.factor(CNTY)32                       |     0.051|     0.122|     -0.189|     0.051|      0.291|
## |as.factor(CNTY)33                       |    -0.212|     0.139|     -0.480|    -0.213|      0.065|
## |as.factor(CNTY)34                       |    -0.134|     0.116|     -0.362|    -0.134|      0.096|
## |as.factor(CNTY)35                       |    -0.356|     0.112|     -0.575|    -0.356|     -0.137|
## |as.factor(CNTY)36                       |     0.524|     0.180|      0.173|     0.523|      0.878|
## |as.factor(CNTY)37                       |    -0.554|     0.113|     -0.776|    -0.554|     -0.331|
## |as.factor(CNTY)38                       |    -0.166|     0.109|     -0.380|    -0.166|      0.047|
## |as.factor(CNTY)39                       |    -0.171|     0.130|     -0.424|    -0.172|      0.089|
## |as.factor(CNTY)40                       |    -0.178|     0.146|     -0.461|    -0.180|      0.111|
## |as.factor(CNTY)41                       |     0.014|     0.118|     -0.217|     0.014|      0.246|
## |as.factor(CNTY)42                       |     0.013|     0.109|     -0.200|     0.013|      0.226|
## |as.factor(CNTY)43                       |    -0.124|     0.109|     -0.336|    -0.124|      0.090|
## |as.factor(CNTY)44                       |    -0.158|     0.110|     -0.374|    -0.159|      0.057|
## |as.factor(CNTY)45                       |    -0.069|     0.124|     -0.311|    -0.069|      0.177|
## |as.factor(CNTY)46                       |    -0.306|     0.120|     -0.540|    -0.307|     -0.071|
## |as.factor(CNTY)47                       |    -0.081|     0.108|     -0.292|    -0.081|      0.131|
## |as.factor(CNTY)48                       |    -0.005|     0.128|     -0.255|    -0.006|      0.247|
## |as.factor(CNTY)49                       |    -0.053|     0.099|     -0.247|    -0.053|      0.142|
## |as.factor(CNTY)50                       |    -0.106|     0.117|     -0.335|    -0.106|      0.125|
## |as.factor(CNTY)51                       |    -0.103|     0.108|     -0.313|    -0.103|      0.109|
## |as.factor(CNTY)52                       |    -0.025|     0.108|     -0.236|    -0.025|      0.186|
## |as.factor(CNTY)53                       |    -0.141|     0.106|     -0.348|    -0.141|      0.066|
## |as.factor(CNTY)54                       |    -0.017|     0.112|     -0.236|    -0.017|      0.202|
## |as.factor(CNTY)55                       |     0.019|     0.120|     -0.217|     0.018|      0.254|
## |as.factor(CNTY)56                       |    -0.090|     0.102|     -0.290|    -0.090|      0.110|
## |as.factor(CNTY)57                       |    -0.124|     0.103|     -0.326|    -0.124|      0.078|
## |as.factor(CNTY)58                       |    -0.111|     0.117|     -0.340|    -0.111|      0.119|
## |as.factor(CNTY)59                       |    -0.082|     0.120|     -0.317|    -0.082|      0.153|
## |as.factor(CNTY)60                       |     0.265|     0.100|      0.068|     0.265|      0.462|
## |as.factor(CNTY)61                       |    -0.096|     0.112|     -0.315|    -0.096|      0.125|
## |as.factor(CNTY)62                       |    -0.051|     0.101|     -0.250|    -0.051|      0.147|
## |as.factor(CNTY)63                       |     0.037|     0.119|     -0.197|     0.037|      0.271|
## |as.factor(CNTY)64                       |    -0.537|     0.119|     -0.770|    -0.537|     -0.302|
## |as.factor(CNTY)65                       |    -0.155|     0.117|     -0.384|    -0.156|      0.074|
## |as.factor(CNTY)66                       |    -0.115|     0.098|     -0.308|    -0.115|      0.078|
## |as.factor(CNTY)67                       |    -0.095|     0.111|     -0.314|    -0.095|      0.123|
## |as.factor(CNTY)68                       |    -0.104|     0.111|     -0.322|    -0.104|      0.114|
## |as.factor(CNTY)69                       |    -0.005|     0.101|     -0.203|    -0.005|      0.192|
## |as.factor(CNTY)70                       |    -0.112|     0.104|     -0.315|    -0.112|      0.092|
## |as.factor(CNTY)71                       |    -0.027|     0.104|     -0.231|    -0.027|      0.178|
## |as.factor(CNTY)72                       |    -0.159|     0.114|     -0.382|    -0.159|      0.066|
## |as.factor(CNTY)73                       |    -0.091|     0.107|     -0.301|    -0.091|      0.120|
## |as.factor(CNTY)74                       |     0.106|     0.108|     -0.107|     0.106|      0.319|
## |as.factor(CNTY)75                       |    -0.142|     0.119|     -0.374|    -0.142|      0.094|
## |as.factor(CNTY)76                       |    -0.061|     0.107|     -0.271|    -0.061|      0.149|
## |as.factor(CNTY)77                       |    -0.191|     0.105|     -0.397|    -0.191|      0.015|
## |as.factor(CNTY)78                       |    -0.222|     0.113|     -0.443|    -0.222|      0.001|
## |as.factor(CNTY)79                       |    -0.048|     0.116|     -0.276|    -0.049|      0.180|
## |as.factor(CNTY)80                       |     0.120|     0.113|     -0.103|     0.120|      0.343|
## |as.factor(CNTY)81                       |     0.000|     0.106|     -0.207|     0.000|      0.208|
## |as.factor(CNTY)82                       |    -0.211|     0.115|     -0.436|    -0.211|      0.015|
## |as.factor(CNTY)83                       |    -0.018|     0.117|     -0.248|    -0.018|      0.212|
## |as.factor(CNTY)84                       |    -0.086|     0.104|     -0.290|    -0.086|      0.118|
## |as.factor(CNTY)85                       |    -0.099|     0.119|     -0.333|    -0.099|      0.135|
## |as.factor(CNTY)86                       |    -0.314|     0.113|     -0.535|    -0.314|     -0.093|
## |as.factor(CNTY)87                       |    -0.131|     0.132|     -0.388|    -0.132|      0.131|
## |as.factor(CNTY)88                       |     0.018|     0.111|     -0.198|     0.018|      0.238|
## |as.factor(CNTY)89                       |    -0.031|     0.117|     -0.260|    -0.031|      0.198|
## |as.factor(CNTY)90                       |    -0.070|     0.110|     -0.286|    -0.070|      0.146|
## |as.factor(CNTY)91                       |    -0.163|     0.104|     -0.368|    -0.163|      0.041|
## |as.factor(CNTY)92                       |    -0.189|     0.114|     -0.413|    -0.189|      0.036|
## |as.factor(CNTY)93                       |    -0.117|     0.138|     -0.386|    -0.117|      0.156|
## |as.factor(CNTY)94                       |    -0.193|     0.131|     -0.447|    -0.194|      0.066|
## |as.factor(CNTY)95                       |    -0.327|     0.102|     -0.528|    -0.327|     -0.127|
## |as.factor(CNTY)96                       |    -0.070|     0.120|     -0.306|    -0.070|      0.166|
## |as.factor(CNTY)97                       |    -0.086|     0.114|     -0.310|    -0.087|      0.138|
## |as.factor(CNTY)98                       |     0.242|     0.143|     -0.037|     0.242|      0.523|
## |as.factor(CNTY)99                       |     0.043|     0.114|     -0.182|     0.042|      0.267|
## |as.factor(CNTY)100                      |    -0.130|     0.110|     -0.345|    -0.130|      0.085|
## |as.factor(CNTY)101                      |    -0.139|     0.116|     -0.366|    -0.140|      0.089|
## |as.factor(CNTY)102                      |     0.032|     0.101|     -0.165|     0.032|      0.230|
## |as.factor(CNTY)103                      |     0.058|     0.111|     -0.159|     0.058|      0.275|
## |Precision for the Gaussian observations |    31.507|     1.610|     28.492|    31.455|     34.803|
## |Precision for fert                      |   371.600|   311.535|     76.877|   282.894|   1193.014|
## |Precision for herb                      |  4117.059| 14620.288|    155.840|  1267.463|  25384.925|
## |Precision for volume                    |   418.664|   364.276|     84.092|   313.608|   1383.585|
## |Precision for TP                        |   176.154|    83.165|     65.059|   159.581|    384.725|
## |Precision for GDD                       |   382.127|   265.269|     97.094|   312.269|   1081.519|
## |Precision for SDD                       |   628.928|   615.200|    111.364|   446.916|   2245.051|
## |Precision for YEAR.id                   |    70.292|    34.191|     23.689|    63.903|    154.992|
## |Precision for YEAR.id2                  | 17190.899| 17850.026|   1150.985| 11851.540|  64274.759|
## |Precision for LSM_SIDI_ALL              |    73.486|    35.839|     27.191|    65.853|    163.815|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -407.1687| 195.5446| 0.0262308| 0.5962219|
plot.smootheffect(name, var="fert")

plot.smootheffect(name, var="herb")

plot.smootheffect(name, var="LSM_SIDI_ALL")

plot.smootheffect(name, var="volume")

plot.smootheffect(name, var="TP")

plot.smootheffect(name, var="GDD")

plot.smootheffect(name, var="SDD")

# plot.spatialeffect("wheat_yield_SIDI_fe_nc", data="wheatKS_0810nc", crop="wheat", type ="FE", scale="CNTY",projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Model with Non-linear Fertlizer and Herbicide and BYM

#gdal problem with epsg integers right now so replace projection=102003 with proj4string
# prep.data.std.nlnc("wheat_KS_final", "wheatKS_0810", "wheat", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_yield_SIDI_bym_normncnl0907'

f1<-build.formula.bym.nlnc('LSM_SIDI_ALL', 'wheat', controls = "All", priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

model.results(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|        sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|---------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |     3.679|     0.051|      3.578|     3.679|      3.780|
## |Precision for the Gaussian observations |    30.949|     1.552|     27.978|    30.922|     34.088|
## |Precision for fert                      |   471.171|   397.589|     87.755|   359.592|   1516.318|
## |Precision for herb                      |  9189.708| 54977.042|    183.213|  1884.955|  60129.811|
## |Precision for volume                    |   538.696|   440.380|    112.790|   414.715|   1703.691|
## |Precision for TP                        |   137.713|    64.173|     54.047|   124.130|    300.253|
## |Precision for GDD                       |   422.130|   303.423|     95.313|   343.001|   1221.083|
## |Precision for SDD                       |   526.620|   428.621|    114.454|   405.402|   1658.588|
## |Precision for CNTY                      |   198.363|    64.739|    108.620|   185.627|    358.953|
## |Phi for CNTY                            |     0.870|     0.129|      0.512|     0.913|      0.994|
## |Precision for YEAR.id                   | 17674.269| 18096.938|   1210.970| 12289.867|  65390.447|
## |Precision for YEAR.id2                  |    43.012|    21.157|     15.699|    38.512|     96.464|
## |Precision for LSM_SIDI_ALL              |   409.672|   278.086|    101.445|   338.845|   1138.490|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -450.2259| 220.8994| 0.0287194| 0.5271956|
plot.smootheffect(name, var="fert")

plot.smootheffect(name, var="herb")

plot.smootheffect(name, var="LSM_SIDI_ALL")

plot.smootheffect(name, var="volume")

plot.smootheffect(name, var="TP")

plot.smootheffect(name, var="GDD")

plot.smootheffect(name, var="SDD")

# plot.spatialeffect("wheat_yield_SIDI_fe_nc", data="wheatKS_0810nc", crop="wheat", type ="FE", scale="CNTY",projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Wheat Change in Yield Models

Average Diversity and FE

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_dyield_aveSIDI_fe0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.fe.change1.nlnc(independent = 'aveSIDI2yr', crop='wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|        sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|---------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |     0.102|     0.164|     -0.220|     0.102|      0.424|
## |as.factor(CNTY)2                        |    -0.068|     0.160|     -0.382|    -0.068|      0.247|
## |as.factor(CNTY)3                        |    -0.083|     0.167|     -0.411|    -0.083|      0.245|
## |as.factor(CNTY)4                        |    -0.319|     0.191|     -0.702|    -0.317|      0.049|
## |as.factor(CNTY)5                        |    -0.076|     0.159|     -0.388|    -0.076|      0.236|
## |as.factor(CNTY)6                        |    -0.116|     0.162|     -0.435|    -0.116|      0.201|
## |as.factor(CNTY)7                        |    -0.041|     0.159|     -0.354|    -0.041|      0.272|
## |as.factor(CNTY)8                        |    -0.133|     0.173|     -0.475|    -0.133|      0.203|
## |as.factor(CNTY)9                        |    -0.135|     0.193|     -0.523|    -0.131|      0.237|
## |as.factor(CNTY)10                       |    -0.200|     0.183|     -0.568|    -0.197|      0.153|
## |as.factor(CNTY)11                       |    -0.063|     0.167|     -0.392|    -0.063|      0.265|
## |as.factor(CNTY)12                       |    -0.066|     0.164|     -0.388|    -0.066|      0.256|
## |as.factor(CNTY)13                       |    -0.282|     0.186|     -0.656|    -0.279|      0.077|
## |as.factor(CNTY)14                       |    -0.075|     0.161|     -0.391|    -0.075|      0.240|
## |as.factor(CNTY)15                       |    -0.135|     0.167|     -0.464|    -0.135|      0.193|
## |as.factor(CNTY)16                       |     0.026|     0.195|     -0.357|     0.027|      0.409|
## |as.factor(CNTY)17                       |    -0.130|     0.186|     -0.504|    -0.128|      0.227|
## |as.factor(CNTY)18                       |    -0.133|     0.169|     -0.466|    -0.132|      0.197|
## |as.factor(CNTY)19                       |    -0.003|     0.173|     -0.343|    -0.003|      0.336|
## |as.factor(CNTY)20                       |    -0.094|     0.160|     -0.410|    -0.094|      0.220|
## |as.factor(CNTY)21                       |    -0.103|     0.156|     -0.408|    -0.103|      0.202|
## |as.factor(CNTY)22                       |    -0.037|     0.159|     -0.349|    -0.037|      0.274|
## |as.factor(CNTY)23                       |    -0.103|     0.162|     -0.420|    -0.103|      0.215|
## |as.factor(CNTY)24                       |    -0.058|     0.189|     -0.438|    -0.055|      0.306|
## |as.factor(CNTY)25                       |    -0.270|     0.168|     -0.602|    -0.270|      0.059|
## |as.factor(CNTY)26                       |    -0.117|     0.174|     -0.461|    -0.116|      0.224|
## |as.factor(CNTY)27                       |    -0.039|     0.166|     -0.364|    -0.039|      0.286|
## |as.factor(CNTY)28                       |    -0.069|     0.158|     -0.378|    -0.069|      0.240|
## |as.factor(CNTY)29                       |    -0.044|     0.165|     -0.369|    -0.044|      0.281|
## |as.factor(CNTY)30                       |    -0.123|     0.158|     -0.433|    -0.123|      0.186|
## |as.factor(CNTY)31                       |    -0.084|     0.163|     -0.403|    -0.084|      0.236|
## |as.factor(CNTY)32                       |    -0.131|     0.182|     -0.489|    -0.131|      0.226|
## |as.factor(CNTY)33                       |    -0.015|     0.161|     -0.332|    -0.015|      0.302|
## |as.factor(CNTY)34                       |    -0.023|     0.161|     -0.338|    -0.023|      0.292|
## |as.factor(CNTY)35                       |    -0.129|     0.159|     -0.442|    -0.129|      0.183|
## |as.factor(CNTY)36                       |    -0.090|     0.204|     -0.500|    -0.087|      0.305|
## |as.factor(CNTY)37                       |    -0.046|     0.159|     -0.358|    -0.046|      0.265|
## |as.factor(CNTY)38                       |    -0.181|     0.163|     -0.502|    -0.181|      0.137|
## |as.factor(CNTY)39                       |    -0.103|     0.159|     -0.415|    -0.103|      0.209|
## |as.factor(CNTY)40                       |    -0.045|     0.174|     -0.387|    -0.045|      0.297|
## |as.factor(CNTY)41                       |    -0.099|     0.175|     -0.442|    -0.098|      0.243|
## |as.factor(CNTY)42                       |    -0.110|     0.167|     -0.439|    -0.110|      0.216|
## |as.factor(CNTY)43                       |     0.026|     0.161|     -0.290|     0.026|      0.343|
## |as.factor(CNTY)44                       |    -0.134|     0.156|     -0.439|    -0.134|      0.172|
## |as.factor(CNTY)45                       |     0.146|     0.171|     -0.189|     0.146|      0.481|
## |as.factor(CNTY)46                       |    -0.080|     0.165|     -0.404|    -0.080|      0.243|
## |as.factor(CNTY)47                       |    -0.103|     0.162|     -0.421|    -0.102|      0.214|
## |as.factor(CNTY)48                       |    -0.260|     0.182|     -0.619|    -0.260|      0.095|
## |as.factor(CNTY)49                       |    -0.083|     0.164|     -0.404|    -0.083|      0.238|
## |as.factor(CNTY)50                       |    -0.069|     0.165|     -0.393|    -0.069|      0.254|
## |as.factor(CNTY)51                       |    -0.033|     0.154|     -0.335|    -0.033|      0.269|
## |as.factor(CNTY)52                       |    -0.227|     0.172|     -0.565|    -0.226|      0.111|
## |as.factor(CNTY)53                       |    -0.099|     0.181|     -0.454|    -0.099|      0.256|
## |as.factor(CNTY)54                       |    -0.001|     0.182|     -0.358|    -0.001|      0.355|
## |as.factor(CNTY)55                       |    -0.051|     0.174|     -0.394|    -0.050|      0.289|
## |as.factor(CNTY)56                       |    -0.090|     0.156|     -0.396|    -0.090|      0.216|
## |as.factor(CNTY)57                       |    -0.085|     0.157|     -0.392|    -0.085|      0.223|
## |as.factor(CNTY)58                       |    -0.008|     0.168|     -0.338|    -0.008|      0.322|
## |as.factor(CNTY)59                       |    -0.168|     0.176|     -0.515|    -0.168|      0.176|
## |as.factor(CNTY)60                       |    -0.034|     0.159|     -0.346|    -0.034|      0.277|
## |as.factor(CNTY)61                       |    -0.089|     0.156|     -0.396|    -0.089|      0.217|
## |as.factor(CNTY)62                       |    -0.056|     0.160|     -0.370|    -0.056|      0.258|
## |as.factor(CNTY)63                       |    -0.126|     0.167|     -0.458|    -0.125|      0.200|
## |as.factor(CNTY)64                       |    -0.072|     0.157|     -0.381|    -0.072|      0.237|
## |as.factor(CNTY)65                       |     0.014|     0.193|     -0.365|     0.014|      0.392|
## |as.factor(CNTY)66                       |    -0.053|     0.160|     -0.368|    -0.053|      0.261|
## |as.factor(CNTY)67                       |    -0.147|     0.166|     -0.474|    -0.147|      0.179|
## |as.factor(CNTY)68                       |    -0.167|     0.165|     -0.491|    -0.167|      0.156|
## |as.factor(CNTY)69                       |    -0.046|     0.159|     -0.360|    -0.046|      0.266|
## |as.factor(CNTY)70                       |    -0.230|     0.163|     -0.551|    -0.230|      0.090|
## |as.factor(CNTY)71                       |    -0.102|     0.156|     -0.409|    -0.102|      0.205|
## |as.factor(CNTY)72                       |    -0.077|     0.158|     -0.387|    -0.077|      0.233|
## |as.factor(CNTY)73                       |    -0.126|     0.158|     -0.437|    -0.126|      0.185|
## |as.factor(CNTY)74                       |    -0.108|     0.164|     -0.431|    -0.107|      0.212|
## |as.factor(CNTY)75                       |    -0.123|     0.167|     -0.451|    -0.123|      0.205|
## |as.factor(CNTY)76                       |    -0.097|     0.161|     -0.412|    -0.097|      0.218|
## |as.factor(CNTY)77                       |    -0.064|     0.156|     -0.371|    -0.064|      0.243|
## |as.factor(CNTY)78                       |    -0.092|     0.158|     -0.403|    -0.093|      0.218|
## |as.factor(CNTY)79                       |    -0.054|     0.168|     -0.383|    -0.054|      0.275|
## |as.factor(CNTY)80                       |    -0.106|     0.171|     -0.441|    -0.105|      0.229|
## |as.factor(CNTY)81                       |    -0.187|     0.162|     -0.505|    -0.187|      0.130|
## |as.factor(CNTY)82                       |    -0.175|     0.164|     -0.496|    -0.175|      0.146|
## |as.factor(CNTY)83                       |    -0.151|     0.171|     -0.489|    -0.150|      0.184|
## |as.factor(CNTY)84                       |    -0.113|     0.156|     -0.419|    -0.113|      0.193|
## |as.factor(CNTY)85                       |    -0.067|     0.168|     -0.397|    -0.067|      0.264|
## |as.factor(CNTY)86                       |    -0.034|     0.160|     -0.349|    -0.034|      0.280|
## |as.factor(CNTY)87                       |    -0.095|     0.162|     -0.413|    -0.095|      0.222|
## |as.factor(CNTY)88                       |    -0.023|     0.154|     -0.324|    -0.023|      0.279|
## |as.factor(CNTY)89                       |    -0.015|     0.181|     -0.371|    -0.015|      0.341|
## |as.factor(CNTY)90                       |    -0.035|     0.156|     -0.342|    -0.035|      0.271|
## |as.factor(CNTY)91                       |    -0.106|     0.156|     -0.413|    -0.106|      0.200|
## |as.factor(CNTY)92                       |    -0.019|     0.167|     -0.347|    -0.019|      0.308|
## |as.factor(CNTY)93                       |    -0.043|     0.182|     -0.401|    -0.043|      0.314|
## |as.factor(CNTY)94                       |    -0.035|     0.159|     -0.347|    -0.035|      0.276|
## |as.factor(CNTY)95                       |    -0.042|     0.155|     -0.347|    -0.042|      0.262|
## |as.factor(CNTY)96                       |    -0.018|     0.180|     -0.371|    -0.018|      0.335|
## |as.factor(CNTY)97                       |    -0.218|     0.175|     -0.562|    -0.218|      0.126|
## |as.factor(CNTY)98                       |    -0.037|     0.189|     -0.415|    -0.035|      0.328|
## |as.factor(CNTY)99                       |    -0.111|     0.172|     -0.448|    -0.111|      0.225|
## |as.factor(CNTY)100                      |    -0.118|     0.163|     -0.440|    -0.118|      0.202|
## |as.factor(CNTY)101                      |    -0.039|     0.162|     -0.356|    -0.039|      0.278|
## |as.factor(CNTY)102                      |    -0.065|     0.156|     -0.372|    -0.065|      0.242|
## |as.factor(CNTY)103                      |    -0.026|     0.171|     -0.364|    -0.025|      0.308|
## |Precision for the Gaussian observations |    19.993|     1.153|     17.784|    19.976|     22.318|
## |Precision for dVol                      |   236.808|   251.101|     36.506|   161.958|    892.638|
## |Precision for dTP                       |   499.022|   575.432|     70.117|   326.620|   1978.445|
## |Precision for dGDD                      |    32.008|    14.796|     12.025|    29.124|     68.956|
## |Precision for dSDD                      |    54.247|    24.045|     20.652|    49.955|    112.979|
## |Precision for dfert                     |  4621.087| 19519.115|    110.103|  1212.069|  29641.923|
## |Precision for dherb                     |  7542.164| 61295.651|    105.283|  1211.893|  49194.165|
## |Precision for YEAR.id                   |    15.464|     7.472|      4.958|    14.192|     33.505|
## |Precision for YEAR.id2                  | 18117.797| 18240.390|   1236.887| 12708.140|  66139.882|
## |Precision for aveSIDI2yr                |  1957.928|  6792.082|     79.922|   616.577|  11998.651|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|       CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|---------:|---------:|---------:|
## | 48.43071| -33.97896| 0.0329217| 0.5008551|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI2yr")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average Diversity and BYM

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_dyield_aveSIDI_bym0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

  f1<-build.formula.bym.change1.nlnc(independent = 'aveSIDI2yr', crop='wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
  m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|         sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|----------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |     0.011|      0.086|     -0.161|     0.011|      0.184|
## |Precision for the Gaussian observations |    21.493|      1.148|     19.311|    21.467|     23.830|
## |Precision for dVol                      |   262.675|    266.636|     43.266|   183.526|    962.256|
## |Precision for dTP                       |   672.319|    923.612|     89.093|   399.334|   2919.552|
## |Precision for dGDD                      |    33.699|     14.735|     13.367|    30.945|     70.214|
## |Precision for dSDD                      |    63.266|     27.819|     24.858|    58.084|    132.139|
## |Precision for dfert                     |  5722.272|  18786.034|    150.283|  1791.833|  35486.062|
## |Precision for dherb                     |  3619.796|  13787.639|     86.855|  1017.952|  22941.183|
## |Precision for CNTY                      | 22176.591|  72695.319|    808.728|  7169.085| 135773.378|
## |Phi for CNTY                            |     0.355|      0.263|      0.012|     0.307|      0.888|
## |Precision for YEAR.id                   |    17.208|      8.203|      5.286|    15.961|     36.683|
## |Precision for YEAR.id2                  | 19348.955|  18785.478|   1246.886| 13816.400|  68930.526|
## |Precision for aveSIDI2yr                | 76344.054| 671743.833|    582.768| 10691.563| 506826.774|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|     CPO|      MSE|        R2|
## |---------:|-------:|--------:|---------:|
## | -110.5306| 53.8574| 0.035436| 0.4726794|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI2yr")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs') #something is clearly not right here

Change in Diversity FE

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_dyield_dSIDI_fe0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.fe.change1.nlnc(independent = 'dSIDI', crop='wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

 model.results.change(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|        sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|---------:|----------:|---------:|----------:|
## |(Intercept)                             |     0.104|     0.160|     -0.211|     0.104|      0.420|
## |as.factor(CNTY)2                        |    -0.059|     0.159|     -0.371|    -0.059|      0.254|
## |as.factor(CNTY)3                        |    -0.110|     0.166|     -0.436|    -0.110|      0.215|
## |as.factor(CNTY)4                        |    -0.283|     0.167|     -0.610|    -0.283|      0.044|
## |as.factor(CNTY)5                        |    -0.110|     0.156|     -0.416|    -0.110|      0.196|
## |as.factor(CNTY)6                        |    -0.083|     0.155|     -0.388|    -0.083|      0.222|
## |as.factor(CNTY)7                        |    -0.049|     0.158|     -0.359|    -0.049|      0.261|
## |as.factor(CNTY)8                        |    -0.112|     0.160|     -0.425|    -0.112|      0.201|
## |as.factor(CNTY)9                        |    -0.112|     0.159|     -0.424|    -0.112|      0.199|
## |as.factor(CNTY)10                       |    -0.156|     0.158|     -0.465|    -0.156|      0.154|
## |as.factor(CNTY)11                       |    -0.088|     0.166|     -0.413|    -0.088|      0.237|
## |as.factor(CNTY)12                       |    -0.063|     0.161|     -0.379|    -0.063|      0.254|
## |as.factor(CNTY)13                       |    -0.243|     0.161|     -0.558|    -0.243|      0.073|
## |as.factor(CNTY)14                       |    -0.098|     0.160|     -0.412|    -0.098|      0.216|
## |as.factor(CNTY)15                       |    -0.163|     0.166|     -0.490|    -0.163|      0.163|
## |as.factor(CNTY)16                       |     0.040|     0.192|     -0.337|     0.040|      0.416|
## |as.factor(CNTY)17                       |    -0.086|     0.160|     -0.400|    -0.086|      0.227|
## |as.factor(CNTY)18                       |    -0.111|     0.159|     -0.424|    -0.111|      0.202|
## |as.factor(CNTY)19                       |     0.007|     0.172|     -0.332|     0.007|      0.345|
## |as.factor(CNTY)20                       |    -0.112|     0.159|     -0.424|    -0.112|      0.200|
## |as.factor(CNTY)21                       |    -0.136|     0.155|     -0.441|    -0.136|      0.168|
## |as.factor(CNTY)22                       |    -0.048|     0.158|     -0.359|    -0.048|      0.262|
## |as.factor(CNTY)23                       |    -0.134|     0.160|     -0.448|    -0.134|      0.180|
## |as.factor(CNTY)24                       |    -0.021|     0.158|     -0.332|    -0.021|      0.289|
## |as.factor(CNTY)25                       |    -0.229|     0.161|     -0.545|    -0.229|      0.087|
## |as.factor(CNTY)26                       |    -0.082|     0.166|     -0.409|    -0.082|      0.244|
## |as.factor(CNTY)27                       |    -0.074|     0.164|     -0.395|    -0.074|      0.247|
## |as.factor(CNTY)28                       |    -0.096|     0.157|     -0.404|    -0.096|      0.211|
## |as.factor(CNTY)29                       |    -0.031|     0.164|     -0.352|    -0.031|      0.290|
## |as.factor(CNTY)30                       |    -0.110|     0.154|     -0.412|    -0.110|      0.192|
## |as.factor(CNTY)31                       |    -0.089|     0.161|     -0.405|    -0.089|      0.226|
## |as.factor(CNTY)32                       |    -0.124|     0.180|     -0.477|    -0.124|      0.229|
## |as.factor(CNTY)33                       |    -0.056|     0.160|     -0.371|    -0.056|      0.259|
## |as.factor(CNTY)34                       |    -0.053|     0.159|     -0.365|    -0.053|      0.258|
## |as.factor(CNTY)35                       |    -0.150|     0.159|     -0.462|    -0.150|      0.161|
## |as.factor(CNTY)36                       |    -0.051|     0.171|     -0.386|    -0.051|      0.284|
## |as.factor(CNTY)37                       |    -0.075|     0.158|     -0.386|    -0.075|      0.235|
## |as.factor(CNTY)38                       |    -0.156|     0.155|     -0.460|    -0.156|      0.149|
## |as.factor(CNTY)39                       |    -0.134|     0.154|     -0.437|    -0.134|      0.169|
## |as.factor(CNTY)40                       |    -0.077|     0.172|     -0.414|    -0.077|      0.260|
## |as.factor(CNTY)41                       |    -0.073|     0.168|     -0.404|    -0.073|      0.257|
## |as.factor(CNTY)42                       |    -0.079|     0.160|     -0.393|    -0.079|      0.235|
## |as.factor(CNTY)43                       |     0.010|     0.160|     -0.305|     0.010|      0.325|
## |as.factor(CNTY)44                       |    -0.158|     0.155|     -0.463|    -0.158|      0.146|
## |as.factor(CNTY)45                       |     0.117|     0.168|     -0.212|     0.117|      0.446|
## |as.factor(CNTY)46                       |    -0.120|     0.163|     -0.441|    -0.120|      0.201|
## |as.factor(CNTY)47                       |    -0.081|     0.155|     -0.385|    -0.081|      0.223|
## |as.factor(CNTY)48                       |    -0.218|     0.172|     -0.557|    -0.218|      0.120|
## |as.factor(CNTY)49                       |    -0.067|     0.162|     -0.385|    -0.067|      0.251|
## |as.factor(CNTY)50                       |    -0.078|     0.163|     -0.398|    -0.078|      0.241|
## |as.factor(CNTY)51                       |    -0.053|     0.153|     -0.353|    -0.053|      0.247|
## |as.factor(CNTY)52                       |    -0.197|     0.166|     -0.524|    -0.197|      0.130|
## |as.factor(CNTY)53                       |    -0.074|     0.180|     -0.428|    -0.074|      0.280|
## |as.factor(CNTY)54                       |    -0.007|     0.180|     -0.361|    -0.007|      0.346|
## |as.factor(CNTY)55                       |    -0.029|     0.162|     -0.346|    -0.029|      0.289|
## |as.factor(CNTY)56                       |    -0.126|     0.155|     -0.430|    -0.126|      0.178|
## |as.factor(CNTY)57                       |    -0.110|     0.156|     -0.416|    -0.110|      0.197|
## |as.factor(CNTY)58                       |    -0.031|     0.167|     -0.358|    -0.031|      0.296|
## |as.factor(CNTY)59                       |    -0.131|     0.168|     -0.460|    -0.131|      0.199|
## |as.factor(CNTY)60                       |    -0.021|     0.157|     -0.328|    -0.021|      0.286|
## |as.factor(CNTY)61                       |    -0.123|     0.156|     -0.429|    -0.123|      0.182|
## |as.factor(CNTY)62                       |    -0.031|     0.158|     -0.340|    -0.031|      0.278|
## |as.factor(CNTY)63                       |    -0.109|     0.155|     -0.412|    -0.109|      0.195|
## |as.factor(CNTY)64                       |    -0.104|     0.157|     -0.412|    -0.104|      0.204|
## |as.factor(CNTY)65                       |     0.000|     0.192|     -0.377|     0.000|      0.376|
## |as.factor(CNTY)66                       |    -0.038|     0.158|     -0.349|    -0.038|      0.272|
## |as.factor(CNTY)67                       |    -0.125|     0.161|     -0.440|    -0.125|      0.190|
## |as.factor(CNTY)68                       |    -0.171|     0.163|     -0.492|    -0.171|      0.149|
## |as.factor(CNTY)69                       |    -0.017|     0.154|     -0.320|    -0.017|      0.285|
## |as.factor(CNTY)70                       |    -0.215|     0.160|     -0.530|    -0.215|      0.099|
## |as.factor(CNTY)71                       |    -0.104|     0.155|     -0.407|    -0.104|      0.200|
## |as.factor(CNTY)72                       |    -0.111|     0.156|     -0.416|    -0.111|      0.195|
## |as.factor(CNTY)73                       |    -0.122|     0.156|     -0.429|    -0.122|      0.185|
## |as.factor(CNTY)74                       |    -0.072|     0.155|     -0.376|    -0.072|      0.231|
## |as.factor(CNTY)75                       |    -0.147|     0.167|     -0.474|    -0.147|      0.180|
## |as.factor(CNTY)76                       |    -0.110|     0.159|     -0.422|    -0.110|      0.201|
## |as.factor(CNTY)77                       |    -0.092|     0.156|     -0.398|    -0.093|      0.213|
## |as.factor(CNTY)78                       |    -0.121|     0.155|     -0.426|    -0.121|      0.184|
## |as.factor(CNTY)79                       |    -0.090|     0.166|     -0.417|    -0.090|      0.236|
## |as.factor(CNTY)80                       |    -0.075|     0.165|     -0.399|    -0.075|      0.248|
## |as.factor(CNTY)81                       |    -0.176|     0.158|     -0.487|    -0.176|      0.135|
## |as.factor(CNTY)82                       |    -0.194|     0.162|     -0.513|    -0.194|      0.125|
## |as.factor(CNTY)83                       |    -0.125|     0.162|     -0.443|    -0.125|      0.193|
## |as.factor(CNTY)84                       |    -0.128|     0.155|     -0.432|    -0.128|      0.176|
## |as.factor(CNTY)85                       |    -0.094|     0.167|     -0.422|    -0.094|      0.233|
## |as.factor(CNTY)86                       |    -0.072|     0.155|     -0.376|    -0.072|      0.232|
## |as.factor(CNTY)87                       |    -0.113|     0.161|     -0.429|    -0.113|      0.202|
## |as.factor(CNTY)88                       |    -0.040|     0.153|     -0.339|    -0.040|      0.260|
## |as.factor(CNTY)89                       |    -0.029|     0.180|     -0.384|    -0.029|      0.325|
## |as.factor(CNTY)90                       |    -0.060|     0.155|     -0.364|    -0.060|      0.245|
## |as.factor(CNTY)91                       |    -0.125|     0.155|     -0.430|    -0.125|      0.180|
## |as.factor(CNTY)92                       |    -0.058|     0.166|     -0.384|    -0.058|      0.267|
## |as.factor(CNTY)93                       |    -0.072|     0.182|     -0.429|    -0.072|      0.284|
## |as.factor(CNTY)94                       |    -0.074|     0.158|     -0.384|    -0.074|      0.235|
## |as.factor(CNTY)95                       |    -0.085|     0.155|     -0.389|    -0.085|      0.219|
## |as.factor(CNTY)96                       |    -0.038|     0.179|     -0.389|    -0.038|      0.313|
## |as.factor(CNTY)97                       |    -0.211|     0.172|     -0.549|    -0.211|      0.127|
## |as.factor(CNTY)98                       |     0.002|     0.166|     -0.324|     0.002|      0.327|
## |as.factor(CNTY)99                       |    -0.098|     0.168|     -0.428|    -0.098|      0.231|
## |as.factor(CNTY)100                      |    -0.144|     0.163|     -0.465|    -0.144|      0.176|
## |as.factor(CNTY)101                      |    -0.072|     0.161|     -0.388|    -0.072|      0.243|
## |as.factor(CNTY)102                      |    -0.054|     0.155|     -0.359|    -0.054|      0.250|
## |as.factor(CNTY)103                      |    -0.008|     0.160|     -0.322|    -0.008|      0.306|
## |Precision for the Gaussian observations |    20.139|     1.161|     17.945|    20.108|     22.513|
## |Precision for dVol                      |   264.145|   296.785|     36.242|   175.422|   1029.598|
## |Precision for dTP                       |   440.028|   460.135|     64.869|   303.420|   1642.026|
## |Precision for dGDD                      |    36.035|    17.428|     12.858|    32.551|     79.761|
## |Precision for dSDD                      |    57.586|    26.716|     21.620|    52.339|    124.402|
## |Precision for dfert                     |  4488.961| 18184.445|    111.983|  1216.329|  28648.181|
## |Precision for dherb                     |  9348.740| 81075.242|    118.306|  1418.119|  61288.379|
## |Precision for YEAR.id                   |    17.813|     8.796|      5.798|    16.196|     39.529|
## |Precision for YEAR.id2                  | 18169.299| 18260.171|   1239.695| 12755.231|  66251.955|
## |Precision for dSIDI                     |   622.374|   633.973|     94.118|   434.914|   2277.807|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|       CPO|      MSE|        R2|
## |--------:|---------:|--------:|---------:|
## | 41.70348| -30.78576| 0.032626| 0.5047227|
        plot.smootheffect(name, var="dSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Change in Diversity BYM

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_dyield_dSIDI_bym0907'
controls=c('dVol','dTP','dGDD','dSDD','dfert','dherb')

 f1<-build.formula.bym.change1.nlnc(independent = 'dSIDI', crop='wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
 m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)
 
 model.results.change(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |      mean|        sd| 0.025quant|  0.5quant| 0.975quant|
## |:---------------------------------------|---------:|---------:|----------:|---------:|----------:|
## |1                                       |     0.011|     0.085|     -0.160|     0.011|      0.182|
## |Precision for the Gaussian observations |    21.671|     1.133|     19.473|    21.669|     23.917|
## |Precision for dVol                      |   243.569|   238.564|     38.617|   173.516|    873.322|
## |Precision for dTP                       |   804.664|  1016.319|     93.481|   500.811|   3374.189|
## |Precision for dGDD                      |    42.605|    19.494|     14.696|    39.410|     89.399|
## |Precision for dSDD                      |    63.560|    28.725|     24.033|    58.209|    134.280|
## |Precision for dfert                     |  5505.362| 20027.778|    142.561|  1608.032|  34570.140|
## |Precision for dherb                     |  5410.728| 27178.964|    111.487|  1246.075|  35437.349|
## |Precision for CNTY                      | 26818.720| 80388.810|    993.157|  9223.229| 163946.759|
## |Phi for CNTY                            |     0.309|     0.239|      0.012|     0.256|      0.837|
## |Precision for YEAR.id                   |    17.649|     9.148|      6.023|    15.664|     40.932|
## |Precision for YEAR.id2                  | 18074.668| 18927.535|   1256.163| 12416.789|  68667.414|
## |Precision for dSIDI                     |   624.235|   629.495|     92.524|   438.696|   2282.211|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -115.5857| 56.18556| 0.0348741| 0.4766782|
        plot.smootheffect(name, var="dSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="dfert")

        plot.smootheffect(name, var="dherb")

        plot.smootheffect(name, var="dVol")

        plot.smootheffect(name, var="dTP")

        plot.smootheffect(name, var="dGDD")

        plot.smootheffect(name, var="dSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Wheat Variation in Yield Models

Average Diversity and CV of Climate Vars and FE

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_covyield_aveSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.fe.cov1.nlnc(independent='aveSIDI3yr', 'wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|          sd| 0.025quant|   0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|-----------:|----------:|----------:|-----------:|
## |(Intercept)                             |      0.032|       0.016|      0.001|      0.032|       0.063|
## |as.factor(CNTY)2                        |      0.018|       0.018|     -0.017|      0.018|       0.053|
## |as.factor(CNTY)3                        |      0.039|       0.018|      0.003|      0.039|       0.075|
## |as.factor(CNTY)4                        |      0.020|       0.025|     -0.030|      0.020|       0.068|
## |as.factor(CNTY)5                        |      0.010|       0.020|     -0.029|      0.010|       0.049|
## |as.factor(CNTY)6                        |      0.013|       0.018|     -0.023|      0.013|       0.049|
## |as.factor(CNTY)7                        |      0.018|       0.018|     -0.017|      0.018|       0.053|
## |as.factor(CNTY)8                        |     -0.004|       0.021|     -0.045|     -0.003|       0.037|
## |as.factor(CNTY)9                        |     -0.027|       0.028|     -0.083|     -0.027|       0.027|
## |as.factor(CNTY)10                       |     -0.009|       0.024|     -0.056|     -0.009|       0.037|
## |as.factor(CNTY)11                       |      0.010|       0.019|     -0.027|      0.010|       0.047|
## |as.factor(CNTY)12                       |      0.021|       0.019|     -0.016|      0.021|       0.059|
## |as.factor(CNTY)13                       |      0.005|       0.025|     -0.043|      0.006|       0.053|
## |as.factor(CNTY)14                       |      0.010|       0.019|     -0.027|      0.010|       0.047|
## |as.factor(CNTY)15                       |      0.028|       0.019|     -0.010|      0.028|       0.066|
## |as.factor(CNTY)16                       |      0.009|       0.021|     -0.033|      0.009|       0.050|
## |as.factor(CNTY)17                       |      0.018|       0.025|     -0.031|      0.018|       0.066|
## |as.factor(CNTY)18                       |      0.006|       0.020|     -0.033|      0.006|       0.046|
## |as.factor(CNTY)19                       |      0.025|       0.019|     -0.012|      0.025|       0.062|
## |as.factor(CNTY)20                       |      0.040|       0.018|      0.004|      0.040|       0.075|
## |as.factor(CNTY)21                       |      0.026|       0.018|     -0.010|      0.026|       0.062|
## |as.factor(CNTY)22                       |      0.026|       0.018|     -0.010|      0.026|       0.061|
## |as.factor(CNTY)23                       |      0.017|       0.020|     -0.022|      0.017|       0.055|
## |as.factor(CNTY)24                       |      0.004|       0.027|     -0.049|      0.005|       0.056|
## |as.factor(CNTY)25                       |      0.017|       0.019|     -0.021|      0.017|       0.055|
## |as.factor(CNTY)26                       |     -0.022|       0.020|     -0.061|     -0.022|       0.017|
## |as.factor(CNTY)27                       |      0.044|       0.020|      0.004|      0.044|       0.083|
## |as.factor(CNTY)28                       |      0.050|       0.019|      0.013|      0.050|       0.086|
## |as.factor(CNTY)29                       |      0.011|       0.018|     -0.024|      0.011|       0.047|
## |as.factor(CNTY)30                       |      0.004|       0.018|     -0.032|      0.004|       0.040|
## |as.factor(CNTY)31                       |      0.028|       0.019|     -0.009|      0.028|       0.065|
## |as.factor(CNTY)32                       |      0.008|       0.021|     -0.034|      0.008|       0.050|
## |as.factor(CNTY)33                       |      0.044|       0.019|      0.006|      0.044|       0.082|
## |as.factor(CNTY)34                       |      0.049|       0.020|      0.010|      0.049|       0.088|
## |as.factor(CNTY)35                       |      0.088|       0.019|      0.051|      0.088|       0.124|
## |as.factor(CNTY)36                       |     -0.034|       0.029|     -0.092|     -0.034|       0.022|
## |as.factor(CNTY)37                       |      0.105|       0.019|      0.067|      0.105|       0.142|
## |as.factor(CNTY)38                       |      0.053|       0.019|      0.015|      0.053|       0.090|
## |as.factor(CNTY)39                       |      0.036|       0.021|     -0.005|      0.036|       0.078|
## |as.factor(CNTY)40                       |      0.028|       0.022|     -0.015|      0.028|       0.071|
## |as.factor(CNTY)41                       |      0.021|       0.020|     -0.018|      0.021|       0.060|
## |as.factor(CNTY)42                       |     -0.005|       0.019|     -0.042|     -0.005|       0.033|
## |as.factor(CNTY)43                       |      0.029|       0.018|     -0.007|      0.029|       0.065|
## |as.factor(CNTY)44                       |      0.015|       0.018|     -0.020|      0.016|       0.051|
## |as.factor(CNTY)45                       |      0.027|       0.020|     -0.011|      0.027|       0.065|
## |as.factor(CNTY)46                       |      0.052|       0.020|      0.013|      0.052|       0.091|
## |as.factor(CNTY)47                       |      0.025|       0.019|     -0.013|      0.025|       0.062|
## |as.factor(CNTY)48                       |     -0.006|       0.022|     -0.049|     -0.006|       0.036|
## |as.factor(CNTY)49                       |      0.024|       0.018|     -0.011|      0.024|       0.059|
## |as.factor(CNTY)50                       |      0.054|       0.019|      0.017|      0.054|       0.091|
## |as.factor(CNTY)51                       |      0.020|       0.018|     -0.015|      0.020|       0.055|
## |as.factor(CNTY)52                       |      0.007|       0.020|     -0.031|      0.007|       0.046|
## |as.factor(CNTY)53                       |      0.038|       0.019|      0.002|      0.039|       0.075|
## |as.factor(CNTY)54                       |      0.046|       0.022|      0.004|      0.046|       0.088|
## |as.factor(CNTY)55                       |     -0.014|       0.021|     -0.056|     -0.014|       0.027|
## |as.factor(CNTY)56                       |      0.026|       0.019|     -0.011|      0.026|       0.062|
## |as.factor(CNTY)57                       |      0.035|       0.018|      0.000|      0.035|       0.070|
## |as.factor(CNTY)58                       |      0.015|       0.020|     -0.023|      0.015|       0.054|
## |as.factor(CNTY)59                       |      0.041|       0.020|      0.002|      0.041|       0.080|
## |as.factor(CNTY)60                       |      0.013|       0.018|     -0.022|      0.013|       0.048|
## |as.factor(CNTY)61                       |      0.014|       0.018|     -0.022|      0.014|       0.050|
## |as.factor(CNTY)62                       |      0.019|       0.018|     -0.017|      0.019|       0.054|
## |as.factor(CNTY)63                       |     -0.001|       0.021|     -0.042|     -0.001|       0.039|
## |as.factor(CNTY)64                       |      0.085|       0.019|      0.047|      0.085|       0.122|
## |as.factor(CNTY)65                       |      0.020|       0.020|     -0.020|      0.020|       0.060|
## |as.factor(CNTY)66                       |      0.037|       0.018|      0.002|      0.037|       0.072|
## |as.factor(CNTY)67                       |      0.027|       0.019|     -0.010|      0.027|       0.064|
## |as.factor(CNTY)68                       |      0.030|       0.019|     -0.007|      0.031|       0.068|
## |as.factor(CNTY)69                       |      0.007|       0.018|     -0.029|      0.007|       0.043|
## |as.factor(CNTY)70                       |      0.009|       0.019|     -0.027|      0.010|       0.046|
## |as.factor(CNTY)71                       |      0.019|       0.018|     -0.017|      0.019|       0.054|
## |as.factor(CNTY)72                       |      0.031|       0.020|     -0.008|      0.031|       0.069|
## |as.factor(CNTY)73                       |      0.033|       0.019|     -0.003|      0.033|       0.070|
## |as.factor(CNTY)74                       |     -0.003|       0.019|     -0.042|     -0.003|       0.034|
## |as.factor(CNTY)75                       |      0.016|       0.019|     -0.022|      0.016|       0.054|
## |as.factor(CNTY)76                       |      0.053|       0.018|      0.016|      0.053|       0.089|
## |as.factor(CNTY)77                       |      0.028|       0.018|     -0.008|      0.028|       0.064|
## |as.factor(CNTY)78                       |      0.028|       0.019|     -0.010|      0.028|       0.066|
## |as.factor(CNTY)79                       |     -0.008|       0.019|     -0.046|     -0.008|       0.030|
## |as.factor(CNTY)80                       |     -0.016|       0.020|     -0.054|     -0.016|       0.023|
## |as.factor(CNTY)81                       |      0.000|       0.019|     -0.037|      0.000|       0.036|
## |as.factor(CNTY)82                       |      0.041|       0.019|      0.003|      0.041|       0.078|
## |as.factor(CNTY)83                       |     -0.010|       0.020|     -0.050|     -0.010|       0.030|
## |as.factor(CNTY)84                       |      0.021|       0.018|     -0.015|      0.021|       0.056|
## |as.factor(CNTY)85                       |      0.029|       0.020|     -0.011|      0.029|       0.068|
## |as.factor(CNTY)86                       |      0.044|       0.021|      0.003|      0.044|       0.085|
## |as.factor(CNTY)87                       |      0.047|       0.019|      0.010|      0.047|       0.085|
## |as.factor(CNTY)88                       |      0.022|       0.018|     -0.012|      0.022|       0.057|
## |as.factor(CNTY)89                       |      0.051|       0.021|      0.009|      0.051|       0.093|
## |as.factor(CNTY)90                       |      0.045|       0.019|      0.008|      0.045|       0.081|
## |as.factor(CNTY)91                       |      0.032|       0.018|     -0.003|      0.032|       0.068|
## |as.factor(CNTY)92                       |      0.018|       0.020|     -0.021|      0.018|       0.056|
## |as.factor(CNTY)93                       |      0.039|       0.022|     -0.004|      0.039|       0.082|
## |as.factor(CNTY)94                       |      0.029|       0.019|     -0.009|      0.029|       0.066|
## |as.factor(CNTY)95                       |      0.059|       0.018|      0.023|      0.059|       0.095|
## |as.factor(CNTY)96                       |      0.014|       0.022|     -0.028|      0.015|       0.057|
## |as.factor(CNTY)97                       |      0.037|       0.020|     -0.002|      0.037|       0.075|
## |as.factor(CNTY)98                       |     -0.017|       0.025|     -0.066|     -0.017|       0.031|
## |as.factor(CNTY)99                       |      0.022|       0.020|     -0.016|      0.022|       0.060|
## |as.factor(CNTY)100                      |      0.025|       0.018|     -0.011|      0.025|       0.061|
## |as.factor(CNTY)101                      |      0.056|       0.019|      0.018|      0.056|       0.094|
## |as.factor(CNTY)102                      |      0.028|       0.017|     -0.007|      0.028|       0.062|
## |as.factor(CNTY)103                      |      0.006|       0.020|     -0.034|      0.006|       0.045|
## |Precision for the Gaussian observations |   1375.818|      79.669|   1223.821|   1374.283|    1537.420|
## |Precision for covVol                    | 373958.965| 3605771.650|   2487.510|  48320.399| 2452376.696|
## |Precision for covTP                     | 587238.554| 2482487.619|  13814.782| 153973.241| 3780104.641|
## |Precision for covGDD                    |   8914.702|    7111.967|   2098.745|   6892.763|   27648.453|
## |Precision for covSDD                    |  22073.516|   19603.597|   4170.708|  16417.257|   73768.871|
## |Precision for covfert                   | 283240.160| 1386528.135|   5861.011|  66394.570| 1844707.670|
## |Precision for covherb                   |  43125.884|   84279.314|   3679.882|  20550.752|  221755.685|
## |Precision for YEAR.id                   |  19400.729|   15550.072|   3755.012|  15137.219|   60957.718|
## |Precision for YEAR.id2                  |  19400.504|   15549.698|   3755.003|  15137.125|   60956.307|
## |Precision for aveSIDI3yr                |   5979.602|    4014.434|   1480.720|   4968.064|   16467.248|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|       R2|
## |---------:|--------:|---------:|--------:|
## | -3266.661| 1624.343| 0.0004742| 0.463457|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average Diversity and CV of Climate Vars and BYM

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_covyield_aveSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.bym.cov1.nlnc(independent='aveSIDI3yr', 'wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|          sd| 0.025quant|   0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|-----------:|----------:|----------:|-----------:|
## |1                                       |      0.054|       0.005|      0.045|      0.054|       0.064|
## |Precision for the Gaussian observations |   1370.720|      77.503|   1223.243|   1369.041|    1528.402|
## |Precision for covVol                    |  75735.255|  212165.002|   1783.843|  26097.177|  460607.983|
## |Precision for covTP                     | 927026.748| 3337306.793|  17833.921| 264402.835| 5925807.865|
## |Precision for covGDD                    |   6900.192|    4700.959|   1826.916|   5663.838|   19265.638|
## |Precision for covSDD                    |  12095.969|    8083.542|   2963.286|  10079.057|   33239.828|
## |Precision for covfert                   | 145104.520|  409585.061|   3806.572|  50212.398|  881521.947|
## |Precision for covherb                   |  62204.944|  132375.845|   4771.159|  27973.932|  332001.746|
## |Precision for CNTY                      |   6544.536|    1830.506|   3699.570|   6294.237|   10820.161|
## |Phi for CNTY                            |      0.877|       0.119|      0.550|      0.915|       0.995|
## |Precision for YEAR.id                   |  15733.446|   10956.954|   3661.056|  12901.437|   44979.570|
## |Precision for YEAR.id2                  |  15733.196|   10956.802|   3661.207|  12901.153|   44980.612|
## |Precision for aveSIDI3yr                |  48237.471|   70663.247|   4780.023|  27483.223|  219975.193|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -3320.295| 1655.948| 0.0005184| 0.3514865|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

CV Diversity and CV of Climate Vars and FE

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_covyield_covSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.fe.cov1.nlnc(independent='covSIDI', 'wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |       mean|          sd| 0.025quant|   0.5quant|  0.975quant|
## |:---------------------------------------|----------:|-----------:|----------:|----------:|-----------:|
## |(Intercept)                             |      0.021|       0.016|     -0.010|      0.021|       0.052|
## |as.factor(CNTY)2                        |      0.020|       0.018|     -0.015|      0.020|       0.056|
## |as.factor(CNTY)3                        |      0.041|       0.018|      0.005|      0.041|       0.077|
## |as.factor(CNTY)4                        |      0.060|       0.019|      0.022|      0.060|       0.098|
## |as.factor(CNTY)5                        |      0.011|       0.019|     -0.025|      0.012|       0.048|
## |as.factor(CNTY)6                        |      0.042|       0.017|      0.008|      0.042|       0.076|
## |as.factor(CNTY)7                        |      0.018|       0.018|     -0.017|      0.018|       0.053|
## |as.factor(CNTY)8                        |      0.031|       0.018|     -0.005|      0.031|       0.067|
## |as.factor(CNTY)9                        |      0.008|       0.018|     -0.027|      0.008|       0.043|
## |as.factor(CNTY)10                       |      0.038|       0.018|      0.003|      0.038|       0.072|
## |as.factor(CNTY)11                       |      0.006|       0.018|     -0.030|      0.006|       0.042|
## |as.factor(CNTY)12                       |      0.033|       0.019|     -0.004|      0.034|       0.070|
## |as.factor(CNTY)13                       |      0.048|       0.019|      0.011|      0.048|       0.085|
## |as.factor(CNTY)14                       |      0.007|       0.019|     -0.029|      0.007|       0.044|
## |as.factor(CNTY)15                       |      0.025|       0.019|     -0.013|      0.025|       0.063|
## |as.factor(CNTY)16                       |      0.026|       0.021|     -0.014|      0.026|       0.067|
## |as.factor(CNTY)17                       |      0.060|       0.019|      0.023|      0.060|       0.096|
## |as.factor(CNTY)18                       |      0.033|       0.018|     -0.002|      0.033|       0.069|
## |as.factor(CNTY)19                       |      0.026|       0.019|     -0.012|      0.026|       0.063|
## |as.factor(CNTY)20                       |      0.039|       0.018|      0.003|      0.039|       0.075|
## |as.factor(CNTY)21                       |      0.021|       0.018|     -0.014|      0.021|       0.057|
## |as.factor(CNTY)22                       |      0.026|       0.018|     -0.009|      0.026|       0.062|
## |as.factor(CNTY)23                       |      0.019|       0.019|     -0.019|      0.019|       0.055|
## |as.factor(CNTY)24                       |      0.044|       0.018|      0.009|      0.044|       0.079|
## |as.factor(CNTY)25                       |      0.039|       0.019|      0.002|      0.039|       0.075|
## |as.factor(CNTY)26                       |      0.006|       0.019|     -0.030|      0.006|       0.043|
## |as.factor(CNTY)27                       |      0.048|       0.019|      0.010|      0.048|       0.086|
## |as.factor(CNTY)28                       |      0.053|       0.019|      0.016|      0.053|       0.089|
## |as.factor(CNTY)29                       |      0.012|       0.018|     -0.023|      0.012|       0.048|
## |as.factor(CNTY)30                       |      0.015|       0.018|     -0.020|      0.015|       0.051|
## |as.factor(CNTY)31                       |      0.040|       0.019|      0.003|      0.040|       0.077|
## |as.factor(CNTY)32                       |      0.022|       0.021|     -0.020|      0.022|       0.063|
## |as.factor(CNTY)33                       |      0.047|       0.019|      0.010|      0.047|       0.083|
## |as.factor(CNTY)34                       |      0.054|       0.019|      0.016|      0.054|       0.091|
## |as.factor(CNTY)35                       |      0.080|       0.019|      0.043|      0.080|       0.116|
## |as.factor(CNTY)36                       |      0.009|       0.019|     -0.029|      0.009|       0.047|
## |as.factor(CNTY)37                       |      0.103|       0.019|      0.066|      0.103|       0.139|
## |as.factor(CNTY)38                       |      0.076|       0.019|      0.040|      0.076|       0.113|
## |as.factor(CNTY)39                       |      0.033|       0.018|     -0.003|      0.033|       0.069|
## |as.factor(CNTY)40                       |      0.029|       0.021|     -0.012|      0.029|       0.070|
## |as.factor(CNTY)41                       |      0.039|       0.020|      0.000|      0.039|       0.077|
## |as.factor(CNTY)42                       |      0.019|       0.018|     -0.017|      0.019|       0.054|
## |as.factor(CNTY)43                       |      0.031|       0.019|     -0.006|      0.031|       0.068|
## |as.factor(CNTY)44                       |      0.012|       0.018|     -0.024|      0.012|       0.048|
## |as.factor(CNTY)45                       |      0.024|       0.018|     -0.012|      0.024|       0.059|
## |as.factor(CNTY)46                       |      0.056|       0.019|      0.018|      0.056|       0.093|
## |as.factor(CNTY)47                       |      0.045|       0.018|      0.008|      0.045|       0.081|
## |as.factor(CNTY)48                       |      0.025|       0.020|     -0.015|      0.025|       0.064|
## |as.factor(CNTY)49                       |      0.034|       0.018|     -0.001|      0.034|       0.069|
## |as.factor(CNTY)50                       |      0.057|       0.019|      0.019|      0.057|       0.093|
## |as.factor(CNTY)51                       |      0.016|       0.018|     -0.019|      0.016|       0.050|
## |as.factor(CNTY)52                       |      0.022|       0.019|     -0.015|      0.022|       0.060|
## |as.factor(CNTY)53                       |      0.041|       0.019|      0.004|      0.041|       0.078|
## |as.factor(CNTY)54                       |      0.055|       0.021|      0.013|      0.055|       0.097|
## |as.factor(CNTY)55                       |      0.023|       0.018|     -0.013|      0.023|       0.058|
## |as.factor(CNTY)56                       |      0.026|       0.018|     -0.009|      0.026|       0.062|
## |as.factor(CNTY)57                       |      0.029|       0.018|     -0.007|      0.029|       0.064|
## |as.factor(CNTY)58                       |      0.015|       0.019|     -0.024|      0.015|       0.053|
## |as.factor(CNTY)59                       |      0.067|       0.019|      0.029|      0.067|       0.104|
## |as.factor(CNTY)60                       |      0.024|       0.018|     -0.010|      0.024|       0.059|
## |as.factor(CNTY)61                       |      0.013|       0.018|     -0.023|      0.013|       0.049|
## |as.factor(CNTY)62                       |      0.028|       0.018|     -0.007|      0.028|       0.063|
## |as.factor(CNTY)63                       |      0.037|       0.018|      0.002|      0.037|       0.072|
## |as.factor(CNTY)64                       |      0.083|       0.019|      0.046|      0.083|       0.119|
## |as.factor(CNTY)65                       |      0.020|       0.020|     -0.021|      0.020|       0.060|
## |as.factor(CNTY)66                       |      0.047|       0.018|      0.012|      0.047|       0.081|
## |as.factor(CNTY)67                       |      0.045|       0.019|      0.009|      0.045|       0.082|
## |as.factor(CNTY)68                       |      0.040|       0.019|      0.003|      0.040|       0.077|
## |as.factor(CNTY)69                       |      0.027|       0.018|     -0.008|      0.027|       0.061|
## |as.factor(CNTY)70                       |      0.019|       0.018|     -0.017|      0.019|       0.055|
## |as.factor(CNTY)71                       |      0.023|       0.018|     -0.012|      0.023|       0.059|
## |as.factor(CNTY)72                       |      0.033|       0.019|     -0.003|      0.034|       0.070|
## |as.factor(CNTY)73                       |      0.043|       0.018|      0.007|      0.043|       0.078|
## |as.factor(CNTY)74                       |      0.025|       0.018|     -0.011|      0.025|       0.060|
## |as.factor(CNTY)75                       |      0.013|       0.019|     -0.025|      0.013|       0.051|
## |as.factor(CNTY)76                       |      0.054|       0.018|      0.018|      0.054|       0.090|
## |as.factor(CNTY)77                       |      0.026|       0.018|     -0.010|      0.026|       0.061|
## |as.factor(CNTY)78                       |      0.028|       0.018|     -0.008|      0.028|       0.064|
## |as.factor(CNTY)79                       |     -0.006|       0.019|     -0.044|     -0.006|       0.031|
## |as.factor(CNTY)80                       |     -0.001|       0.019|     -0.038|      0.000|       0.037|
## |as.factor(CNTY)81                       |      0.012|       0.019|     -0.024|      0.012|       0.049|
## |as.factor(CNTY)82                       |      0.037|       0.019|     -0.001|      0.037|       0.074|
## |as.factor(CNTY)83                       |      0.022|       0.018|     -0.013|      0.022|       0.058|
## |as.factor(CNTY)84                       |      0.019|       0.018|     -0.016|      0.019|       0.055|
## |as.factor(CNTY)85                       |      0.031|       0.020|     -0.008|      0.031|       0.070|
## |as.factor(CNTY)86                       |      0.042|       0.018|      0.006|      0.042|       0.078|
## |as.factor(CNTY)87                       |      0.046|       0.019|      0.009|      0.046|       0.084|
## |as.factor(CNTY)88                       |      0.022|       0.018|     -0.013|      0.022|       0.057|
## |as.factor(CNTY)89                       |      0.048|       0.021|      0.006|      0.048|       0.090|
## |as.factor(CNTY)90                       |      0.045|       0.018|      0.009|      0.045|       0.081|
## |as.factor(CNTY)91                       |      0.027|       0.018|     -0.008|      0.027|       0.063|
## |as.factor(CNTY)92                       |      0.020|       0.019|     -0.018|      0.020|       0.058|
## |as.factor(CNTY)93                       |      0.037|       0.021|     -0.006|      0.037|       0.079|
## |as.factor(CNTY)94                       |      0.031|       0.019|     -0.006|      0.031|       0.068|
## |as.factor(CNTY)95                       |      0.056|       0.018|      0.020|      0.056|       0.092|
## |as.factor(CNTY)96                       |      0.015|       0.021|     -0.027|      0.015|       0.056|
## |as.factor(CNTY)97                       |      0.049|       0.019|      0.011|      0.049|       0.087|
## |as.factor(CNTY)98                       |      0.030|       0.019|     -0.008|      0.030|       0.067|
## |as.factor(CNTY)99                       |      0.039|       0.019|      0.001|      0.039|       0.076|
## |as.factor(CNTY)100                      |      0.021|       0.019|     -0.015|      0.021|       0.057|
## |as.factor(CNTY)101                      |      0.057|       0.019|      0.020|      0.057|       0.095|
## |as.factor(CNTY)102                      |      0.029|       0.018|     -0.005|      0.029|       0.064|
## |as.factor(CNTY)103                      |      0.038|       0.018|      0.003|      0.038|       0.074|
## |Precision for the Gaussian observations |   1361.076|      78.663|   1211.649|   1359.278|    1521.367|
## |Precision for covVol                    | 269829.815| 1974738.797|   2241.465|  43055.805| 1816735.080|
## |Precision for covTP                     | 671978.834| 3113217.091|  13861.010| 163462.621| 4380859.888|
## |Precision for covGDD                    |   8334.878|    5978.950|   2017.363|   6742.184|   24119.927|
## |Precision for covSDD                    |  14469.921|   10524.711|   3245.764|  11701.518|   42167.978|
## |Precision for covfert                   | 352240.794| 2054591.200|   5450.827|  71145.340| 2339062.299|
## |Precision for covherb                   |  43136.237|   80700.055|   3627.070|  21105.420|  219442.889|
## |Precision for YEAR.id                   |  24979.519|   20993.996|   4496.044|  19124.266|   80276.982|
## |Precision for YEAR.id2                  |  24979.527|   20993.988|   4496.035|  19124.281|   80277.043|
## |Precision for covSIDI                   |  23494.709|   22355.763|   3946.873|  16959.083|   82118.002|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |      DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |--------:|--------:|---------:|---------:|
## | -3261.65| 1621.668| 0.0004804| 0.4606405|
        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

CV Diversity and CV of Climate Vars and BYM

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_covyield_covSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb')

f1<-build.formula.bym.cov1.nlnc(independent='covSIDI', 'wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |        mean|           sd| 0.025quant|   0.5quant|   0.975quant|
## |:---------------------------------------|-----------:|------------:|----------:|----------:|------------:|
## |1                                       |       0.054|        0.004|      0.046|      0.054|        0.063|
## |Precision for the Gaussian observations |    1380.086|       77.965|   1231.251|   1378.605|     1538.167|
## |Precision for covVol                    |  168561.165|   870174.697|   1955.501|  35587.045|  1125220.083|
## |Precision for covTP                     | 2198732.406| 16225368.572|  24930.706| 365151.289| 14610797.688|
## |Precision for covGDD                    |    6941.791|     4638.309|   1852.864|   5740.549|    19142.736|
## |Precision for covSDD                    |   12120.806|     8122.128|   3034.785|  10069.457|    33361.075|
## |Precision for covfert                   |  193203.247|   663592.192|   5496.393|  59189.262|  1198674.223|
## |Precision for covherb                   |   53147.843|   103831.433|   4454.810|  25311.402|   274113.704|
## |Precision for CNTY                      |    6616.423|     1824.715|   3794.705|   6357.958|    10908.581|
## |Phi for CNTY                            |       0.884|        0.112|      0.578|      0.920|        0.995|
## |Precision for YEAR.id                   |   22264.534|    18354.781|   4084.866|  17186.355|    70752.080|
## |Precision for YEAR.id2                  |   22264.895|    18355.011|   4084.850|  17186.683|    70753.438|
## |Precision for covSIDI                   |   25138.755|    22575.464|   4181.324|  18691.123|    84579.831|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -3325.076| 1658.154| 0.0005128| 0.3568984|
        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average and CV of Diversity and Average and CV of Climate Vars and FE

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_covyield_aveSIDIcovSIDI_fe0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb','aveVol3yr','aveTP3yr','aveGDD3yr','aveSDD3yr','avefert3yr','aveherb3yr')

# f1<-build.formula.fe.cov4.nlnc(independent=c('aveSIDI3yr', 'covSIDI'), 'wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
# m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |        mean|           sd| 0.025quant|   0.5quant|   0.975quant|
## |:---------------------------------------|-----------:|------------:|----------:|----------:|------------:|
## |(Intercept)                             |       0.047|        0.017|      0.013|      0.047|        0.081|
## |as.factor(CNTY)2                        |       0.010|        0.018|     -0.026|      0.010|        0.045|
## |as.factor(CNTY)3                        |       0.030|        0.019|     -0.007|      0.030|        0.068|
## |as.factor(CNTY)4                        |       0.002|        0.028|     -0.052|      0.002|        0.056|
## |as.factor(CNTY)5                        |      -0.017|        0.023|     -0.063|     -0.017|        0.029|
## |as.factor(CNTY)6                        |       0.026|        0.020|     -0.013|      0.026|        0.065|
## |as.factor(CNTY)7                        |       0.011|        0.019|     -0.026|      0.011|        0.048|
## |as.factor(CNTY)8                        |      -0.002|        0.022|     -0.045|     -0.002|        0.042|
## |as.factor(CNTY)9                        |      -0.013|        0.030|     -0.071|     -0.013|        0.045|
## |as.factor(CNTY)10                       |       0.007|        0.024|     -0.042|      0.007|        0.055|
## |as.factor(CNTY)11                       |       0.004|        0.019|     -0.033|      0.004|        0.042|
## |as.factor(CNTY)12                       |      -0.009|        0.023|     -0.055|     -0.009|        0.036|
## |as.factor(CNTY)13                       |      -0.015|        0.028|     -0.071|     -0.015|        0.040|
## |as.factor(CNTY)14                       |      -0.010|        0.021|     -0.052|     -0.010|        0.032|
## |as.factor(CNTY)15                       |       0.012|        0.021|     -0.030|      0.012|        0.054|
## |as.factor(CNTY)16                       |       0.002|        0.021|     -0.039|      0.002|        0.043|
## |as.factor(CNTY)17                       |      -0.013|        0.028|     -0.068|     -0.013|        0.042|
## |as.factor(CNTY)18                       |      -0.001|        0.021|     -0.042|     -0.001|        0.039|
## |as.factor(CNTY)19                       |       0.014|        0.019|     -0.023|      0.014|        0.052|
## |as.factor(CNTY)20                       |       0.009|        0.022|     -0.034|      0.009|        0.053|
## |as.factor(CNTY)21                       |       0.002|        0.020|     -0.036|      0.002|        0.041|
## |as.factor(CNTY)22                       |       0.017|        0.019|     -0.021|      0.017|        0.055|
## |as.factor(CNTY)23                       |      -0.004|        0.025|     -0.053|     -0.004|        0.044|
## |as.factor(CNTY)24                       |       0.020|        0.027|     -0.034|      0.020|        0.074|
## |as.factor(CNTY)25                       |      -0.006|        0.023|     -0.051|     -0.006|        0.039|
## |as.factor(CNTY)26                       |      -0.038|        0.022|     -0.080|     -0.038|        0.005|
## |as.factor(CNTY)27                       |       0.011|        0.025|     -0.038|      0.011|        0.060|
## |as.factor(CNTY)28                       |       0.021|        0.023|     -0.024|      0.021|        0.065|
## |as.factor(CNTY)29                       |       0.003|        0.018|     -0.033|      0.003|        0.039|
## |as.factor(CNTY)30                       |      -0.008|        0.021|     -0.050|     -0.008|        0.034|
## |as.factor(CNTY)31                       |       0.006|        0.022|     -0.038|      0.006|        0.049|
## |as.factor(CNTY)32                       |      -0.021|        0.025|     -0.069|     -0.021|        0.028|
## |as.factor(CNTY)33                       |       0.021|        0.026|     -0.030|      0.021|        0.071|
## |as.factor(CNTY)34                       |       0.019|        0.025|     -0.029|      0.019|        0.067|
## |as.factor(CNTY)35                       |       0.046|        0.024|      0.000|      0.046|        0.093|
## |as.factor(CNTY)36                       |      -0.016|        0.029|     -0.074|     -0.016|        0.041|
## |as.factor(CNTY)37                       |       0.067|        0.025|      0.018|      0.067|        0.116|
## |as.factor(CNTY)38                       |       0.034|        0.022|     -0.009|      0.034|        0.077|
## |as.factor(CNTY)39                       |       0.018|        0.024|     -0.029|      0.018|        0.066|
## |as.factor(CNTY)40                       |      -0.004|        0.028|     -0.059|     -0.004|        0.050|
## |as.factor(CNTY)41                       |      -0.003|        0.024|     -0.051|     -0.003|        0.044|
## |as.factor(CNTY)42                       |      -0.003|        0.020|     -0.042|     -0.003|        0.036|
## |as.factor(CNTY)43                       |       0.026|        0.019|     -0.012|      0.026|        0.064|
## |as.factor(CNTY)44                       |      -0.009|        0.021|     -0.050|     -0.009|        0.032|
## |as.factor(CNTY)45                       |       0.024|        0.020|     -0.016|      0.024|        0.064|
## |as.factor(CNTY)46                       |       0.023|        0.026|     -0.028|      0.023|        0.073|
## |as.factor(CNTY)47                       |      -0.001|        0.022|     -0.044|     -0.001|        0.042|
## |as.factor(CNTY)48                       |      -0.026|        0.025|     -0.075|     -0.026|        0.024|
## |as.factor(CNTY)49                       |       0.025|        0.018|     -0.010|      0.025|        0.060|
## |as.factor(CNTY)50                       |       0.027|        0.023|     -0.019|      0.027|        0.073|
## |as.factor(CNTY)51                       |       0.013|        0.019|     -0.024|      0.013|        0.050|
## |as.factor(CNTY)52                       |      -0.008|        0.022|     -0.050|     -0.008|        0.035|
## |as.factor(CNTY)53                       |       0.038|        0.019|      0.001|      0.038|        0.075|
## |as.factor(CNTY)54                       |       0.021|        0.025|     -0.027|      0.021|        0.069|
## |as.factor(CNTY)55                       |      -0.014|        0.022|     -0.057|     -0.014|        0.029|
## |as.factor(CNTY)56                       |       0.013|        0.020|     -0.027|      0.013|        0.054|
## |as.factor(CNTY)57                       |       0.022|        0.019|     -0.017|      0.022|        0.060|
## |as.factor(CNTY)58                       |      -0.005|        0.022|     -0.048|     -0.005|        0.038|
## |as.factor(CNTY)59                       |       0.018|        0.025|     -0.031|      0.018|        0.067|
## |as.factor(CNTY)60                       |       0.007|        0.018|     -0.027|      0.007|        0.042|
## |as.factor(CNTY)61                       |      -0.009|        0.022|     -0.051|     -0.009|        0.034|
## |as.factor(CNTY)62                       |       0.016|        0.018|     -0.019|      0.016|        0.050|
## |as.factor(CNTY)63                       |      -0.005|        0.022|     -0.048|     -0.005|        0.039|
## |as.factor(CNTY)64                       |       0.059|        0.026|      0.008|      0.059|        0.109|
## |as.factor(CNTY)65                       |       0.013|        0.021|     -0.028|      0.013|        0.054|
## |as.factor(CNTY)66                       |       0.040|        0.018|      0.005|      0.040|        0.076|
## |as.factor(CNTY)67                       |       0.008|        0.023|     -0.038|      0.008|        0.054|
## |as.factor(CNTY)68                       |       0.002|        0.022|     -0.041|      0.002|        0.046|
## |as.factor(CNTY)69                       |       0.010|        0.019|     -0.027|      0.010|        0.047|
## |as.factor(CNTY)70                       |      -0.014|        0.022|     -0.057|     -0.014|        0.028|
## |as.factor(CNTY)71                       |      -0.007|        0.021|     -0.047|     -0.007|        0.033|
## |as.factor(CNTY)72                       |       0.011|        0.024|     -0.036|      0.011|        0.058|
## |as.factor(CNTY)73                       |       0.005|        0.022|     -0.039|      0.005|        0.048|
## |as.factor(CNTY)74                       |      -0.014|        0.021|     -0.054|     -0.014|        0.027|
## |as.factor(CNTY)75                       |      -0.002|        0.023|     -0.047|     -0.002|        0.043|
## |as.factor(CNTY)76                       |       0.027|        0.022|     -0.016|      0.027|        0.069|
## |as.factor(CNTY)77                       |       0.008|        0.021|     -0.032|      0.008|        0.049|
## |as.factor(CNTY)78                       |       0.011|        0.022|     -0.032|      0.011|        0.054|
## |as.factor(CNTY)79                       |      -0.028|        0.023|     -0.072|     -0.028|        0.016|
## |as.factor(CNTY)80                       |      -0.033|        0.021|     -0.074|     -0.033|        0.009|
## |as.factor(CNTY)81                       |      -0.026|        0.022|     -0.069|     -0.026|        0.017|
## |as.factor(CNTY)82                       |       0.017|        0.023|     -0.028|      0.017|        0.062|
## |as.factor(CNTY)83                       |      -0.018|        0.024|     -0.064|     -0.018|        0.029|
## |as.factor(CNTY)84                       |      -0.008|        0.021|     -0.049|     -0.008|        0.033|
## |as.factor(CNTY)85                       |       0.007|        0.025|     -0.042|      0.007|        0.056|
## |as.factor(CNTY)86                       |       0.023|        0.022|     -0.020|      0.023|        0.067|
## |as.factor(CNTY)87                       |       0.025|        0.026|     -0.026|      0.025|        0.076|
## |as.factor(CNTY)88                       |       0.015|        0.019|     -0.023|      0.015|        0.053|
## |as.factor(CNTY)89                       |       0.030|        0.024|     -0.017|      0.030|        0.077|
## |as.factor(CNTY)90                       |       0.010|        0.023|     -0.034|      0.010|        0.055|
## |as.factor(CNTY)91                       |       0.010|        0.021|     -0.031|      0.010|        0.051|
## |as.factor(CNTY)92                       |      -0.003|        0.023|     -0.049|     -0.003|        0.043|
## |as.factor(CNTY)93                       |       0.010|        0.028|     -0.046|      0.010|        0.066|
## |as.factor(CNTY)94                       |       0.005|        0.026|     -0.047|      0.005|        0.055|
## |as.factor(CNTY)95                       |       0.051|        0.020|      0.011|      0.051|        0.091|
## |as.factor(CNTY)96                       |      -0.011|        0.025|     -0.059|     -0.011|        0.037|
## |as.factor(CNTY)97                       |       0.009|        0.023|     -0.036|      0.009|        0.054|
## |as.factor(CNTY)98                       |      -0.029|        0.025|     -0.079|     -0.029|        0.020|
## |as.factor(CNTY)99                       |      -0.013|        0.023|     -0.059|     -0.013|        0.033|
## |as.factor(CNTY)100                      |       0.011|        0.019|     -0.027|      0.011|        0.049|
## |as.factor(CNTY)101                      |       0.028|        0.024|     -0.019|      0.028|        0.075|
## |as.factor(CNTY)102                      |       0.019|        0.018|     -0.015|      0.019|        0.054|
## |as.factor(CNTY)103                      |       0.007|        0.020|     -0.031|      0.007|        0.046|
## |Precision for the Gaussian observations |    1572.533|       99.494|   1383.225|   1570.461|     1774.700|
## |Precision for covVol                    |   40931.219|   142222.944|   1387.723|  12657.123|   253402.702|
## |Precision for covTP                     | 3403227.095| 38113074.324|  21337.562| 394176.375| 22275231.472|
## |Precision for covGDD                    |    6836.130|     4425.229|   1903.961|   5705.413|    18432.411|
## |Precision for covSDD                    |   28337.991|    25224.389|   5109.312|  21094.496|    95221.006|
## |Precision for covfert                   |  235874.691|  1009485.704|   5577.035|  61289.881|  1524251.661|
## |Precision for covherb                   |   19279.673|    22457.081|   2703.422|  12548.949|    76606.301|
## |Precision for aveVol3yr                 |   19398.740|    25963.961|   2190.725|  11674.891|    83981.371|
## |Precision for aveTP3yr                  |   58830.112|   112801.363|   4891.309|  28343.547|   302031.347|
## |Precision for aveGDD3yr                 |  629858.457|  2759724.850|  17526.171| 164108.124|  4040445.193|
## |Precision for aveSDD3yr                 |   13347.697|    13862.570|   1659.340|   9261.123|    49938.166|
## |Precision for avefert3yr                |    6666.367|     5064.569|   1522.619|   5278.997|    20079.706|
## |Precision for aveherb3yr                |   25816.917|    31548.646|   2952.110|  16371.463|   106710.850|
## |Precision for YEAR.id                   |   24072.441|    20018.409|   4411.672|  18512.414|    77488.662|
## |Precision for YEAR.id2                  |   24072.437|    20018.424|   4411.666|  18512.404|    77488.699|
## |Precision for aveSIDI3yr                |    6380.511|     4696.520|   1468.566|   5123.027|    18741.627|
## |Precision for covSIDI                   |   34289.471|    35997.082|   4495.755|  23638.334|   128139.667|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|      MSE|        R2|
## |---------:|--------:|--------:|---------:|
## | -3320.839| 1644.791| 0.000389| 0.5093835|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

        plot.smootheffect(name, var="avefert3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveherb3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveVol3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveTP3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveGDD3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveSDD3yr")

# 
# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="FE", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')

Average and CV of Diversity and Average and CV of Climate Vars and BYM

d='wheatKS_0907norm_nc'
name='wheat_covyield_aveSIDIcovSIDI_bym0907'
controls=c('covVol','covTP','covGDD','covSDD','covfert','covherb','aveVol3yr','aveTP3yr','aveGDD3yr','aveSDD3yr','avefert3yr','aveherb3yr')


# f1<-build.formula.bym.cov4.nlnc(independent=c('aveSIDI3yr', 'covSIDI'), 'wheat', controls = controls, priors = c("pc"))
# m1<- run.model(f1, data=d, crop="wheat", priors ="pc", name=name)

model.results.cov(name, data=d, crop="wheat", diagnostics = TRUE)
## [[1]]
## 
## 
## Table: Summary Table of Model Estimates
## 
## |                                        |        mean|           sd| 0.025quant|   0.5quant|   0.975quant|
## |:---------------------------------------|-----------:|------------:|----------:|----------:|------------:|
## |1                                       |       0.054|        0.004|      0.047|      0.054|        0.062|
## |Precision for the Gaussian observations |    1401.481|       76.127|   1268.093|   1395.469|     1566.088|
## |Precision for covVol                    |   44552.639|   159896.700|   1295.250|  13283.307|   279776.956|
## |Precision for covTP                     | 4916070.487| 38199213.426|  27570.204| 714788.926| 33258291.237|
## |Precision for covGDD                    |    7529.188|     5387.211|   1766.781|   6111.126|    21749.945|
## |Precision for covSDD                    |   22624.708|    24862.375|   4170.679|  15129.446|    86371.682|
## |Precision for covfert                   |   95639.759|   249172.865|   4903.019|  36908.637|   548853.478|
## |Precision for covherb                   |   31792.386|    51094.301|   3743.252|  17218.117|   149841.321|
## |Precision for aveVol3yr                 |  109117.494|   183933.472|   9651.484|  56957.807|   531879.372|
## |Precision for aveTP3yr                  |  205513.398|   569438.998|   2190.502|  65571.889|  1286495.967|
## |Precision for aveGDD3yr                 |  607172.494|  2058273.613|   5004.923| 163470.601|  3996875.910|
## |Precision for aveSDD3yr                 |   14631.786|    13762.404|   2652.249|  10595.241|    50889.679|
## |Precision for avefert3yr                |   12540.019|    12207.505|   1868.294|   8976.241|    44801.382|
## |Precision for aveherb3yr                |   29754.255|    57856.914|   3350.596|  14409.049|   151044.063|
## |Precision for CNTY                      |    8519.116|     3274.110|   3351.695|   8153.301|    15912.305|
## |Phi for CNTY                            |       0.854|        0.147|      0.450|      0.904|        0.995|
## |Precision for YEAR.id                   |   24169.735|    19440.937|   4113.129|  18965.683|    75079.701|
## |Precision for YEAR.id2                  |   22903.108|    22566.669|   3636.392|  16267.806|    82270.669|
## |Precision for aveSIDI3yr                |  436464.769|  1635930.877|   3207.275| 108038.485|  2920990.009|
## |Precision for covSIDI                   |   24666.156|    32744.034|   3249.533|  14934.689|   105430.298|
## 
## [[2]]

## 
## [[3]]
## 
## 
## Table: Model Diagnostic Metrics
## 
## |       DIC|      CPO|       MSE|        R2|
## |---------:|--------:|---------:|---------:|
## | -3397.146| 1673.161| 0.0004434| 0.4060198|
        plot.smootheffect(name, var="aveSIDI3yr")

        plot.smootheffect(name, var="covSIDI")

        plot.smootheffect(name, var="covfert")

        plot.smootheffect(name, var="covherb")

        plot.smootheffect(name, var="covVol")

        plot.smootheffect(name, var="covTP")

        plot.smootheffect(name, var="covGDD")

        plot.smootheffect(name, var="covSDD")

        plot.smootheffect(name, var="avefert3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveherb3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveVol3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveTP3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveGDD3yr")

        plot.smootheffect(name, var="aveSDD3yr")

# plot.spatialeffect(name, data=d, crop="wheat", type ="BYM", scale="CNTY", projection='+proj=aea +lat_1=29.5 +lat_2=45.5 +lat_0=37.5 +lon_0=-96 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m no_defs')